PDB-6ys1: Crystal structure of FAP R451K mutant in the dark at 100K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ys1

タイトル

Crystal structure of FAP R451K mutant in the dark at 100K

要素

Fatty acid Photodecarboxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / GMC fold

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid photodecarboxylase / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorella variabilis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Sorigue, D. / Gotthard, G. / Blangy, S. / Nurizzo, D. / Royant, A. / Beisson, F. / Arnoux, P.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism and dynamics of fatty acid photodecarboxylase.
著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, ...

履歴

登録	2020年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ys1.cif.gz	139.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ys1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ys1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ys1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ys1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ys1_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	6ys1_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ys1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ys1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yruSC 6yrvC 6yrxC 6yrzC 6ys2C 6zh7C 7av4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yrv-d 6yru-d 4tw2-1 6yrz-d 3rn6-d 3gdp-1 3di4-d 2a8j-d 2id4-1 7av4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1775333 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (6) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

62.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.620, 102.780, 155.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Fatty acid Photodecarboxylase 分子量: 61058.551 Da / 分子数: 1 / 変異: R451K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella variabilis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TC92
#2: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 4000 25-40%, Na citrate 100 mM, spermidine 10mM

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.966 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.966 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→90 Å / Num. obs: 87644 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.232 % / B_iso Wilson estimate: 28.854 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 1.019 / Net I/σ(I): 12.22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.64-1.75	4.041	0.853	1.52	15347	0.537	0.984	99.5
1.75-1.89	4.43	0.494	2.85	14787	0.804	0.563	99.9
1.89-2.07	4.371	0.257	5.47	13646	0.935	0.294	99.7
2.07-2.32	4.081	0.144	9.32	12553	0.975	0.166	99.6
2.32-2.67	4.273	0.085	15.47	10648	0.991	0.097	99.3
2.67-3.27	4.379	0.053	23.74	9325	0.997	0.06	99.7
3.27-4.62	3.94	0.031	35.41	7198	0.998	0.036	98.7
4.62-90	4.304	0.025	41.83	4140	0.999	0.028	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0257	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YRU

6yru

解像度: 1.64→46.401 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.979 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1921	4341	4.954 %
R_work	0.1661	-	-
all	0.167	-	-
obs	-	87633	99.468 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.878 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.818 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.557 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→46.401 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4254	0	106	365	4725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	4506
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.798	1.642	6119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.527	1.575	9710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.959	5	587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.961	21.598	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.267	15	697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.172	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	897
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.475	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.791	2.223	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.785	2.221	2302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.387	3.325	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.387	3.326	2882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.233	2.533	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.233	2.534	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.761	3.655	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.76	3.656	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.612	27.001	5107
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.522	26.614	5015

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.683	0.32	316	0.301	6105	X-RAY DIFFRACTION	99.5967
1.683-1.729	0.309	294	0.277	5921	X-RAY DIFFRACTION	98.965
1.729-1.779	0.268	289	0.25	5823	X-RAY DIFFRACTION	99.8204
1.779-1.833	0.268	278	0.224	5660	X-RAY DIFFRACTION	99.9327
1.833-1.894	0.235	304	0.202	5443	X-RAY DIFFRACTION	99.809
1.894-1.96	0.228	274	0.193	5311	X-RAY DIFFRACTION	99.8391
1.96-2.034	0.201	277	0.173	5106	X-RAY DIFFRACTION	99.6667
2.034-2.117	0.186	260	0.163	4910	X-RAY DIFFRACTION	99.653
2.117-2.211	0.188	220	0.157	4749	X-RAY DIFFRACTION	99.4795
2.211-2.319	0.19	246	0.151	4489	X-RAY DIFFRACTION	99.7262
2.319-2.444	0.179	218	0.144	4289	X-RAY DIFFRACTION	98.7944
2.444-2.592	0.179	256	0.141	4047	X-RAY DIFFRACTION	99.7219
2.592-2.771	0.183	193	0.149	3849	X-RAY DIFFRACTION	99.8518
2.771-2.993	0.189	182	0.153	3590	X-RAY DIFFRACTION	99.762
2.993-3.278	0.189	160	0.165	3326	X-RAY DIFFRACTION	99.5147
3.278-3.664	0.175	172	0.163	2967	X-RAY DIFFRACTION	99.2726
3.664-4.23	0.164	137	0.14	2640	X-RAY DIFFRACTION	98.4054
4.23-5.178	0.133	100	0.133	2266	X-RAY DIFFRACTION	97.971
5.178-7.309	0.236	98	0.167	1782	X-RAY DIFFRACTION	99.7347
7.309-46	0.15	67	0.175	1019	X-RAY DIFFRACTION	97.8378

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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