PDB-6z37: TodX monoaromatic hydrocarbon channel deltaS2 mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z37

タイトル

TodX monoaromatic hydrocarbon channel deltaS2 mutant

要素

TodX

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / FadL monoaromatic hydrocarbons biodegradation toluene outer membrane transport diffusion TodX

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain fatty acid transporting porin activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

van den Berg, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Uptake of monoaromatic hydrocarbons during biodegradation by FadL channel-mediated lateral diffusion.
著者: Somboon, K. / Doble, A. / Bulmer, D. / Basle, A. / Khalid, S. / van den Berg, B.

履歴

登録	2020年5月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z37.cif.gz	207.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z37.ent.gz	142.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z37_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z37_full_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示
XML形式データ	6z37_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	6z37_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z34C 6z38C 3brzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6z38-d 6ys9-4 3w91-1 4fq5-d 3bs0-1 3brz-d 3bs0-2 1yo6-3 5gl3-2 3bry-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TodX

46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.126, 116.543, 170.068
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	TodX 分子量: 46295.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: todX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51971, UniProt: A5W4F4*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Na-citrate (pH 3.5), 0.2 M Li2SO4, 28% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→48.07 Å / Num. obs: 15557 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 105.13 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 3.05→3.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2777 / CC_1/2: 0.935 / R_pim(I) all: 0.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BRZ

3brz

解像度: 3.05→48.07 Å / SU ML: 0.4506 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.9127
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2983	776	4.99 %
R_work	0.2314	14769	-
obs	0.2347	15545	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 128.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→48.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3146	0	0	0	3146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0096	3209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.338	4355
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0744	491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	564
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.16	1858

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.05-3.24	0.3681	127	0.2924	2416	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.24-3.49	0.2843	140	0.2558	2402	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.49-3.84	0.3586	127	0.2321	2431	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.84-4.4	0.3087	118	0.2159	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-5.54	0.2763	125	0.2203	2476	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.54-48.07	0.2891	139	0.2336	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.74194077913	0.348280067965	1.46126306325	0.832407712357	-0.0892026104645	0.645014945234	-0.420738509033	-0.537043302126	0.416634062047	-0.972555147409	-0.0153543132658	-0.580483025418	-0.0759335488666	1.05971860478	0.063051192546	0.701347895937	-0.143774803163	0.531841655493	1.3389826376	-0.803633798536	1.47816229926	8.62533742848	30.0362914701	210.155002379
2	2.39870271239	0.126718311179	-1.09904840832	4.29850606881	2.23953459114	4.23976476953	-0.0736324563662	-0.309025682616	0.5319086225	-0.332969548115	0.414884468055	-0.294337198114	-0.119572752416	0.252389166956	-0.39574113761	0.806711305426	-0.176239670732	0.0480123057221	0.744207744001	-0.24114367902	0.822858304012	11.696665767	19.8959856455	194.671114075
3	1.81815471798	-0.713457134299	-1.00074387156	2.6833236059	2.67186253979	5.83241881288	-0.0577845668006	-0.0866093670411	0.380131242058	0.145996586228	-0.312161996431	0.272419476533	-0.019234626286	-1.03740206983	0.2617943225	0.854479629896	-0.104591853041	0.0504093509245	0.816591640721	-0.212131806404	0.944635120846	1.0496619374	22.8136734415	203.228914124
4	0.737181285252	0.723349032488	-0.371191644252	1.18306434414	-0.620560940859	0.380561943925	-0.100048562821	0.233524762606	-0.0563334685723	-0.360064429531	1.42636319859	-0.464342681576	0.0101097266624	0.632889588393	-0.864029841302	1.06431964291	-0.0368460850911	-0.000971351852738	1.06058292138	-0.364579731697	0.915022822085	7.41723638527	13.7737170684	194.5743072
5	1.43546018598	0.245648972936	0.904483056521	4.43269548098	4.04805362835	7.1294329718	0.0769470813359	-0.450245454902	0.432009033271	-0.169951476758	-0.361956481059	0.427346550701	0.110721206003	-0.684449896535	0.294128253627	1.1282643324	0.167571226441	0.162783441192	1.01302499628	-0.225358737673	0.848645239933	5.57628326643	18.8449175011	209.273037019
6	2.6550462944	0.00987812884892	1.50340965171	3.12829963694	1.54874850069	4.49026503681	-0.0210628248206	-0.783981864171	0.817282684349	0.667992109267	0.760658837077	-0.355157708447	0.220454018217	0.901732902054	-0.563954339023	0.933917687939	0.163437979925	0.112856702233	1.17042481408	-0.4590579	1.02366567644	11.5489735501	20.2673634572	207.82884625
7	0.432405405622	-0.639279358934	0.540584052811	2.21296273196	1.75083590589	3.48655446401	0.478031061484	-1.56051750601	0.960270796754	0.784961628372	0.263863719773	-0.559924986833	0.454697846643	0.734185977775	-0.73936669718	1.08206212777	-0.242642279445	0.337722494576	1.33066007016	-0.769570081023	1.53384512449	17.8339363466	23.5503422122	206.613351769

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 208 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 209 through 251 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 252 through 282 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 283 through 310 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 311 through 351 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 352 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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