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万見
- PDB-6yhq: Crystal Structure of Fab F5.18.6, anti-Plasmodium vivax AMA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yhq
タイトルCrystal Structure of Fab F5.18.6, anti-Plasmodium vivax AMA1
要素
  • Fab F5.18.6 anti-Plasmodium vivax AMA1, heavy chain
  • Fab F5.18.6 anti-Plasmodium vivax AMA1, kappa light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / Fab / Malaria / AMA1 / Plasmodium
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / THIOCYANATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Bentley, G.A. / Saul, F.A. / Vulliez-le Normand, B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Fab F5.18.6, anti-Plasmodium vivax AMA1
著者: Bentley, G.A. / Saul, F.A. / Vulliez-le Normand, B.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab F5.18.6 anti-Plasmodium vivax AMA1, heavy chain
L: Fab F5.18.6 anti-Plasmodium vivax AMA1, kappa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6004
ポリマ－46,4772
非ポリマー1232
水7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.080, 114.990, 40.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 Fab F5.18.6 anti-Plasmodium vivax AMA1, heavy chain


分子量: 23616.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab F5.18.6 anti-Plasmodium vivax AMA1, kappa light chain


分子量: 22860.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.18M KSCN, 16% PEG4000, 0.005M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→73.32 Å / Num. obs: 36659 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.89→1.99 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.858 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5255 / CC1/2: 0.415 / Rpim(I) all: 0.381 / Rrim(I) all: 0.942 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (3-OCT-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CLO, 1QKZ

1clo

1qkz


解像度: 1.89→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.142
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 1480 4.05 %RANDOM
Rwork0.1851 ---
obs0.1872 36579 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 84.13 Å2 / Biso mean: 29.03 Å2 / Biso min: 11.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8558 Å20 Å20 Å2
2---1.2791 Å20 Å2
3----5.5767 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3210 0 4 432 3646
Biso mean--38.5 39.03 -
残基数----423
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1072SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes549HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3307HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion440SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2897SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3307HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4508HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.96
LS精密化 シェル解像度: 1.89→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3053 35 4.78 %
Rwork0.2426 697 -
all0.2454 732 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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