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- PDB-6z3e: Crystal structure of GDP-bound human GIMAP5, amino acid residues 1-276 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z3e
タイトルCrystal structure of GDP-bound human GIMAP5, amino acid residues 1-276
要素GTPase IMAP family member 5
キーワードHYDROLASE / GTPase / immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body membrane / lysosomal membrane / GTP binding
類似検索 - 分子機能
AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase IMAP family member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.80038678769 Å
データ登録者Schwefel, D. / Daumke, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2024
タイトル: GIMAP5 deficiency reveals a mammalian ceramide-driven longevity assurance pathway.
著者: Park, A.Y. / Leney-Greene, M. / Lynberg, M. / Gabrielski, J.Q. / Xu, X. / Schwarz, B. / Zheng, L. / Balasubramaniyam, A. / Ham, H. / Chao, B. / Zhang, Y. / Matthews, H.F. / Cui, J. / Yao, Y. ...著者: Park, A.Y. / Leney-Greene, M. / Lynberg, M. / Gabrielski, J.Q. / Xu, X. / Schwarz, B. / Zheng, L. / Balasubramaniyam, A. / Ham, H. / Chao, B. / Zhang, Y. / Matthews, H.F. / Cui, J. / Yao, Y. / Kubo, S. / Chanchu, J.M. / Morawski, A.R. / Cook, S.A. / Jiang, P. / Ravell, J.C. / Cheng, Y.H. / George, A. / Faruqi, A. / Pagalilauan, A.M. / Bergerson, J.R.E. / Ganesan, S. / Chauvin, S.D. / Aluri, J. / Edwards-Hicks, J. / Bohrnsen, E. / Tippett, C. / Omar, H. / Xu, L. / Butcher, G.W. / Pascall, J. / Karakoc-Aydiner, E. / Kiykim, A. / Maecker, H. / Tezcan, I. / Esenboga, S. / Heredia, R.J. / Akata, D. / Tekin, S. / Kara, A. / Kuloglu, Z. / Unal, E. / Kendirli, T. / Dogu, F. / Karabiber, E. / Atkinson, T.P. / Cochet, C. / Filhol, O. / Bosio, C.M. / Davis, M.M. / Lifton, R.P. / Pearce, E.L. / Daumke, O. / Aytekin, C. / Sahin, G.E. / Aksu, A.U. / Uzel, G. / Koneti Rao, V. / Sari, S. / Dalgic, B. / Boztug, K. / Cagdas, D. / Haskologlu, S. / Ikinciogullari, A. / Schwefel, D. / Vilarinho, S. / Baris, S. / Ozen, A. / Su, H.C. / Lenardo, M.J.
履歴
登録2020年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年7月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase IMAP family member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6073
ポリマ－31,1391
非ポリマー4682
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.280, 57.230, 106.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 GTPase IMAP family member 5 / Immune-associated nucleotide-binding protein 5 / Immunity-associated nucleotide 4-like 1 protein / ...Immune-associated nucleotide-binding protein 5 / Immunity-associated nucleotide 4-like 1 protein / Immunity-associated nucleotide 5 protein / hIAN5 / Immunity-associated protein 3


分子量: 31139.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIMAP5, IAN4L1, IAN5, IMAP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96F15
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 16% 2-propanol 50 mM ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 6579 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 25.6825591945 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0166 / Net I/σ(I): 9.37
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.475 / Num. unique obs: 595

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xtp

2xtp


解像度: 2.80038678769→39.0355231003 Å / SU ML: 0.367330651165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99501071312 / 位相誤差: 25.3287354556
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268149989389 309 4.6967624259 %
Rwork0.215153938036 6270 -
obs0.217666000947 6579 99.0514905149 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.7779106911 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.80038678769→39.0355231003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1872 0 29 14 1915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003918529067091966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8193415186612662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452000291228294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052578644946346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.29061451261630
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8004-2.90040.389409300673310.281011119735595X-RAY DIFFRACTION95.865237366
2.9004-3.01650.414787683567320.259735350036603X-RAY DIFFRACTION98.9096573209
3.0165-3.15380.261874424713230.226378875194623X-RAY DIFFRACTION99.0797546012
3.1538-3.320.309648180709290.224105775997605X-RAY DIFFRACTION99.3730407524
3.32-3.52780.249402451446270.230129136357623X-RAY DIFFRACTION99.0853658537
3.5278-3.80.262066270501290.202460228285633X-RAY DIFFRACTION99.5488721805
3.8-4.1820.283699716613310.192669429453631X-RAY DIFFRACTION99.6987951807
4.182-4.78620.219549530579250.178472180032635X-RAY DIFFRACTION100
4.7862-6.02660.27517024657370.2055956971641X-RAY DIFFRACTION99.5594713656
6.0266-390.204964808956450.218593340949681X-RAY DIFFRACTION99.316005472
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99718763149-0.45955894891-0.3263959044361.96565076036-0.3132272524243.769937222070.07364539313120.202625075066-0.545254118038-0.0311967522988-0.1116083696560.2232394538790.1017312996950.03833939190460.08044782953070.0743948746959-0.04423303293620.01999168813370.111127672982-0.06470358027060.13752575205816.1379746315-0.42252582238720.2385783104
21.777978922280.48951618693-0.1244512073382.43177184503-0.8952326260990.7087989984410.209185717421-0.12315650947-0.3202169162750.106464149115-0.273329732431-0.110247976735-0.009552025795480.2268876075010.1057211813350.1429054553490.01144593152620.002385105109790.1657918986760.006630141056190.17348800447920.21415140066.5725016698519.5580336896
31.879812074910.4567786825660.1573000395551.590714530650.4463584966941.15165963854-0.191180763323-0.1874057731780.140694671683-0.1453199535410.1674518756970.3425067407180.0860880259829-0.1926648403470.007195089675310.1027431572450.0345184767709-0.05079670050680.147109653483-0.007107452188110.2071115091482.754543394886.90292024517.1487922524
40.429886568363-0.131038500740.1874749165121.52965768607-0.614012349010.746964462801-0.001026961412780.151502192848-0.150366847425-0.4256157321910.02081775690360.141303668490.27795879194-0.05586609527530.06721626401180.241201090801-0.05389804892340.04027256046450.101814035596-0.03940133163170.34307984274310.2106392732-0.3080172839089.59591765612
55.46112018060.302142797792-1.73355295341.52349104547-0.1952178362132.220246492370.6211710967320.6352244707850.797434031958-0.44995096772-0.4272019692120.0189177323387-0.396775501110.274951436058-0.141626166040.467292343688-0.1094965796890.09482740297760.2616930193670.005517824120430.21209168837124.117354167321.25410094139.56682699361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 27:56)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 57:108)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 109:180)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resseq 181:231)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resseq 232:263)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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