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万見
- PDB-6yif: Structure of Chromosomal Passenger Complex (CPC) bound to phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yif
タイトルStructure of Chromosomal Passenger Complex (CPC) bound to phosphorylated Histone 3 peptide at 1.8 A.
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
  • Borealin
  • Inner centromere protein
  • Phosphorylated (Thr3) Histone H3
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


central element / meiotic spindle midzone / survivin complex / meiotic spindle midzone assembly / establishment of chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint ...central element / meiotic spindle midzone / survivin complex / meiotic spindle midzone assembly / establishment of chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / interphase microtubule organizing center / lateral element / protein-containing complex localization / chromosome passenger complex / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / mitotic metaphase chromosome alignment / nuclear chromosome / intercellular bridge / cobalt ion binding / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / cytoplasmic microtubule / mitotic sister chromatid segregation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / SUMOylation of DNA replication proteins / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / chromosome organization / spindle midzone / pericentric heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Chromatin modifying enzymes / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / centriole / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / tubulin binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / positive regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / molecular function activator activity / Defective pyroptosis / chromosome segregation / spindle microtubule / HDACs deacetylate histones / RHO GTPases Activate Formins / RNA Polymerase I Promoter Escape / sensory perception of sound / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / kinetochore / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / small GTPase binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / spindle / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Separation of Sister Chromatids / structural constituent of chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / mitotic cell cycle / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / protein-folding chaperone binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / gene expression / HATs acetylate histones / midbody / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / microtubule binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1900 / Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1900 / Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / : / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Special / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Histone H3.1 / Borealin / Inner centromere protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Serena, M. / Elliott, P.R. / Barr, F.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20079/A15940 英国
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular basis of MKLP2-dependent Aurora B transport from chromatin to the anaphase central spindle.
著者: Serena, M. / Bastos, R.N. / Elliott, P.R. / Barr, F.A.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
B: Borealin
C: Inner centromere protein
D: Phosphorylated (Thr3) Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6528
ポリマ－32,2984
非ポリマー3544
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.863, 98.863, 56.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Apoptosis inhibitor 4 / Apoptosis inhibitor survivin


分子量: 16568.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC5, API4, IAP4 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (RIL) / 参照: UniProt: O15392
#2: タンパク質 Borealin / Cell division cycle-associated protein 8 / Dasra-B / hDasra-B / Pluripotent embryonic stem cell- ...Cell division cycle-associated protein 8 / Dasra-B / hDasra-B / Pluripotent embryonic stem cell-related gene 3 protein


分子量: 8164.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDCA8, PESCRG3 / プラスミド: pETDuet1 / Cell (発現宿主): BL21 CodonPlus (DE3) RIL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (RIL) / 参照: UniProt: Q53HL2
#3: タンパク質 Inner centromere protein


分子量: 6176.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INCENP / プラスミド: pFAT2-His6-GST / Cell (発現宿主): BL21 CodonPlus (DE3) RIL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (RIL) / 参照: UniProt: Q9NQS7

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Phosphorylated (Thr3) Histone H3


分子量: 1388.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS

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非ポリマー , 3種, 232分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20 % (w/v) PEG 4,000, 200 mM Lithium sulphate, 50 mM MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96859 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→49.43 Å / Num. obs: 28454 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 25.37 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.81→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.953 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2126 / CC1/2: 0.544

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
xia2data processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QFA

2qfa


解像度: 1.81→49.43 Å / SU ML: 0.1901 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.8182
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 1436 5.08 %
Rwork0.1807 --
obs0.1828 28270 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→49.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1859 0 16 228 2103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14852603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0516275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.40831570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.870.35331350.31152657X-RAY DIFFRACTION98.07
1.87-1.950.3421400.30232646X-RAY DIFFRACTION97.96
1.95-2.040.24351260.23242682X-RAY DIFFRACTION98.6
2.04-2.150.24231350.19812705X-RAY DIFFRACTION99.23
2.15-2.280.24641610.18892619X-RAY DIFFRACTION98.48
2.28-2.460.18931510.16552692X-RAY DIFFRACTION99.44
2.46-2.70.20351540.15992688X-RAY DIFFRACTION99.2
2.7-3.090.18931470.16442695X-RAY DIFFRACTION99.2
3.09-3.90.23181390.16242712X-RAY DIFFRACTION99.06
3.9-49.430.20651480.1692738X-RAY DIFFRACTION98.1
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.606847900951.01937869149-1.61988826341.365482132770.07163285311750.764228211377-0.04242366520390.0105405679697-0.146712957778-0.0561430469983-0.06982859200790.2955868281690.108791593673-0.259975190270.1077982283130.172761676406-0.021095348128-0.007403623678410.228100651375-0.008534019442340.25007257406722.3713451714-34.77832673395.04422556125
23.31182557368-0.4729312333560.8429324012432.08349339080.5759535914943.374601623530.0328585348050.4777465974020.0334805681642-0.460196945074-0.1855553894730.272294130918-0.197516596804-0.1007566643370.09945186674840.1992844276460.0190885226301-0.04989029291820.170471343596-0.01167484035190.14604504738736.0585208916-26.48091005-6.81773611808
35.90490646717-0.9668910620495.475473997731.31715472511-2.147851898568.36646928354-0.3136050763740.4706552641260.708622323529-0.622008465585-0.1576955067320.37705001792-1.02258440772-0.4508723889210.4787722760890.715057710840.223017987942-0.2078247563080.423873828663-0.02923284824550.43505788959226.5138058596-16.454218758-12.1917149122
42.00818347679-0.156878149286-3.171096361382.00892815043-3.466971554222.014731856080.2819852985011.200422769140.45763819685-0.4789213590840.3268968560290.72952628771-0.20299602893-1.74212045362-0.562546646470.327964243752-0.06353578184170.02876609968680.6984614649470.03198112058680.42710125154712.5167435939-37.3104175232-2.63669952616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 5 through 134)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 21 through 76)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 7 through 43)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 5)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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