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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z4u | ||||||
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タイトル | X-ray Crystallographic Structure of Orf9b from SARS-CoV-2 | ||||||
要素 | Protein 9b | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / orf9b | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of autophagosome assembly / host cell mitochondrion / negative regulation of mitochondrial fission / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein sequestering activity / ミトコンドリア / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta ...Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of autophagosome assembly / host cell mitochondrion / negative regulation of mitochondrial fission / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein sequestering activity / ミトコンドリア / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Weeks, S.D. / De Graef, S. / Munawar, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: X-ray Crystallographic Structure of Orf9b from SARS-CoV-2 著者: Weeks, S.D. / De Graef, S. / Munawar, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z4u.cif.gz | 81 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z4u.ent.gz | 57.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z4u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/6z4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/6z4u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2cmeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10808.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P0DTD2 #2: 化合物 | ChemComp-15P / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.83 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein at 8.3 mg/ml in 20 mM Tris pH 7.0 150 mM NaCl, 1mM DTT was mixed in a 3:2 ratio with the MORPHEUS crystallization screen condition E4 (Tube 2-4; 0.12 M Ethylene glycols 0.1 M Buffer ...詳細: Protein at 8.3 mg/ml in 20 mM Tris pH 7.0 150 mM NaCl, 1mM DTT was mixed in a 3:2 ratio with the MORPHEUS crystallization screen condition E4 (Tube 2-4; 0.12 M Ethylene glycols 0.1 M Buffer System 1 pH 6.5 37.5 % v/v Precipitant Mix 4) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979329 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979329 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→36.77 Å / Num. obs: 13064 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.934 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 8.5 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2CME 解像度: 1.95→36.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.017 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.54 Å2 / Biso mean: 33.585 Å2 / Biso min: 16.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→36.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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