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- PDB-6z1v: Structure of the EC2 domain of CD9 in complex with nanobody 4E8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z1v
タイトルStructure of the EC2 domain of CD9 in complex with nanobody 4E8
要素
  • CD9 antigen
  • Nanobody 4E8
キーワードCELL ADHESION / Antibody-antigen complex / tetraspanin / EC2 domain / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of macrophage migration / paranodal junction assembly / glial cell migration / platelet alpha granule membrane / negative regulation of platelet aggregation / Uptake and function of diphtheria toxin ...Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of macrophage migration / paranodal junction assembly / glial cell migration / platelet alpha granule membrane / negative regulation of platelet aggregation / Uptake and function of diphtheria toxin / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / receptor internalization / platelet activation / endocytic vesicle membrane / extracellular vesicle / integrin binding / Platelet degranulation / cell population proliferation / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / focal adhesion / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD9, extracellular domain / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / CD9 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Oosterheert, W. / Pearce, N.M. / Gros, P.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)731.015.201 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.002.009 オランダ
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2020
タイトル: Implications for tetraspanin-enriched microdomain assembly based on structures of CD9 with EWI-F.
著者: Wout Oosterheert / Katerina T Xenaki / Viviana Neviani / Wouter Pos / Sofia Doulkeridou / Jip Manshande / Nicholas M Pearce / Loes Mj Kroon-Batenburg / Martin Lutz / Paul Mp van Bergen En ...著者: Wout Oosterheert / Katerina T Xenaki / Viviana Neviani / Wouter Pos / Sofia Doulkeridou / Jip Manshande / Nicholas M Pearce / Loes Mj Kroon-Batenburg / Martin Lutz / Paul Mp van Bergen En Henegouwen / Piet Gros /
要旨: Tetraspanins are eukaryotic membrane proteins that contribute to a variety of signaling processes by organizing partner-receptor molecules in the plasma membrane. How tetraspanins bind and cluster ...Tetraspanins are eukaryotic membrane proteins that contribute to a variety of signaling processes by organizing partner-receptor molecules in the plasma membrane. How tetraspanins bind and cluster partner receptors into tetraspanin-enriched microdomains is unknown. Here, we present crystal structures of the large extracellular loop of CD9 bound to nanobodies 4C8 and 4E8 and, the cryo-EM structure of 4C8-bound CD9 in complex with its partner EWI-F. CD9-EWI-F displays a tetrameric arrangement with two central EWI-F molecules, dimerized through their ectodomains, and two CD9 molecules, one bound to each EWI-F transmembrane helix through CD9-helices h3 and h4. In the crystal structures, nanobodies 4C8 and 4E8 bind CD9 at loops C and D, which is in agreement with the 4C8 conformation in the CD9-EWI-F complex. The complex varies from nearly twofold symmetric (with the two CD9 copies nearly anti-parallel) to ca. 50° bent arrangements. This flexible arrangement of CD9-EWI-F with potential CD9 homo-dimerization at either end provides a "concatenation model" for forming short linear or circular assemblies, which may explain the occurrence of tetraspanin-enriched microdomains.
履歴
登録2020年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD9 antigen
B: Nanobody 4E8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9485
ポリマ－25,6762
非ポリマー2723
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 1 : 1 complex was purified using gel filtration prior to crystallization.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.521, 89.446, 35.684
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CD9 antigen / 5H9 antigen / Cell growth-inhibiting gene 2 protein / Leukocyte antigen MIC3 / Motility-related ...5H9 antigen / Cell growth-inhibiting gene 2 protein / Leukocyte antigen MIC3 / Motility-related protein / MRP-1 / Tetraspanin-29 / Tspan-29 / p24


分子量: 10129.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD9, MIC3, TSPAN29, GIG2 / プラスミド: pUPE 107.03 / Cell (発現宿主): EMBRYONIC / 細胞株 (発現宿主): HEK293EBNA / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21926
#2: 抗体 Nanobody 4E8


分子量: 15546.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon Plus

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非ポリマー , 4種, 137分子

#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.67 % / 解説: 3D-diamond like shape
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.0, 30% (w/v) PEG 4,000 cryoprotected with reservoir solution supplemented with 20% (v/v) ethylene glycol.
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen temperature / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→44.72 Å / Num. obs: 32044 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 19.48 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.33→1.44 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1603 / CC1/2: 0.653 / Rpim(I) all: 0.6 / % possible all: 68.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHENIX1.14_3260精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structure of CD9EC2 bound to nanobody 4C8

解像度: 1.33→44.72 Å / SU ML: 0.1369 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1549 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
詳細: For the CD9EC2 - 4E8 dataset, the autoprocessed and anisotropical-truncated (autoproc-staraniso) reflection data file provided by DLS was employed. The structure was solved by molecular ...詳細: For the CD9EC2 - 4E8 dataset, the autoprocessed and anisotropical-truncated (autoproc-staraniso) reflection data file provided by DLS was employed. The structure was solved by molecular replacement using PHASER with the CD9EC2 - 4C8 structure as search model. The 4C8 residues were replaced with the corresponding 4E8 residues and the CDR regions of the nanobody were manually built in Coot. The structure was then iteratively refined using Refmac5 or Phenix, alternated with model improvement in COOT. The final refinement in Phenix yielded Rwork/Rfree = 15.1/19.0%
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1898 1570 4.9 %
Rwork0.1512 30472 -
obs0.1531 32042 69.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→44.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1570 0 18 134 1722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00791775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94062429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0772261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.8579679
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.33-1.370.5263200.2693371X-RAY DIFFRACTION9.49
1.37-1.420.3523450.2443784X-RAY DIFFRACTION20.2
1.42-1.480.2764780.2111505X-RAY DIFFRACTION38.55
1.48-1.550.24781250.1812138X-RAY DIFFRACTION54.74
1.55-1.630.24641500.16312820X-RAY DIFFRACTION72.09
1.63-1.730.21961710.15943584X-RAY DIFFRACTION91.03
1.73-1.870.18572030.14413957X-RAY DIFFRACTION99.93
1.87-2.050.17151880.13223704X-RAY DIFFRACTION93.33
2.05-2.350.18931890.13223436X-RAY DIFFRACTION86.56
2.35-2.960.19461980.1483956X-RAY DIFFRACTION97.67
2.96-44.720.17792030.15784217X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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