PDB-6yus: Capsule O-acetyltransferase of Neisseria meningitidis serogroup A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yus

タイトル

Capsule O-acetyltransferase of Neisseria meningitidis serogroup A H228A mutant in complex with CoA

要素

SacC

キーワード

TRANSFERASE / O-acetyltransferase / a/b hydrolase fold / serine transferase / catalytic triad

機能・相同性

Uncharacterised protein family (UPF0227) / Alpha/Beta hydrolase fold / COENZYME A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SacC

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cramer, J.T. / Fiebig, T. / Fedorov, R. / Muehlenhoff, M.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural and mechanistic basis of capsule O-acetylation in Neisseria meningitidis serogroup A.
著者: Fiebig, T. / Cramer, J.T. / Bethe, A. / Baruch, P. / Curth, U. / Fuhring, J.I. / Buettner, F.F.R. / Vogel, U. / Schubert, M. / Fedorov, R. / Muhlenhoff, M.

履歴

登録	2020年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yus.cif.gz	254.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yus.ent.gz	173.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yus	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6yuoC 6yuqSC 6yuvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yuo-1 6yuv-1 6yuq-1 6a97-d 5xmb-d 7dh6-d 3oml-1 5eq9-d 21440 3tzy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SacC

B: SacC

ヘテロ分子

60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SacC

B: SacC

ヘテロ分子

A: SacC

B: SacC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.740, 136.740, 70.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	SacC 分子量: 29349.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌) 遺伝子: sacC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68216
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Native H228A mutant CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of 18 mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother ...詳細: Native H228A mutant CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of 18 mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother liquor contained 50 mM HEPES pH 7.0, 100 mM HEPES pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, and 31-42% PEG200.

結晶

マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 %

結晶化

温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Native H228A mutant CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of 18 mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother ...

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976247 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976247 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→49.19 Å / Num. obs: 45806 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.5 % / B_iso Wilson estimate: 64.033 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 20.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2-2.13	14.8	4.501	0.5	7491	0.199	1.1997	4.662	99.9
2.13-2.29	24.6	2.336	1.3	7532	0.664	0.477	2.385	100
2.29-2.52	26.7	0.965	3.7	7546	0.936	0.189	0.983	100
2.52-2.88	26.8	0.362	10	7602	0.992	0.071	0.369	100
2.88-3.63	25.4	0.105	32.7	7659	0.999	0.021	0.107	100
3.63-49.19	22.8	0.044	73.4	7976	1	0.009	0.107	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YUQ

6yuq

解像度: 2→49.16 Å / SU ML: 0.3237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.6456
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	2239	5 %
R_work	0.1975	42520	-
obs	0.1992	44759	97.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3868	0	114	40	4022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0098	4062
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1399	5519
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0617	623
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	682
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.6629	1441

