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- PDB-5j3e: Crystal Structure of Human THYN1 protein in complex with 5-methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j3e
タイトルCrystal Structure of Human THYN1 protein in complex with 5-methylcytosine containing DNA
要素
  • 5-methylcytosine containing DNA
  • Thymocyte nuclear protein 1
キーワードNUCLEAR PROTEIN/DNA / protein-DNA complex / modified DNA / 5-methylcytosine containing DNA / Structural Genomics Consortium / SGC / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / EVE domain / EVE domain / ph1033 like fold / ph1033 like domains / PUA-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Thymocyte nuclear protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Halabelian, L. / Tempel, W. / Li, Y. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Human THYN1 protein in complex with 5-methylcytosine containing DNA
著者: Halabelian, L. / Tempel, W. / Li, Y. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2016年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymocyte nuclear protein 1
B: Thymocyte nuclear protein 1
C: 5-methylcytosine containing DNA
D: 5-methylcytosine containing DNA
E: 5-methylcytosine containing DNA
F: 5-methylcytosine containing DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,19014
ポリマ－66,1906
非ポリマー08
水18010
1
A: Thymocyte nuclear protein 1
E: 5-methylcytosine containing DNA
F: 5-methylcytosine containing DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0956
ポリマ－33,0953
非ポリマー03
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
2
B: Thymocyte nuclear protein 1
C: 5-methylcytosine containing DNA
D: 5-methylcytosine containing DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0958
ポリマ－33,0953
非ポリマー05
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.327, 73.232, 108.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 218 - 222 / Label seq-ID: 218 - 222

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Thymocyte nuclear protein 1 / Thymocyte protein Thy28


分子量: 25740.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THYN1, THY28, HSPC144, MDS012, My0054 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V3R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9P016
#2: DNA鎖
5-methylcytosine containing DNA / 5-methylcytosine containing DNA


分子量: 3677.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by IDTDNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1M TRISODIUM CITRATE, 0.2M NaCl, 30% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→43.51 Å / Num. obs: 19516 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 73091
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.6-2.723.80.7292.1914824090.7640.4350.85100
9.01-43.513.40.02438.516744890.9990.0150.02897.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimless0.5.9データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EOP

3eop


解像度: 2.6→43.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.2235 / WRfactor Rwork: 0.1826 / FOM work R set: 0.7527 / SU B: 32.564 / SU ML: 0.294 / SU R Cruickshank DPI: 0.5723 / SU Rfree: 0.2964 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.572 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Molecular Replacement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 941 4.8 %RANDOM
Rwork0.2087 ---
obs0.2106 18559 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.03 Å2 / Biso mean: 54.604 Å2 / Biso min: 24.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å21.34 Å2
2---1.17 Å2-0 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→43.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2728 976 8 10 3722
Biso mean--34.78 42.19 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0173942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.7375550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07837259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7875341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.80624.37135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83415471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.411514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8632.1421370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8592.141369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4663.2091709
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
37MEDIUM POSITIONAL0.020.5
30TIGHT THERMAL3.070.5
37MEDIUM THERMAL3.362
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 85 -
Rwork0.343 1356 -
all-1441 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9126-0.3452-1.76572.1566-0.81425.1837-0.04010.416-0.0125-0.3068-0.09250.01330.0630.03530.13250.29170.0190.11670.1453-0.01660.2618-18.501813.9421-48.056
23.621-1.0565-2.68632.79561.62014.5242-0.2003-0.0004-0.11050.1735-0.19050.53080.2996-0.15090.39080.2569-0.03790.34570.0204-0.0760.5197-39.728910.3239-6.3277
37.1109-2.1821.52882.1841-0.48890.34970.11380.2336-0.00970.0552-0.10730.2153-0.0146-0.0318-0.00640.13480.04520.11770.5077-0.09940.777-53.324728.8705-15.3184
411.8755-0.1477-0.26660.9305-0.60120.41350.0190.2273-0.03160.0973-0.0866-0.0451-0.11340.01830.06750.2355-0.032-0.07430.4732-0.05840.6812-52.995227.556-15.5761
511.39821.4224-0.06951.01840.03970.2666-0.42520.29021.1335-0.13620.20680.1805-0.13670.16230.21840.1856-0.034-0.06150.53130.05340.4932-7.185330.2953-38.011
610.82560.5455-0.96821.09760.61060.4992-0.07390.36480.1270.05910.02660.04680.0234-0.00610.04730.16290.0326-0.00740.56470.07840.4252-7.028831.75-38.2
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A53 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2B54 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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