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- PDB-5xmb: Mycobacterium tuberculosis Pantothenate kinase mutant F247A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xmb
タイトルMycobacterium tuberculosis Pantothenate kinase mutant F247A
要素Pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / Homodimer / CoA biosynthesis / Nucleotide binding / Concerted movement / Structural transformation
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pantothenate kinase / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Paul, A. / Kumar, P. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Biochemical and structural studies of mutants indicate concerted movement of the dimer interface and ligand-binding region of Mycobacterium tuberculosis pantothenate kinase
著者: Paul, A. / Kumar, P. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2005
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of pantothenate kinase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Das, S. / Kumar, P. / Bhor, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2006
タイトル: Invariance and variability in bacterial PanK: a study based on the crystal structure of Mycobacterium tuberculosis PanK
著者: Das, S. / Kumar, P. / Bhor, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2009
タイトル: Mycobacterium tuberculosis pantothenate kinase: possible changes in location of ligands during enzyme action
著者: Chetnani, B. / Das, S. / Kumar, P. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#4: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2010
タイトル: M. tuberculosis pantothenate kinase: dual substrate specificity and unusual changes in ligand locations
著者: Chetnani, B. / Kumar, P. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2011
タイトル: Location and conformation of pantothenate and its derivatives in Mycobacterium tuberculosis pantothenate kinase: insights into enzyme action
著者: Chetnani, B. / Kumar, P. / Abhinav, K.V. / Chhibber, M. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2017年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase
B: Pantothenate kinase
C: Pantothenate kinase
D: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,8998
ポリマ－142,5154
非ポリマー3844
水59433
1
A: Pantothenate kinase
B: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4504
ポリマ－71,2582
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area26070 Å2
2
C: Pantothenate kinase
D: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4504
ポリマ－71,2582
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area25500 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)84.829, 104.719, 145.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A5 - 22
2111B5 - 22
1211A42 - 79
2211B42 - 79
1311A88 - 242
2311B88 - 242
1411A258 - 312
2411B258 - 312
1121C9 - 18
2121D9 - 18
1221C43 - 78
2221D43 - 78
1321C86 - 247
2321D86 - 247
1421C269 - 311
2421D269 - 311

NCSアンサンブル:
ID
2
1

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.996482, -0.082722, -0.013422), (-0.075601, 0.818241, 0.569883), (-0.036159, 0.568893, -0.821617)-25.78837, -4.26479, 10.00869

-
要素

#1: タンパク質
Pantothenate kinase / Pantothenic acid kinase


分子量: 35628.754 Da / 分子数: 4 / 変異: F247A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: coaA, Rv1092c, MTV017.45c / プラスミド: PET-28A(+) / 詳細 (発現宿主): Novagen / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPA7, pantothenate kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 25%PEG 3350, 200mM Ammonium sulphate, 100mM Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.953725 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→84.96 Å / Num. obs: 20268 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2961 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GEU

2geu


解像度: 3.2→84.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.82 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.71 / SU B: 49.442 / SU ML: 0.839 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.795 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35941 1032 5.2 %RANDOM
Rwork0.29135 ---
obs0.29497 18786 90.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.349 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.57 Å2-0 Å2-0 Å2
2--8.84 Å2-0 Å2
3----5.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→84.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8020 0 20 33 8073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.027738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.96411214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.082317546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24251054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.05122.28329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.066151184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4881575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 64 -
Rwork0.38 1286 -
obs--84.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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