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万見
- PDB-5eq9: Crystal structure of Medicago truncatula Histidinol-Phosphate Pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eq9
タイトルCrystal structure of Medicago truncatula Histidinol-Phosphate Phosphatase (MtHPP) in complex with L-histidinol phosphate and Mg2+
要素Inositol monophosphatase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / histidine biosynthesis / metabolic pathways / dimer / plant
機能・相同性
機能・相同性情報


histidinol-phosphatase activity / histidinol-phosphatase / L-histidine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histidinol-phosphate phosphatase, putative, inositol monophosphatase / : / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Histidinol-phosphate phosphatase, putative, inositol monophosphatase / : / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HSA / histidinol-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Studies of Medicago truncatula Histidinol Phosphate Phosphatase from Inositol Monophosphatase Superfamily Reveal Details of Penultimate Step of Histidine Biosynthesis in Plants.
著者: Ruszkowski, M. / Dauter, Z.
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol monophosphatase
B: Inositol monophosphatase
C: Inositol monophosphatase
D: Inositol monophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,71113
ポリマ－121,6374
非ポリマー1,0749
水23,6901315
1
A: Inositol monophosphatase
B: Inositol monophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3096
ポリマ－60,8192
非ポリマー4914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
2
C: Inositol monophosphatase
D: Inositol monophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4027
ポリマ－60,8192
非ポリマー5835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.885, 89.802, 92.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Inositol monophosphatase


分子量: 30409.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: MTR_3g117220 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: G7J7Q5
#2: 化合物
ChemComp-HSA / PHOSPHORIC ACID MONO-[2-AMINO-3-(3H-IMIDAZOL-4-YL)-PROPYL]ESTER / L-ヒスチジノ-ルりん酸


分子量: 221.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12N3O4P
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein at 19 mg/ml concentration. 15% PEG 3350, 0.2 M diammonium hydrogen phosphate, pH 8.0. Crystal washed in a crystallization solution supplemented with 2 mM MgCl2, 5 mM HOLP and 20% ...詳細: Protein at 19 mg/ml concentration. 15% PEG 3350, 0.2 M diammonium hydrogen phosphate, pH 8.0. Crystal washed in a crystallization solution supplemented with 2 mM MgCl2, 5 mM HOLP and 20% glycerol and immediately vitrified in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→40 Å / Num. obs: 214644 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.36→1.44 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.36→36.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.922 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.156 1074 0.5 %RANDOM
Rwork0.116 ---
obs0.116 213570 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20.81 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.36→36.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7967 0 66 1315 9348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0198262
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.91.95811259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.112317996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29351040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.72924.507355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.056151331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1611536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.21272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0219365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2961.3264126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2961.3264126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9091.9935143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9091.9935144
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9491.7694136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9481.7694136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7692.4846106
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.78413.78210537
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.78413.78310538
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.702316079
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free39.4995303
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.752516921
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.4 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 78 -
Rwork0.265 15365 -
obs--97.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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