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- PDB-6uew: Rubisco / CsoS2 N-peptide complex responsible for alpha-carboxyso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uew
タイトルRubisco / CsoS2 N-peptide complex responsible for alpha-carboxysome cargo loading
要素
  • Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
  • Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
キーワードPROTEIN BINDING / Rubisco / CsoS2 / carboxysome / phase separation
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxysome / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
Halothiobacillus neapolitanus c2 (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Oltrogge, L.M. / Savage, D.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM129241 米国
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Multivalent interactions between CsoS2 and Rubisco mediate alpha-carboxysome formation.
著者: Oltrogge, L.M. / Chaijarasphong, T. / Chen, A.W. / Bolin, E.R. / Marqusee, S. / Savage, D.F.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Alpha-carboxysome formation is mediated by the multivalent and disordered protein CsoS2
著者: Oltrogge, L.M. / Chaijarasphong, T. / Chen, A.W. / Bolin, E.R. / Marqusee, S. / Savage, D.F.
履歴
登録2019年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
B: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
D: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,6288
ポリマ－276,6288
非ポリマー00
水12,034668
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
B: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
D: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
B: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
D: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)553,25616
ポリマ－553,25616
非ポリマー00
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area87100 Å2
ΔGint-304 kcal/mol
Surface area124150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.831, 153.945, 108.063
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.703, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-642-

HOH

21C-709-

HOH

31G-692-

HOH

41G-695-

HOH

51G-702-

HOH

61G-716-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, CsoS2 N-peptide fusion / RuBisCO large subunit


分子量: 56290.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus (strain ATCC 23641 / c2) (紅色硫黄細菌), (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus c2 (紅色硫黄細菌)
株: ATCC 23641 / c2 / 遺伝子: cbbL, Hneap_0922 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O85040, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase small chain / RuBisCO small subunit


分子量: 12866.575 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus (strain ATCC 23641 / c2) (紅色硫黄細菌)
株: ATCC 23641 / c2 / 遺伝子: cbbS, rbcS, Hneap_0921 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45686, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 400, magnesium chloride, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→104.1 Å / Num. obs: 90035 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 32.79 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1244 / Rpim(I) all: 0.05064 / Rrim(I) all: 0.1345 / Net I/σ(I): 12.84
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5876 / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / Num. unique obs: 8960 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.2497 / Rrim(I) all: 0.6396 / % possible all: 99.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Coot0.8.9モデル構築
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SVD

1svd


解像度: 2.4→104.08 Å / SU ML: 0.312 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.2779
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 1429 1.59 %
Rwork0.1878 --
obs0.189 89949 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→104.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17636 0 0 668 18304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007818090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.880924518
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05012566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00583205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.05510606
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.490.31471440.23568810X-RAY DIFFRACTION99.88
2.49-2.590.38941450.23618788X-RAY DIFFRACTION99.81
2.59-2.70.33411400.22578835X-RAY DIFFRACTION99.89
2.7-2.850.28831390.21488843X-RAY DIFFRACTION99.96
2.85-3.020.29681370.21268852X-RAY DIFFRACTION99.92
3.02-3.260.24741490.20798814X-RAY DIFFRACTION99.94
3.26-3.590.25251430.18568884X-RAY DIFFRACTION99.98
3.59-4.10.26691480.16778858X-RAY DIFFRACTION99.97
4.1-5.170.2081400.15248864X-RAY DIFFRACTION99.86
5.17-104.080.21971440.17668972X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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