PDB-6z8s: Copper transporter OprC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z8s

タイトル

Copper transporter OprC

要素

Putative copper transport outer membrane porin OprC

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site.
著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B.

履歴

登録	2020年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z8s.cif.gz	609.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z8s.ent.gz	421.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z8s_validation.pdf.gz	410.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z8s_full_validation.pdf.gz	420.4 KB	表示
XML形式データ	6z8s_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	6z8s_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fokSC 6fomC 6z8qC 6z8rC 6z8tC 6z8uC 6z8yC 6z8zC 6z91C 6z99C 6z9nC 6z9yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z8r-1 6z8z-2 6fom-1 6z8z-1 6z8r-2 6z8t-2 6z8y-1 6z8s-2 6z8t-1 1xkw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.100, 195.690, 166.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Putative copper transport outer membrane porin OprC 分子量: 79402.312 Da / 分子数: 2 / 変異: M325H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD89
#2: 化合物	ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M NaCl 0.15 M NH4SO4 0.1 M MES 18-22% PEG1000 3 mM CuSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.351326 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.351326 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→97.85 Å / Num. obs: 103185 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.27 % / B_iso Wilson estimate: 63.4 Å² / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 12.46
反射シェル	解像度: 2.37→2.41 Å / Num. unique obs: 10239 / CC_1/2: 0.315

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3855	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FOK

6fok

解像度: 2.37→61.02 Å / SU ML: 0.3745 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.1047
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2517	10012	5.01 %
R_work	0.2187	189710	-
obs	0.2203	103039	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→61.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10164	0	2	107	10273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	10418
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9879	14126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0546	1458
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	1886
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.7865	1446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-2.4	0.3655	350	0.3703	6237	X-RAY DIFFRACTION	98.71
2.4-2.43	0.3677	342	0.3662	6207	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.43-2.45	0.371	319	0.3605	6271	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.45-2.49	0.3193	329	0.3517	6288	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.49-2.52	0.363	334	0.3396	6311	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.52-2.55	0.3697	367	0.3372	6317	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.55-2.59	0.3611	358	0.3494	6267	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.59-2.63	0.3354	313	0.3378	6338	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.63-2.67	0.3576	296	0.2976	6473	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.67-2.71	0.3162	358	0.2843	6303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.76	0.3304	332	0.2686	6314	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.76-2.81	0.2715	301	0.2537	6363	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.81-2.86	0.2996	378	0.2508	6295	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.86-2.92	0.2794	362	0.251	6341	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.92-2.99	0.2956	335	0.2318	6337	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.99-3.06	0.2632	302	0.2399	6364	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.06-3.13	0.2921	341	0.244	6313	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.13-3.22	0.2845	356	0.2379	6333	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.22-3.31	0.2751	320	0.2247	6349	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.42	0.2399	308	0.216	6331	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.42-3.54	0.263	353	0.2076	6311	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.54-3.68	0.2354	325	0.2124	6332	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.68-3.85	0.2553	380	0.2154	6279	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.85-4.05	0.2457	312	0.2085	6367	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.05-4.31	0.2332	380	0.2006	6278	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.31-4.64	0.217	308	0.1757	6390	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.64-5.1	0.176	268	0.1751	6382	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.11-5.84	0.2332	333	0.1937	6350	X-RAY DIFFRACTION	99.99
5.84-7.36	0.2229	321	0.1918	6375	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7.36-61.02	0.2105	331	0.1987	6294	X-RAY DIFFRACTION	99.34

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.313023248 Å / Origin y: 33.9529728111 Å / Origin z: 41.3214060176 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.493210329426 Å²	-0.0244459024447 Å²	-0.0109392375468 Å²	-	0.48321333629 Å²	-0.000353585292553 Å²	-	-	0.468169864614 Å²
L	0.222660129747 °²	-0.0313609605157 °²	-0.197476080317 °²	-	0.502803894432 °²	0.322701964043 °²	-	-	0.590758193584 °²
S	0.0496777706664 Å °	-0.0442553427521 Å °	0.0554770731448 Å °	0.0581765916726 Å °	-0.035800072258 Å °	0.0231953944072 Å °	-0.056804366574 Å °	0.0443472337646 Å °	-0.0162343799701 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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