PDB-3w91: crystal structure of SeMet-labeled yeast N-acetyltransferase Mpr1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w91

タイトル

crystal structure of SeMet-labeled yeast N-acetyltransferase Mpr1 L87M mutant

要素

MPR1 protein

キーワード

TRANSFERASE / antioxidant enzyme / N-acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-glutamate-5-semialdehyde N-acetyltransferase / azetidine-2-carboxylic acid acetyltransferase activity / L-proline catabolic process / L-arginine biosynthetic process / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nasuno, R. / Hirano, Y. / Itoh, T. / Hakoshima, T. / Hibi, T. / Takagi, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural and functional analysis of the yeast N-acetyltransferase Mpr1 involved in oxidative stress tolerance via proline metabolism
著者: Nasuno, R. / Hirano, Y. / Itoh, T. / Hakoshima, T. / Hibi, T. / Takagi, H.

履歴

登録	2013年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w91.cif.gz	290.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w91.ent.gz	238.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3w91_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3w91_full_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示
XML形式データ	3w91_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	3w91_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w6sC 3w6xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3w6x-3 3w6x-5 3w6x-4 3w6s-2 3w6x-6 6z37-d 4pwy-1 2z0j-3 4fq5-d 3w6x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: MPR1 protein

B: MPR1 protein

C: MPR1 protein

80 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MPR1 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MPR1 protein

C: MPR1 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.558, 83.558, 192.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

#1: タンパク質	MPR1 protein 分子量: 26671.906 Da / 分子数: 3 / 変異: L87M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MPR1 / プラスミド: pQE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: E9P8D2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20.5% PEG3350, 0.1M Bistris-HCl (pH 5.5), 0.24M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 45346 / Num. obs: 45346 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 42.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 11.52 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24568	2273	5 %	RANDOM
R_work	0.20259	-	-	-
obs	0.2047	42768	99.47 %	-
all	-	45346	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.219 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0.32 Å²	-0 Å²
2-	-	0.65 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5474	0	0	198	5672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	5673
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.184	1.94	7736
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.596	5	681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.886	24.613	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.504	15	863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.716	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.754	1.5	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.554	2	5500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.352	3	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.026	4.5	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	158	-
R_work	0.225	3012	-
obs	-	-	98.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.648	-0.1026	-0.3577	0.7406	0.3339	2.3577	-0.0639	0.0008	-0.0753	-0.0277	0.0512	-0.0473	0.0897	0.2736	0.0127	0.0182	-0.0215	0.0064	0.1325	0.0076	0.0975	48.3972	64.4323	82.5416
2	0.801	-0.2165	-0.53	0.8152	0.5243	3.294	-0.0202	0.2632	0.0854	-0.1707	-0.1809	0.1019	-0.4599	-0.8972	0.2011	0.1034	0.1211	-0.0941	0.4795	-0.0807	0.1971	9.1828	71.0105	72.979
3	0.9319	0.1402	-0.1071	0.5699	0.6124	3.3586	0.0116	0.1029	-0.0325	0.0119	-0.277	0.1108	-0.2575	-1.197	0.2654	0.0284	0.084	-0.0007	0.6101	-0.1723	0.2391	-0.7688	73.5195	105.3798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 405
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 228
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301 - 357

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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