ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0258精密化 DIALS2.2.4-g04de204b4-release データ削減 Aimless0.7.4データスケーリング MOLREP11.7.02位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 2CME解像度 : 1.95→36.77 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.945 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.922 / SU B : 9.017 / SU ML : 0.13 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.186 / ESU R Free : 0.166 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2567 639 4.9 % RANDOM Rwork 0.2175 - - - obs 0.2194 12363 99.5 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 82.54 Å2 / Biso mean : 33.585 Å2 / Biso min : 16.12 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.11 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 2.13 Å2 -0 Å2 3- - - -2.02 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.95→36.77 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1249 0 14 49 1312 Biso mean - - 61.65 39.01 - 残基数 - - - - 166
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.012 1282 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.704 1.656 1744 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg8.277 5 162 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.83 22.558 43 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg16.957 15 221 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg17.032 15 6 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.105 0.2 188 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.009 0.02 904
LS精密化 シェル 解像度 : 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.272 55 - Rwork 0.21 896 - all - 951 - obs - - 99.37 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.0672 -0.2815 -0.1446 1.5394 0.7805 0.8167 0.0333 0.012 0.0468 -0.0825 -0.0859 -0.0564 0.0567 -0.0901 0.0526 0.0945 -0.0094 0.0214 0.0685 0.0013 0.1238 7.2629 3.4733 -5.4267 2 0.5925 -1.2299 -0.421 2.5652 1.0157 2.3811 -0.0811 -0.0178 0.0596 0.1647 0.0259 -0.1132 0.4617 -0.0461 0.0552 0.1894 -0.0127 0.0261 0.0055 0.0046 0.0432 9.7455 -5.5155 -2.9489
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 97 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B2 - 97