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- PDB-6z5y: Structure of a novel LPMO from Phytophthora infestans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z5y
タイトルStructure of a novel LPMO from Phytophthora infestans
要素Lytic Polysaccharide Monooxygenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Lytic polysaccharide monooxygenase / copper / LPMO
機能・相同性metal ion binding / COPPER (II) ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Mucin-like protein
機能・相同性情報
生物種Phytophthora infestans (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.01 Å
データ登録者Urresti, S. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R007705/1 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Secreted pectin monooxygenases drive plant infection by pathogenic oomycetes.
著者: Sabbadin, F. / Urresti, S. / Henrissat, B. / Avrova, A.O. / Welsh, L.R.J. / Lindley, P.J. / Csukai, M. / Squires, J.N. / Walton, P.H. / Davies, G.J. / Bruce, N.C. / Whisson, S.C. / McQueen-Mason, S.J.
履歴
登録2020年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lytic Polysaccharide Monooxygenase
B: Lytic Polysaccharide Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3105
ポリマ－40,0332
非ポリマー2773
水6,323351
1
A: Lytic Polysaccharide Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2303
ポリマ－20,0171
非ポリマー2142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lytic Polysaccharide Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0802
ポリマ－20,0171
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.293, 45.458, 53.687
Angle α, β, γ (deg.)83.910, 71.850, 83.780
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Lytic Polysaccharide Monooxygenase


分子量: 20016.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminus Strep tag sequence: WSHPQFEK
由来: (組換発現) Phytophthora infestans (strain T30-4) (真核生物)
遺伝子: PITG_04949 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0N2F7
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 % / 解説: Hollow rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20mM Tris pH 7.0, 22% Polyethylene Glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.01→28.79 Å / Num. obs: 156702 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.01-1.032.70.6867650.5890.5090.85680.9
5.53-28.773.80.0359920.9970.0210.04195.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
Fragon位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.01→28.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.791 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY Residues 139-142 and 172-177 (chains A and B) show poor density and therefore low occupancy. C-terminal ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY Residues 139-142 and 172-177 (chains A and B) show poor density and therefore low occupancy. C-terminal residues (172-177) correspond to a non cleaved Strep tag, and some have been built with no side chains.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.164 7636 4.9 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.1441 148984 92.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 36.26 Å2 / Biso mean: 11.889 Å2 / Biso min: 5.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å2-0.07 Å20.29 Å2
2--0.31 Å2-0.15 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.01→28.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2683 0 9 351 3043
Biso mean--16.51 18.75 -
残基数----354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9571.6434104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6021.5766097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4095410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50824.478134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43615454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.647158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02603
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.71635574
LS精密化 シェル解像度: 1.01→1.036 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 556 -
Rwork0.269 9929 -
all-10485 -
obs--83.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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