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Yorodumi- PDB-2j3z: Crystal structure of the enzymatic component C2-I of the C2-toxin... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 2j3z | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the enzymatic component C2-I of the C2-toxin from Clostridium botulinum at pH 6.1 | ||||||
Components | C2 TOXIN COMPONENT I | ||||||
Keywords | TOXIN / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / CLOSTRIDIUM BOTULINUM | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Schleberger, C. / Hochmann, H. / Barth, H. / Aktories, K. / Schulz, G.E. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2006Title: Structure and Action of the Binary C2 Toxin from Clostridium Botulinum. Authors: Schleberger, C. / Hochmann, H. / Barth, H. / Aktories, K. / Schulz, G.E. | ||||||
| History |
| ||||||
| Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
| Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 2j3z.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb2j3z.ent.gz | 860.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 2j3z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 2j3z_validation.pdf.gz | 523.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 2j3z_full_validation.pdf.gz | 562.1 KB | Display | |
| Data in XML | 2j3z_validation.xml.gz | 93.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 2j3z_validation.cif.gz | 130.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/2j3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/2j3z | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2j3vSC ![]() 2j3xC ![]() 2j42C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
NCS oper:
|
-
Components
| #1: Protein | Mass: 49391.684 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CO / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 77 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 77 TO ARG ...ENGINEERED | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.8 % |
|---|---|
| Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.1 Details: PROTEIN: 14 MG/ML IN H2O RESERVOIR: 0.1 M MES PH 6.1, 2.1 M (NH4)2SO4, 0.03 M COCL2 HANGING DROP 1:1 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, HAMBURG / Beamline: X11 / Wavelength: 0.813 |
| Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.813 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.26→91 Å / Num. obs: 136331 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.7 |
| Reflection shell | Resolution: 2.26→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 77.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 2J3V Resolution: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 16.126 / SU ML: 0.194 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.243 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 38.4 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→40 Å
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| Refine LS restraints |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Citation












PDBj











