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万見
- PDB-6yj6: Structure of the TFIIIC subcomplex tauA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yj6
タイトルStructure of the TFIIIC subcomplex tauA
要素
  • Transcription factor tau 131 kDa subunit
  • Transcription factor tau 55 kDa subunit
  • Transcription factor tau 95 kDa subunit,Transcription factor tau 95 kDa subunit
キーワードTRANSCRIPTION / TFIIIC / tauA / Transcription initiation / Pol III / TFIIIB / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / phosphatase activity / transcription by RNA polymerase III / DNA binding / nucleoplasm ...5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / phosphatase activity / transcription by RNA polymerase III / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIIC subunit Tfc7/tau55 / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain / Tau95 Triple barrel domain ...Transcription factor TFIIIC subunit Tfc7/tau55 / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain / Tau95 Triple barrel domain / Tetratricopeptide repeat / Phosphoglycerate mutase family / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor tau 95 kDa subunit / Transcription factor tau 131 kDa subunit / Transcription factor tau 55 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Vorlaender, M.K. / Muller, C.W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the TFIIIC subcomplex τA provides insights into RNA polymerase III pre-initiation complex formation.
著者: Matthias K Vorländer / Anna Jungblut / Kai Karius / Florence Baudin / Helga Grötsch / Jan Kosinski / Christoph W Müller /
要旨: Transcription factor (TF) IIIC is a conserved eukaryotic six-subunit protein complex with dual function. It serves as a general TF for most RNA polymerase (Pol) III genes by recruiting TFIIIB, but it ...Transcription factor (TF) IIIC is a conserved eukaryotic six-subunit protein complex with dual function. It serves as a general TF for most RNA polymerase (Pol) III genes by recruiting TFIIIB, but it is also involved in chromatin organization and regulation of Pol II genes through interaction with CTCF and condensin II. Here, we report the structure of the S. cerevisiae TFIIIC subcomplex τA, which contains the most conserved subunits of TFIIIC and is responsible for recruitment of TFIIIB and transcription start site (TSS) selection at Pol III genes. We show that τA binding to its promoter is auto-inhibited by a disordered acidic tail of subunit τ95. We further provide a negative-stain reconstruction of τA bound to the TFIIIB subunits Brf1 and TBP. This shows that a ruler element in τA achieves positioning of TFIIIB upstream of the TSS, and suggests remodeling of the complex during assembly of TFIIIB by TFIIIC.
履歴
登録2020年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10817
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor tau 131 kDa subunit
B: Transcription factor tau 95 kDa subunit,Transcription factor tau 95 kDa subunit
C: Transcription factor tau 55 kDa subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,3103
ポリマ－247,3103
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area19590 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area74610 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor tau 131 kDa subunit / TFIIIC 131 kDa subunit / Transcription factor C subunit 4


分子量: 120746.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC4, PCF1, YGR047C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P33339
#2: タンパク質 Transcription factor tau 95 kDa subunit,Transcription factor tau 95 kDa subunit / TFIIIC 95 kDa subunit / Transcription factor C subunit 1


分子量: 77363.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC1, YBR123C, YBR0919 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32367
#3: タンパク質 Transcription factor tau 55 kDa subunit / TFIIIC 55 kDa subunit / Transcription factor C subunit 7


分子量: 49198.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC7, YOR110W, O3234, YOR3234w / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12415

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TFIIIC subcomplex tauA / タイプ: COMPLEX
詳細: Generated by co-expression of subunits in insect cells
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.245 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株: Hi 5 cells
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, 5 mM DTT, 75 mM NaCl
試料濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 4 mM CHAPSO added prior to freezing
試料支持詳細: Pelco Easygglow instrument / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blot force 2, Blot time 4

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 48.73 sec. / 電子線照射量: 1.35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5824 / 詳細: collected 8 frames per hole using beam shift
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 36 / 利用したフレーム数/画像: 1-36

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp1.06粒子像選択
2SerialEM3.7 beta画像取得
4Warp1.06CTF補正
7Coot0.9 pre-releaseモデルフィッティング
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.13モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 702583 / 詳細: BoxNet2_20180918 was used for particle picking
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 254700 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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