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- PDB-6ymg: VcaM4I restriction endonuclease in complex with 5mC-modified dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ymg
タイトルVcaM4I restriction endonuclease in complex with 5mC-modified dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3')
  • HNH endonuclease
キーワードHYDROLASE / PUA superfamily / EVE domain / DNA endonuclease / modification-dependent restriction endonuclease / MDRE / 5-hydroxymethylcytosine / 5-methylcytosine
機能・相同性HNH endonuclease / HNH nuclease / endonuclease activity / DNA / DNA (> 10) / HNH endonuclease
機能・相同性情報
生物種Vibrio campbellii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Pastor, M. / Czapinska, H. / Lutz, T. / Helbrecht, I. / Xu, S. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of the EVE-HNH endonuclease VcaM4I in the presence and absence of DNA.
著者: Pastor, M. / Czapinska, H. / Helbrecht, I. / Krakowska, K. / Lutz, T. / Xu, S.Y. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: A protein architecture guided screen for modification dependent restriction endonucleases.
著者: Lutz, T. / Flodman, K. / Copelas, A. / Czapinska, H. / Mabuchi, M. / Fomenkov, A. / He, X. / Bochtler, M. / Xu, S.Y.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HNH endonuclease
B: HNH endonuclease
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,12616
ポリマ－84,2266
非ポリマー90010
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13250 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area31500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.111, 81.111, 617.307
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22E
13D
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEUAA1 - 3091 - 309
21METMETLEULEUBB1 - 3091 - 309
12DCDCDADACC1 - 111 - 11
22DCDCDADAEE1 - 111 - 11
13DTDTDGDGDD1 - 111 - 11
23DTDTDGDGFF1 - 111 - 11

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HNH endonuclease


分子量: 35390.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio campbellii (バクテリア) / 遺伝子: DSB67_20905 / プラスミド: pTXB1 (modified) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A344KQF3

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3348.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 96分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25
詳細: Reservoir solution: 1.2 M (NH4)2SO4 , 0.1 M MES pH 5.25; protein:DNA solution: 0.3 M NaCl, 15 mM Tris-HCl pH 8.5 and 1 mM TCEP. For cryo-protection the reservoir solution was diluted with ...詳細: Reservoir solution: 1.2 M (NH4)2SO4 , 0.1 M MES pH 5.25; protein:DNA solution: 0.3 M NaCl, 15 mM Tris-HCl pH 8.5 and 1 mM TCEP. For cryo-protection the reservoir solution was diluted with glycerol to achieve 30% concentration.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→49.1 Å / Num. obs: 20874 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 54.3 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.227 / Rsym value: 0.215 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.14→3.33 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique obs: 2591 / CC1/2: 0.306 / Rrim(I) all: 1.641 / Rsym value: 1.521 / % possible all: 74.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YEX

6yex


解像度: 3.14→49.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 65.356 / SU ML: 0.464 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.482
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. THE IDENTITY OF THE SOLVENT MOLECULES HAS BEEN ASSIGNED TENTATIVELY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2662 1031 4.9 %RANDOM
Rwork0.2415 ---
obs0.2428 19843 92.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 182.33 Å2 / Biso mean: 71.579 Å2 / Biso min: 22.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0.38 Å2-0 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---2.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.14→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4998 892 46 86 6022
Biso mean--119.71 46.55 -
残基数----662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0126203
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0185057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.568587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1731.71711807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1375621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54323.805297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92415881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3941522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021335
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A102950.07
12B102950.07
21C7480.13
22E7480.13
31D8790.1
32F8790.1
LS精密化 シェル解像度: 3.143→3.312 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 104 -
Rwork0.387 2214 -
obs--73.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67480.30550.06530.1630.15680.7030.02280.0476-0.1072-0.020.0195-0.0471-0.180.075-0.04230.1986-0.00540.02790.1648-0.0760.0536.3098-32.183719.9641
21.2566-0.5159-0.01940.57550.62491.1066-0.0543-0.0561-0.09030.02080.04880.0243-0.00820.08360.00550.1573-0.00250.02710.0949-0.0130.0388-1.8412-24.92853.1742
30.66920.2309-0.28552.2556-0.99011.22990.01060.0693-0.06870.1326-0.12450.0319-0.08760.05640.11390.10960.0264-0.01770.2042-0.01920.02647.807-18.4713-12.0967
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A157 - 310
2X-RAY DIFFRACTION1B157 - 310
3X-RAY DIFFRACTION2A1 - 156
4X-RAY DIFFRACTION2C1 - 11
5X-RAY DIFFRACTION2D1 - 11
6X-RAY DIFFRACTION3B1 - 156
7X-RAY DIFFRACTION3E1 - 11
8X-RAY DIFFRACTION3F1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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