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- PDB-2j3z: Crystal structure of the enzymatic component C2-I of the C2-toxin... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2j3z | ||||||
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Title | Crystal structure of the enzymatic component C2-I of the C2-toxin from Clostridium botulinum at pH 6.1 | ||||||
![]() | C2 TOXIN COMPONENT I | ||||||
![]() | TOXIN / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / CLOSTRIDIUM BOTULINUM | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schleberger, C. / Hochmann, H. / Barth, H. / Aktories, K. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and Action of the Binary C2 Toxin from Clostridium Botulinum. Authors: Schleberger, C. / Hochmann, H. / Barth, H. / Aktories, K. / Schulz, G.E. | ||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 860.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 523.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 562.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 93.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 130.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2j3vSC ![]() 2j3xC ![]() 2j42C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
NCS oper:
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 49391.684 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CO / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 77 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 77 TO ARG ...ENGINEERED | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.8 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.1 Details: PROTEIN: 14 MG/ML IN H2O RESERVOIR: 0.1 M MES PH 6.1, 2.1 M (NH4)2SO4, 0.03 M COCL2 HANGING DROP 1:1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.813 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.26→91 Å / Num. obs: 136331 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.26→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 77.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2J3V Resolution: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 16.126 / SU ML: 0.194 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.243 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.4 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→40 Å
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Refine LS restraints |
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