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万見
- PDB-1aus: ACTIVATED UNLIGANDED SPINACH RUBISCO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aus
タイトルACTIVATED UNLIGANDED SPINACH RUBISCO
要素(RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE) x 2
キーワードLYASE (CARBON-CARBON)
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Taylor, T.C. / Andersson, I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structure of a product complex of spinach ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase.
著者: Taylor, T.C. / Andersson, I.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallographic Analysis of Ribulose 1,5-Bisphosphate Carboxylase from Spinach at 2.4 Angstroms Resolution
著者: Knight, S. / Andersson, I. / Branden, C.-I.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Reexamination of the Three-Dimensional Structure of the Small Subunit of Ru(Dot)Bis(Dot)Co from Higher Plants
著者: Knight, S. / Andersson, I. / Branden, C.-I.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of the Active Site of Ribulose-Bisphosphate Carboxylase
著者: Andersson, I. / Knight, S. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. / Lundqvist, T. / Branden, C.-I. / Lorimer, G.H.
履歴
登録1995年6月21日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
S: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
T: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
N: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
U: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
V: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,77516
ポリマ－269,4938
非ポリマー2818
水4,342241
1
L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
S: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
T: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
N: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
U: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
V: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
ヘテロ分子

L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
S: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
T: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
N: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
U: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
V: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)539,54932
ポリマ－538,98716
非ポリマー56316
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area96330 Å2
ΔGint-401 kcal/mol
Surface area118030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.400, 158.700, 203.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 176
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.000952, 0.999993, 0.003663), (-0.999996, 0.000962, -0.00262), (-0.002624, -0.00366, 0.99999)-37.715, 37.5602, 0.0937
2given(-0.999987, -0.000966, 0.005092), (0.000965, -1, -0.000101), (0.005092, -9.6E-5, 0.999987)-0.2391, 75.1369, 0.0132
3given(0.000191, -0.999997, 0.002594), (1, 0.00019, -0.000272), (0.000272, 0.002594, 0.999997)37.4187, 37.6305, -0.1041
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 L 20 .. L 463 ? 20 .. ? 463 M1 S 1 .. S 123 ? 1 .. ? 123 M2 L 20 .. L 463 ? 20 .. ? 463 M2 S 1 .. S 123 ? 1 .. ? 123 M3 L 20 .. L 463 ? 20 .. ? 463 M3 S 1 .. S 123 ? 1 .. ? 123 THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS FOUR LARGE AND FOUR SMALL SUBUNITS RELATED BY A FOUR-FOLD AXIS THROUGH THE MOLECULAR CENTER AT X=0, Y=1/4, Z=1/4. THE TRANSFORMATIONS GIVEN IN THE *MTRIX* RECORDS BELOW WILL GENERATE AN L4S4 HALF-MOLECULE FROM THE COORDINATES IN ENTRY. TO GENERATE THE FULL L8S8 MOLECULE FROM L4S4 THE FOLLOWING TWO-FOLD ROTATION ABOUT THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS ALONG Y HAS TO BE APPLIED: SYMMETRY1 1 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 101.50000

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要素

#1: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE / RUBISCO


分子量: 52734.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: P00875, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE / RUBISCO


分子量: 14638.671 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: Q43832, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUE L 201 IS A MODIFIED ACTIVATOR LYSINE WHICH IS CARBAMYLATED AT THE EPSILON-AMINO GROUP. THE ...RESIDUE L 201 IS A MODIFIED ACTIVATOR LYSINE WHICH IS CARBAMYLATED AT THE EPSILON-AMINO GROUP. THE CARBAMYL ACTIVATOR GROUP IS PRESENTED AS HET GROUP *CBX* AT THE END OF CHAIN *L*.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Taylor, T.C., (1996) Nat. Struct. Biol., 3, 95.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150-60 mg/mlprotein1drop
2100 mM3-PGA1drop
314-16 %PEG40001reservoir
40.2 M1reservoirNaCl
525 mMHEPES1reservoir
610 mM1reservoirMgCl2
750 mM1reservoirNaHCO3
80.02 %1reservoirNaN3

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月28日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 130977 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.105
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 107965 / % possible obs: 85 % / Num. measured all: 799161 / Rmerge(I) obs: 0.103

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→7 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 -5 %
Rwork0.217 --
obs0.217 117630 94.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 16.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17892 0 16 241 18149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.224 / Rfactor Rwork: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.019 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.667

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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