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万見
- PDB-4k1n: Crystal structure of full-length mouse alphaE-catenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k1n
タイトルCrystal structure of full-length mouse alphaE-catenin
要素Catenin alpha-1
キーワードCELL ADHESION / four-helix bundle / beta-catenin / F-actin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of integrin-mediated signaling pathway / VEGFR2 mediated vascular permeability / Adherens junctions interactions / RHO GTPases activate IQGAPs / gamma-catenin binding / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / gap junction assembly / cellular response to indole-3-methanol / flotillin complex ...negative regulation of integrin-mediated signaling pathway / VEGFR2 mediated vascular permeability / Adherens junctions interactions / RHO GTPases activate IQGAPs / gamma-catenin binding / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / gap junction assembly / cellular response to indole-3-methanol / flotillin complex / vinculin binding / Myogenesis / catenin complex / apical junction assembly / negative regulation of cell motility / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of protein localization to nucleus / axon regeneration / negative regulation of neuroblast proliferation / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / odontogenesis of dentin-containing tooth / intercalated disc / neuroblast proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / acrosomal vesicle / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / cell motility / beta-catenin binding / response to estrogen / male gonad development / actin filament binding / intracellular protein localization / lamellipodium / actin cytoskeleton / regulation of cell population proliferation / cadherin binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / Golgi apparatus / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-catenin / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Ishiyama, N. / Ikura, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: An autoinhibited structure of alpha-catenin and its implications for vinculin recruitment to adherens junctions.
著者: Ishiyama, N. / Tanaka, N. / Abe, K. / Yang, Y.J. / Abbas, Y.M. / Umitsu, M. / Nagar, B. / Bueler, S.A. / Rubinstein, J.L. / Takeichi, M. / Ikura, M.
履歴
登録2013年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin alpha-1
B: Catenin alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,6242
ポリマ－201,6242
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area53460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.684, 144.684, 136.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Catenin alpha-1 / 102 kDa cadherin-associated protein / Alpha E-catenin / CAP102


分子量: 100812.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catna1, Ctnna1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus / 参照: UniProt: P26231

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG-3350, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.5→50 Å / Num. obs: 6581 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.128 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
6.5-6.615.50.5213280.9331100
6.61-6.735.40.4523310.9321100
6.73-6.865.40.4313221.0781100
6.86-75.40.3583511.1041100
7-7.155.40.3123011.0861100
7.15-7.325.40.273471.0361100
7.32-7.55.40.2273341.0651100
7.5-7.75.40.1943221.0881100
7.7-7.935.40.1743231.0851100
7.93-8.185.30.1743331.1531100
8.18-8.475.30.153301.0391100
8.47-8.815.30.1463441.0991100
8.81-9.215.20.1313301.0741100
9.21-9.695.10.1293171.0711100
9.69-10.35.20.1273260.9551100
10.3-11.085.10.1243471.0671100
11.08-12.184.70.123221.02199.4
12.18-13.914.40.1173281.0091100
13.91-17.44.70.13230.988199.4
17.4-504.40.0933220.968195

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DOV and 1ST6

1dov

1st6


解像度: 6.5→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2475 643 10.2 %random
Rwork0.2243 ---
obs-5942 94.6 %-
溶媒の処理Bsol: 333.391 Å2
原子変位パラメータBiso max: 354.92 Å2 / Biso mean: 354.92 Å2 / Biso min: 354.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.901 Å20 Å20 Å2
2---26.901 Å20 Å2
3---53.801 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8020 0 0 0 8020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.813
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
6.5-6.730.3877580.375545251086
6.73-70.496600.382652858888.4
7-7.320.3571610.348350056192.4
7.32-7.70.3147590.278954460393.3
7.7-8.180.3234730.242652059394.7
8.18-8.810.2375670.182853259997.7
8.81-9.690.1974610.188358064198.3
9.69-11.080.1649630.157255962298.7
11.08-13.910.1796700.17753960999.2
13.91-500.3168710.294954561696.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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