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万見
- PDB-6z5s: RC-LH1(14)-W complex from Rhodopseudomonas palustris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z5s
タイトルRC-LH1(14)-W complex from Rhodopseudomonas palustris
要素
  • (Light-harvesting complex 1 ...) x 2
  • (Reaction center protein ...) x 2
  • H subunit of photosynthetic reaction center complex
  • Light harvesting complex 1 Protein W
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Reaction center / Light harvesting / Protein W / Quinone
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex ...Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / SPIRILLOXANTHIN / : / Chem-PGT / Chem-QAK / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein M chain ...Chem-6PL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / SPIRILLOXANTHIN / : / Chem-PGT / Chem-QAK / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein M chain / H subunit of photosynthetic reaction center complex / Reaction center protein L chain / Sodium:proton exchanger / Light-harvesting antenna LH1, alpha subunit / Light-harvesting antenna LH1, beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Swainsbury, D.J.K. / Qian, P. / Hitchcock, A. / Hunter, C.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M000265/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structures of RC-LH1 complexes with open or closed quinone channels.
著者: David J K Swainsbury / Pu Qian / Philip J Jackson / Kaitlyn M Faries / Dariusz M Niedzwiedzki / Elizabeth C Martin / David A Farmer / Lorna A Malone / Rebecca F Thompson / Neil A Ranson / ...著者: David J K Swainsbury / Pu Qian / Philip J Jackson / Kaitlyn M Faries / Dariusz M Niedzwiedzki / Elizabeth C Martin / David A Farmer / Lorna A Malone / Rebecca F Thompson / Neil A Ranson / Daniel P Canniffe / Mark J Dickman / Dewey Holten / Christine Kirmaier / Andrew Hitchcock / C Neil Hunter /
要旨: The reaction-center light-harvesting complex 1 (RC-LH1) is the core photosynthetic component in purple phototrophic bacteria. We present two cryo-electron microscopy structures of RC-LH1 complexes ...The reaction-center light-harvesting complex 1 (RC-LH1) is the core photosynthetic component in purple phototrophic bacteria. We present two cryo-electron microscopy structures of RC-LH1 complexes from A 2.65-Å resolution structure of the RC-LH1-W complex consists of an open 14-subunit LH1 ring surrounding the RC interrupted by protein-W, whereas the complex without protein-W at 2.80-Å resolution comprises an RC completely encircled by a closed, 16-subunit LH1 ring. Comparison of these structures provides insights into quinone dynamics within RC-LH1 complexes, including a previously unidentified conformational change upon quinone binding at the RC Q site, and the locations of accessory quinone binding sites that aid their delivery to the RC. The structurally unique protein-W prevents LH1 ring closure, creating a channel for accelerated quinone/quinol exchange.
履歴
登録2020年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11081
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
W: Light harvesting complex 1 Protein W
M: Reaction center protein M chain
L: Reaction center protein L chain
H: H subunit of photosynthetic reaction center complex
1: Light-harvesting complex 1 alpha chain
2: Light-harvesting complex 1 beta chain
5: Light-harvesting complex 1 alpha chain
6: Light-harvesting complex 1 beta chain
3: Light-harvesting complex 1 alpha chain
4: Light-harvesting complex 1 beta chain
Y: Light-harvesting complex 1 alpha chain
Z: Light-harvesting complex 1 beta chain
V: Light-harvesting complex 1 alpha chain
X: Light-harvesting complex 1 beta chain
T: Light-harvesting complex 1 alpha chain
U: Light-harvesting complex 1 beta chain
A: Light-harvesting complex 1 alpha chain
B: Light-harvesting complex 1 beta chain
C: Light-harvesting complex 1 alpha chain
D: Light-harvesting complex 1 beta chain
R: Light-harvesting complex 1 alpha chain
S: Light-harvesting complex 1 beta chain
P: Light-harvesting complex 1 alpha chain
Q: Light-harvesting complex 1 beta chain
N: Light-harvesting complex 1 alpha chain
O: Light-harvesting complex 1 beta chain
J: Light-harvesting complex 1 alpha chain
K: Light-harvesting complex 1 beta chain
G: Light-harvesting complex 1 alpha chain
I: Light-harvesting complex 1 beta chain
E: Light-harvesting complex 1 alpha chain
F: Light-harvesting complex 1 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)375,502123
ポリマ－306,94332
非ポリマー68,56091
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area206250 Å2
ΔGint-1464 kcal/mol
Surface area77620 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 WH

#1: タンパク質 Light harvesting complex 1 Protein W


分子量: 10505.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light harvesting complex 1 Protein W
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 参照: UniProt: Q6N1K3
#4: タンパク質 H subunit of photosynthetic reaction center complex


分子量: 27268.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 参照: UniProt: A0A4Z9

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Reaction center protein ... , 2種, 2分子 ML

#2: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34453.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 参照: UniProt: A0A4Z7
#3: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 30857.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 参照: UniProt: O83005

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Light-harvesting complex 1 ... , 2種, 28分子 153YVTACRPNJGE264ZXUBDSQOKIF

#5: タンパク質
Light-harvesting complex 1 alpha chain


分子量: 7276.766 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 参照: UniProt: Q6N9L4
#6: タンパク質
Light-harvesting complex 1 beta chain / Light-harvesting protein


分子量: 7284.456 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light-harvesting LH1 beta subunit
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 参照: UniProt: Q6N9L5

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糖 , 1種, 29分子

#14: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 10種, 72分子

#7: 化合物 ChemComp-QAK / (6~{R},10~{S},14~{R},19~{R},23~{S},24~{E},27~{S},28~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-24,28-dien-2-ol


分子量: 575.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H78O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-6PL / (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 763.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物
ChemComp-CRT / SPIRILLOXANTHIN / RHODOVIOLASCIN


分子量: 596.925 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物 ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Reaction center-Light harvesting complex 1-Protein W
タイプ: COMPLEX
詳細: Reaction center-Light harvesting complex 1 containing protein W from Rhodopseudomonas palustris
Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.20 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌)
細胞内の位置: Lamellar membranes
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisC4H11NO31
2200 mMNaClNaCl1
30.03 % w/vn-Dodecyl-beta-D-MaltopyranosideC24H46O111
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 60 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 46.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU2画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正Executed within RELION3.0
7Coot0.8.9.2モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 849359 / 詳細: Autopicked in RELION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 377703 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00923717
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.78232533
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.40113876
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0523411
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063629

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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