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Yorodumi- PDB-6yuv: Capsule O-acetyltransferase of Neisseria meningitidis serogroup A -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yuv | |||||||||
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Title | Capsule O-acetyltransferase of Neisseria meningitidis serogroup A | |||||||||
Components | SacC | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / O-acetyltransferase / a/b hydrolase fold / serine transferase / catalytic triad | |||||||||
Function / homology | Uncharacterised protein family UPF0227/Esterase YqiA / Uncharacterised protein family (UPF0227) / Alpha/Beta hydrolase fold / TRIETHYLENE GLYCOL / SacC Function and homology information | |||||||||
Biological species | Neisseria meningitidis serogroup A (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Cramer, J.T. / Fiebig, T. / Fedorov, R. / Muehlenhoff, M. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: Structural and mechanistic basis of capsule O-acetylation in Neisseria meningitidis serogroup A. Authors: Fiebig, T. / Cramer, J.T. / Bethe, A. / Baruch, P. / Curth, U. / Fuhring, J.I. / Buettner, F.F.R. / Vogel, U. / Schubert, M. / Fedorov, R. / Muhlenhoff, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yuv.cif.gz | 255.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yuv.ent.gz | 172.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yuv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6yuv_validation.pdf.gz | 1019.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6yuv_full_validation.pdf.gz | 1020.4 KB | Display | |
Data in XML | 6yuv_validation.xml.gz | 19.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6yuv_validation.cif.gz | 28.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yuv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6yuoSC 6yuqC 6yusC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29374.439 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria meningitidis serogroup A (bacteria) Gene: sacC / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: O68216 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PGE / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Native wild type CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of 18 mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother liquor ...Details: Native wild type CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of 18 mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother liquor contained 50 mM HEPES pH 7.0, 100 mM HEPES pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, and 31-42% PEG200. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.999996 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999996 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 46740 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 22.8 % / Biso Wilson estimate: 50.533 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 36.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6YUO Resolution: 2→49.4 Å / SU ML: 0.2127 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.2813
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→49.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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