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- PDB-6z4u: X-ray Crystallographic Structure of Orf9b from SARS-CoV-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z4u
タイトルX-ray Crystallographic Structure of Orf9b from SARS-CoV-2
要素Protein 9b
キーワードVIRAL PROTEIN / orf9b
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of autophagosome assembly / host cell mitochondrion / negative regulation of mitochondrial fission / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein sequestering activity / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / mitochondrial membrane ...Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of autophagosome assembly / host cell mitochondrion / negative regulation of mitochondrial fission / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein sequestering activity / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / mitochondrial membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Protein 9b, Betacoronavirus / Protein 9b, SARS-CoV / Betacoronavirus lipid binding protein / Sarbecovirus 9b domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Weeks, S.D. / De Graef, S. / Munawar, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Crystallographic Structure of Orf9b from SARS-CoV-2
著者: Weeks, S.D. / De Graef, S. / Munawar, A.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein 9b
B: Protein 9b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1473
ポリマ－21,6172
非ポリマー1,5301
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.030, 64.571, 73.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein 9b / Accessory protein 9b / ORF-9b


分子量: 10808.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P0DTD2
#2: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.83 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein at 8.3 mg/ml in 20 mM Tris pH 7.0 150 mM NaCl, 1mM DTT was mixed in a 3:2 ratio with the MORPHEUS crystallization screen condition E4 (Tube 2-4; 0.12 M Ethylene glycols 0.1 M Buffer ...詳細: Protein at 8.3 mg/ml in 20 mM Tris pH 7.0 150 mM NaCl, 1mM DTT was mixed in a 3:2 ratio with the MORPHEUS crystallization screen condition E4 (Tube 2-4; 0.12 M Ethylene glycols 0.1 M Buffer System 1 pH 6.5 37.5 % v/v Precipitant Mix 4)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979329 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日
放射モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979329 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→36.77 Å / Num. obs: 13064 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.934 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-1.997.60.7838770.8930.2910.83895.1
8.92-36.775.90.081740.9920.0360.08999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALS2.2.4-g04de204b4-releaseデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP11.7.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CME

2cme


解像度: 1.95→36.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.017 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2567 639 4.9 %RANDOM
Rwork0.2175 ---
obs0.2194 12363 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.54 Å2 / Biso mean: 33.585 Å2 / Biso min: 16.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2--2.13 Å2-0 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→36.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1249 0 14 49 1312
Biso mean--61.65 39.01 -
残基数----166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0121282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.6561744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2775162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8322.55843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.95715221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.032156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02904
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 55 -
Rwork0.21 896 -
all-951 -
obs--99.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0672-0.2815-0.14461.53940.78050.81670.03330.0120.0468-0.0825-0.0859-0.05640.0567-0.09010.05260.0945-0.00940.02140.06850.00130.12387.26293.4733-5.4267
20.5925-1.2299-0.4212.56521.01572.3811-0.0811-0.01780.05960.16470.0259-0.11320.4617-0.04610.05520.1894-0.01270.02610.00550.00460.04329.7455-5.5155-2.9489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る