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.04	0.4361	94	0.4323	1783	X-RAY DIFFRACTION	67.01
2.04-2.09	0.4026	137	0.3875	2575	X-RAY DIFFRACTION	96.27
2.09-2.14	0.327	141	0.3365	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.14-2.2	0.3352	141	0.3086	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.27	0.2737	140	0.2798	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.34	0.3131	142	0.2516	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.42	0.2667	140	0.2392	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.42-2.52	0.2524	143	0.2333	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.52-2.63	0.2853	142	0.2246	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.77	0.2627	143	0.2226	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.95	0.2805	142	0.2226	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.95-3.17	0.2628	144	0.2266	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.49	0.242	144	0.2136	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-4	0.2516	143	0.1822	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4-5.04	0.179	148	0.1628	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
5.04-49.16	0.2357	155	0.1748	2930	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.89832389575	-0.758808272276	-3.27040796322	5.14645888591	0.499269618105	2.28386190904	0.383616333431	1.39512383418	-1.40105950354	-0.38352021585	0.650113867528	-0.844528256691	1.77791454209	3.15155740842	-1.08217081919	0.72487008641	0.33153207717	-0.125959494866	1.28377251792	-0.438618216172	1.03980828181	11.4077925262	28.2895874725	-22.2267871225
2	1.90164463947	-1.3459047716	0.129770958377	3.12926681837	0.117742941577	4.27356903475	0.101467522026	0.981949823714	-0.587912408626	-0.527664903533	0.33090094115	-0.226682688236	0.491729179739	0.976002468697	-0.47093004525	0.63949958871	0.00773866245413	-0.0688629177326	1.09517042515	-0.395613359805	0.675945317289	3.65265261659	34.7543746041	-29.5662602896
3	3.28702249969	-1.82431557287	0.890897145305	1.91695492852	2.13261307938	7.6244470131	-0.122911845535	1.5818204756	-0.912010626063	-0.651420540295	0.541519996906	-0.676078067487	-0.0616952548224	1.63072323713	-0.373053830202	0.671687878456	-0.00269815049347	-0.0474409423853	1.29887334092	-0.406104292489	0.656219466724	4.77164142199	38.0870991936	-30.4224380476
4	5.48703802308	1.36211898045	0.819296600768	4.35814402499	0.158959233038	6.11301315565	-0.0292572826109	0.737315773858	-0.410853076247	-0.212672704319	0.514377950858	-0.136365347943	0.369000044348	0.665775642245	-0.450048693927	0.442712316823	-0.00102927216428	-0.0835590555488	0.537448783224	-0.119563838458	0.409315495092	-7.17909640984	38.5120205621	-26.4575881194
5	7.30941753282	-3.76017365701	-0.464536771945	4.43038318569	3.62113440114	9.86810904563	-0.143057564571	0.235958813722	-1.73028185449	0.246937504131	-0.0169331185747	0.895256555428	1.18612724056	-0.62099372417	-0.019211040681	0.86796423809	-0.196260022983	-0.205341613687	0.581948729669	0.0332606710209	0.872698992855	-22.3322973666	27.6752049996	-25.7743245269
6	3.68744781439	-0.254868482525	0.392746084812	3.58154198208	-0.924444544219	5.29655316067	-0.384821118064	1.11010946097	0.013116210817	-0.653879754272	0.450522958742	0.221792387597	-0.309899896676	0.0804070621716	-0.0991769904005	0.577242766531	-0.202975734094	-0.131028315622	0.675314139476	0.0746368752758	0.472192129325	-14.6741706274	48.7124260555	-33.2822546008
7	8.08891115052	-4.2121924009	2.53766725917	9.81470009975	0.701274428185	9.41699037221	-0.321067237535	1.23192629382	0.0212165540295	-1.17853862704	0.579044470266	-0.543734292871	-0.42544877605	1.66365216151	-0.32588600202	0.787869769604	-0.404985026704	0.0743199257968	1.34344144841	-0.0836473696036	0.479393455844	-0.00973281033196	47.4797233321	-41.296721477
8	1.90454644695	0.716621816716	-3.13758530033	2.44970987514	-0.38149608125	5.23967560635	0.212863680937	0.0323518733674	-0.226204283895	0.284651945292	-0.136873919682	-0.239015201028	-0.0798330614421	0.116058314565	-0.0900124748789	0.4480163476	0.0625196586592	-0.182188895032	0.577094059142	-0.158448107591	0.544085539993	4.50115636231	42.5927034649	-0.122946573822
9	7.69231539648	-4.08459393446	-8.69487748482	4.94817856077	3.04702571832	2.04215507799	0.38496754606	-0.534588140885	0.439653133075	0.646274170088	0.00458475934522	-0.814901649123	0.0895367476301	1.2647885183	-0.433759102232	0.620481241859	0.0270422841201	-0.220354684971	0.821811292068	-0.0380849788418	0.720474816205	13.2537011097	37.7361375933	2.92938323328
10	4.13618330063	1.37367295383	-1.10381729716	2.05347507753	-0.233679344413	2.89010858805	-0.0525012612054	0.274573526171	-0.473208389032	0.172942442406	-0.154997773941	0.119488157191	0.482028274498	-0.240764902932	0.207734705994	0.615570338107	0.0217296111259	-0.0984893174216	0.540278693929	-0.193053186999	0.609430262922	-6.84052786323	31.6686205599	0.265072374466
11	9.08619621052	-6.85652069154	-4.84931514929	8.38620330928	3.55442408488	5.58622949184	0.0365025038354	1.09252558437	-1.46819848438	-0.410748489739	-0.735585167857	0.252241258261	0.952154122066	-0.732274090294	0.872828732588	0.971631845447	0.00324711450143	-0.0415682978364	0.541773632269	-0.175320593569	0.861118491337	-3.77778041264	18.3154045081	-2.55495864024
12	6.00761179858	0.172984110398	-2.5214798818	6.05797409014	-0.989391936147	6.91403528926	-0.43080554916	-0.501298026913	-0.869078043296	0.767633411497	0.0521597366165	-0.311159241513	1.33623188761	0.43227376321	0.333087684231	0.821230285489	0.123802348316	-0.0120202398505	0.546766453239	0.0970508874096	0.642594169734	2.110227306	22.0889935334	12.5097451445

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )	A	A	1 - 11	1 - 11
2	2	chain 'A' and (resid 12 through 52 )	A	A	12 - 52	12 - 52
3	3	chain 'A' and (resid 53 through 70 )	A	A	53 - 70	53 - 70
4	4	chain 'A' and (resid 71 through 149 )	A	A	71 - 149	71 - 149
5	5	chain 'A' and (resid 150 through 172 )	A	A	150 - 172	150 - 172
6	6	chain 'A' and (resid 173 through 229 )	A	A	173 - 229	173 - 229
7	7	chain 'A' and (resid 230 through 245 )	A	A	230 - 245	230 - 245
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 52 )	B	C	1 - 52	1 - 52
9	9	chain 'B' and (resid 53 through 65 )	B	C	53 - 65	53 - 65
10	10	chain 'B' and (resid 66 through 172 )	B	C	66 - 172	66 - 172
11	11	chain 'B' and (resid 173 through 188 )	B	C	173 - 188	173 - 188
12	12	chain 'B' and (resid 189 through 244 )	B	C	189 - 244	189 - 244

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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