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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z3e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GDP-bound human GIMAP5, amino acid residues 1-276 | ||||||
要素 | GTPase IMAP family member 5 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GTPase (GTPアーゼ) / immunity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.80038678769 Å | ||||||
データ登録者 | Schwefel, D. / Daumke, O. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of GDP-bound human GIMAP5 著者: Schwefel, D. / Daumke, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z3e.cif.gz | 131.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z3e.ent.gz | 84.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z3e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2xtpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31139.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIMAP5, IAN4L1, IAN5, IMAP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96F15 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.26 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 16% 2-propanol 50 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 6579 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 25.6825591945 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0166 / Net I/σ(I): 9.37 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.475 / Num. unique obs: 595 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2xtp 解像度: 2.80038678769→39.0355231003 Å / SU ML: 0.367330651165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99501071312 / 位相誤差: 25.3287354556 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.7779106911 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.80038678769→39.0355231003 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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