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- PDB-6z34: CymD monoaromatic hydrocarbon channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z34
タイトルCymD monoaromatic hydrocarbon channel
要素CymD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / FadL monoaromatic hydrocarbons biodegradation toluene outer membrane transport diffusion CymD
機能・相同性Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / long-chain fatty acid transporting porin activity / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta / membrane / CymD
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者van den Berg, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM104495-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Uptake of monoaromatic hydrocarbons during biodegradation by FadL channel-mediated lateral diffusion.
著者: Somboon, K. / Doble, A. / Bulmer, D. / Basle, A. / Khalid, S. / van den Berg, B.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CymD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2991
ポリマ－47,2991
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.890, 87.580, 132.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 CymD / Outer membrane protein


分子量: 47298.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Wild type protein, His-tagged / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: cymD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O33458
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, 0.02M mixed monosaccharides, 10-15% PEG 1000/10-15% PEG 3350/12.5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→43.8 Å / Num. obs: 21321 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 52.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 893 / CC1/2: 0.46 / Rpim(I) all: 0.59 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BRZ

3brz


解像度: 2.27→43.79 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2713 1068 5.01 %
Rwork0.2123 20248 -
obs0.2154 21316 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.15 Å2 / Biso mean: 75.95 Å2 / Biso min: 36.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→43.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 0 0 13 2899
Biso mean---53.49 -
残基数----382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0734007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3881699
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2702-2.37350.42381290.3779227491
2.3735-2.49860.37261020.3101253299
2.4986-2.65510.34231350.252522100
2.6551-2.86010.26211340.2252548100
2.8601-3.14780.2771480.2162538100
3.1478-3.60310.2461340.18392552100
3.6031-4.53880.24561440.18782580100
4.5388-43.790.26941420.20732702100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5197-0.6025-0.79974.42160.08750.2291-0.0551-0.04470.3470.06790.01780.0818-0.4272-0.28040.00660.48510.0807-0.04680.5303-0.05780.468822.8745104.8393132.1609
21.238-0.0294-0.14981.0129-0.4870.6569-0.043-0.04390.0824-0.07910.0007-0.0228-0.51670.01060.04560.46680.1052-0.03630.5238-0.06870.435830.3322104.2849138.9994
31.39690.20411.05380.5090.32842.41130.091-0.3358-0.06790.2629-0.04760.0363-0.0931-0.2109-0.01330.5443-0.07630.00140.5554-0.03320.469128.605998.5739155.2159
42.00820.79250.95880.38180.63851.49110.399-0.3713-0.14680.2834-0.1868-0.04410.0949-0.3091-0.23080.5947-0.01580.00170.4541-0.06670.493925.0951101.2874152.9413
53.3837-0.1619-0.87741.386-0.42723.30140.0681-0.27040.15260.0107-0.11930.1322-0.44960.14940.1090.46550.0882-0.03120.4685-0.04450.608223.7855114.2222135.6244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 42 )A3 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 149 )A43 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 247 )A150 - 247
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 248 through 346 )A248 - 346
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 347 through 439 )A347 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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