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Yorodumi- PDB-6xb9: Crystal structure of Azotobacter vinelandii 3-mercaptopropionic a... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6xb9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Azotobacter vinelandii 3-mercaptopropionic acid dioxygenase in complex with 3-hydroxypropionic acid | ||||||
Components | Cysteine dioxygenase type I protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / non-heme iron / competitive inhibitor / facial triad | ||||||
| Function / homology | Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / ferrous iron binding / 3-HYDROXY-PROPANOIC ACID / : / Cysteine dioxygenase type I protein Function and homology information | ||||||
| Biological species | Azotobacter vinelandii (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Kiser, P.D. / Khadka, N. / Shi, W. / Pierce, B.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021Title: Structure of 3-mercaptopropionic acid dioxygenase with a substrate analog reveals bidentate substrate binding at the iron center. Authors: York, N.J. / Lockart, M.M. / Sardar, S. / Khadka, N. / Shi, W. / Stenkamp, R.E. / Zhang, J. / Kiser, P.D. / Pierce, B.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 6xb9.cif.gz | 469.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6xb9.ent.gz | 381.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6xb9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6xb9_validation.pdf.gz | 11.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6xb9_full_validation.pdf.gz | 12.3 MB | Display | |
| Data in XML | 6xb9_validation.xml.gz | 82.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 6xb9_validation.cif.gz | 108.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/6xb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/6xb9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7kovC ![]() 4tlfS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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Controller
Components
About Yorodumi



Azotobacter vinelandii (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation











PDBj





