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万見
- PDB-6ypd: Crystal structure of AmpC from E. coli with Cyclic Boronate 3 (CB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ypd
タイトルCrystal structure of AmpC from E. coli with Cyclic Boronate 3 (CB3 / APC308)
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta lactamase / antibiotic resistance / bicyclic boronate
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KL8 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lang, P.A. / Brem, J. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MRF-145-0004-TPG-AVISO 英国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Bicyclic Boronates as Potent Inhibitors of AmpC, the Class C beta-Lactamase from Escherichia coli .
著者: Lang, P.A. / Parkova, A. / Leissing, T.M. / Calvopina, K. / Cain, R. / Krajnc, A. / Panduwawala, T.D. / Philippe, J. / Fishwick, C.W.G. / Trapencieris, P. / Page, M.G.P. / Schofield, C.J. / Brem, J.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.title / _struct_conn.conn_type_id ..._citation.title / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4349
ポリマ－39,5881
非ポリマー8478
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.971, 138.971, 138.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

CL

21A-408-

ZN

31A-804-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39587.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: ampC, ampA, b4150, JW4111
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 (大腸菌)
参照: UniProt: P00811, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 364分子

#2: 化合物 ChemComp-KL8 / (3~{S})-2,2-bis(oxidanyl)-3-(phenylmethylsulfanyl)-3,4-dihydro-1,2-benzoxaborinin-2-ium-8-carboxylic acid


分子量: 331.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16BO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 25% (w/v) PEG6000, 0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→138.97 Å / Num. obs: 60941 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 77.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
1.6-1.6367.44.5041.329480.6730.5474.538
8.76-138.9763.40.03976.948110.0050.04

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.66 Å98.32 Å
Translation5.66 Å98.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
DIALSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IEM

1iem


解像度: 1.6→49.134 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 1990 3.28 %
Rwork0.1709 --
obs0.1715 60656 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.06 Å2 / Biso mean: 31.0051 Å2 / Biso min: 14.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→49.134 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2764 0 50 376 3190
Biso mean--57.38 40.61 -
残基数----358
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6-1.63890.28281400.23924127100
1.6389-1.68330.25921410.21154129100
1.6833-1.73280.25081400.20344128100
1.7328-1.78870.22631400.19744125100
1.7887-1.85270.23171410.1874158100
1.8527-1.92680.27791390.2659407998
1.9268-2.01450.20611380.1896411599
2.0145-2.12070.2031380.19374136100
2.1207-2.25360.19791420.1868416699
2.2536-2.42760.2011420.16924179100
2.4276-2.67190.1851430.15554214100
2.6719-3.05850.17611450.15494259100
3.0585-3.85310.15131470.15764310100
3.8531-49.1340.17081540.15494541100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.672-0.8965-1.35476.6841.38783.14560.06230.1534-0.0423-0.3345-0.1838-0.16630.0962-0.09720.1150.21070.01190.01830.24390.00540.1926-3.1991-0.47656.4347
23.0720.8659-2.11991.4098-0.56182.21410.1235-0.20610.11340.1224-0.0216-0.0951-0.11250.1507-0.11690.16650.0013-0.02750.13720.00890.1339-5.31292.855823.0206
31.3691-0.09920.5953.4195-0.89650.5930.1357-0.24990.27010.5172-0.01520.3252-0.2855-0.2705-0.10570.39690.04740.16640.2862-0.01650.2849-30.52878.370943.7818
41.7873-0.3443-0.65432.41840.36893.54650.272-0.11540.50630.35260.05780.0906-0.7504-0.2787-0.18990.39010.07380.16260.22070.00890.2992-27.798416.561834.1821
52.19370.6703-0.95221.0278-0.13991.28890.0363-0.15770.01810.1915-0.0209-0.037-0.07430.0809-0.0140.2319-0.00020.00760.17340.0040.1555-13.57151.632731.0669
61.6383-0.0809-0.84770.6974-0.31021.6285-0.00570.22940.01060.00080.04310.1326-0.0088-0.2732-0.03820.19090.00250.00210.21090.00780.1828-18.47171.88215.695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 23 )A4 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 79 )A24 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 98 )A80 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 99 through 162 )A99 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 163 through 275 )A163 - 275
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 276 through 362 )A276 - 362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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