PDB-6z8q: Copper transporter OprC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z8q

タイトル

Copper transporter OprC

要素

Putative copper transport outer membrane porin OprC

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site.
著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B.

履歴

登録	2020年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z8q.cif.gz	319.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z8q.ent.gz	207.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z8q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fokSC 6fomC 6z8rC 6z8sC 6z8tC 6z8uC 6z8yC 6z8zC 6z91C 6z99C 6z9nC 6z9yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z8r-2 6z8z-2 6z8t-1 6z8z-1 6z8y-1 6z8s-1 6z8t-2 1xkw-d 6z8s-2 6z8r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	156.200, 195.290, 167.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Putative copper transport outer membrane porin OprC 分子量: 79395.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD89
#2: 化合物	ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M NaCl 0.15 M NH4SO4 0.1 M MES 18-22% PEG1000 2 mM AgNO3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.54977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.71→121.98 Å / Num. obs: 69478 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 35.5 % / B_iso Wilson estimate: 75.71 Å² / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 20.12
反射シェル	解像度: 2.71→2.76 Å / Num. unique obs: 6843 / CC_1/2: 0.653 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FOK

6fok

解像度: 2.71→97.65 Å / SU ML: 0.3698 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 27.1843
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2539	6744	5.03 %
R_work	0.2156	127458	-
obs	0.2174	69472	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→97.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10046	0	6	13	10065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	10304
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0469	13972
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579	1446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1862
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.5679	1429

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.71-2.74	0.3129	202	0.3141	4235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.77	0.3628	198	0.2992	4272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.81	0.3162	256	0.3004	4203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.84	0.2955	266	0.2795	4272	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.84-2.88	0.2942	230	0.2757	4164	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.88-2.92	0.3048	239	0.2821	4274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.96	0.3119	222	0.276	4257	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.96-3.01	0.3268	252	0.2694	4232	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.05	0.3246	190	0.2656	4343	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.1	0.3067	213	0.2804	4198	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.1-3.16	0.3351	223	0.2807	4242	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.21	0.3435	228	0.2708	4296	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.21-3.27	0.3331	257	0.261	4196	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.27-3.34	0.2774	217	0.2347	4266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.41	0.2487	222	0.2111	4213	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.41-3.49	0.2508	198	0.2132	4309	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.49-3.58	0.2626	252	0.2032	4207	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.58-3.68	0.2854	181	0.2146	4324	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.68-3.79	0.2829	217	0.2188	4239	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.79-3.91	0.2236	231	0.2207	4244	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.91-4.05	0.2807	222	0.2195	4240	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.21	0.2357	219	0.2116	4207	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.21-4.4	0.2381	217	0.1989	4295	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.63	0.2365	216	0.1828	4265	X-RAY DIFFRACTION	99.73
4.63-4.92	0.1999	248	0.1748	4217	X-RAY DIFFRACTION	100
4.92-5.3	0.2209	236	0.1743	4221	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3-5.84	0.2124	211	0.1831	4270	X-RAY DIFFRACTION	100
5.84-6.68	0.2747	233	0.1982	4282	X-RAY DIFFRACTION	100
6.68-8.42	0.188	216	0.1947	4256	X-RAY DIFFRACTION	99.93
8.42-97.65	0.2551	232	0.2331	4219	X-RAY DIFFRACTION	99.49

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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