PDB-6yhm: Crystal structure of the C-terminal domain of CNFy from Yersinia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yhm

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of CNFy from Yersinia pseudotuberculosis

要素

Cytotoxic necrotizing factor

キーワード

TOXIN / CNF / cytotoxic necrotizing factor / deamidase / RhoA modification / RhoA activation / putative ADP-ribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.13 Å

Model details

Structure comprises residues 1-1014, active site cysteine 866 has been mutated to serine

データ登録者

Lukat, P. / Gazdag, E.M. / Heidler, T.V. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of bacterial cytotoxic necrotizing factor CNF Y reveals molecular building blocks for intoxication.
著者: Chaoprasid, P. / Lukat, P. / Muhlen, S. / Heidler, T. / Gazdag, E.M. / Dong, S. / Bi, W. / Ruter, C. / Kirchenwitz, M. / Steffen, A. / Jansch, L. / Stradal, T.E.B. / Dersch, P. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2020年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yhm.cif.gz	231.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yhm.ent.gz	155.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yhm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yhm_validation.pdf.gz	420.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yhm_full_validation.pdf.gz	421.5 KB	表示
XML形式データ	6yhm_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	6yhm_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/6yhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/6yhm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yhkC 6yhlC 6yhnC 1hq0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w2j-d 4d11-4 1fxu-d 4btv-2 5f2t-2 1hja-d 1fiw-d 6awe-d 4i70-d 5mly-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytotoxic necrotizing factor

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.981, 50.160, 69.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.720, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Cytotoxic necrotizing factor 分子量: 32843.496 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Catalytic Domain, residues 719 - 1014 / 由来タイプ: 組換発現詳細: C-terminal domain of CNFy from Yersinia pseudotuberculosis (residues 720-1014) Residues 716-719 are overhangs from digestion of the expression tag. 由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) 遺伝子: cnf / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N9JNY6
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.06 % / Mosaicity: 0.24 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M ammonium fluoride, 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.13→68.92 Å / Num. obs: 100708 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 12.24 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 303327

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.13-1.2	2.9	0.405	15327	0.885	0.272	0.49	99.7
3.59-68.92	2.7	0.021	2464	0.998	0.015	0.026	71.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc4_3812	精密化
PHENIX	1.18rc4_3812	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HQ0

1hq0

解像度: 1.13→31.97 Å / SU ML: 0.1036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.4796
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1852	5090	5.06 %
R_work	0.1674	95553	-
obs	0.1683	100643	95.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.13→31.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2271	0	1	340	2612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	2481
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9278	3395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0804	391
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	445
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0783	936

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.13-1.15	0.2547	184	0.2557	3334	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.15-1.16	0.2703	165	0.2396	3281	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.16-1.18	0.2691	152	0.2445	3331	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.18-1.19	0.2555	182	0.2369	3335	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.19-1.21	0.2337	177	0.2311	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
1.21-1.22	0.2463	186	0.2206	3322	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.22-1.24	0.2272	166	0.2158	3285	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.24-1.26	0.2162	202	0.2151	3332	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.26-1.28	0.2092	171	0.2074	3315	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.28-1.3	0.2261	178	0.198	3305	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.3-1.32	0.2446	190	0.1963	3313	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.32-1.35	0.1922	176	0.1936	3315	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.35-1.37	0.177	191	0.1899	3302	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.37-1.4	0.2146	157	0.1875	3412	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.4-1.43	0.1922	180	0.1853	3310	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.43-1.46	0.1969	183	0.1823	3304	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.46-1.5	0.2049	179	0.1723	3309	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.5-1.54	0.1817	115	0.1687	2274	X-RAY DIFFRACTION	67.83
1.54-1.59	0.1875	195	0.1613	3275	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.59-1.64	0.1703	170	0.1544	3328	X-RAY DIFFRACTION	99.09
1.64-1.7	0.146	170	0.1504	3349	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.7-1.76	0.1551	162	0.1528	3309	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.76-1.84	0.1802	172	0.1555	3324	X-RAY DIFFRACTION	98.73
1.84-1.94	0.1862	143	0.1559	2423	X-RAY DIFFRACTION	72.53
1.94-2.06	0.1542	164	0.1507	3300	X-RAY DIFFRACTION	98.55
2.06-2.22	0.1505	167	0.1483	2942	X-RAY DIFFRACTION	87.5
2.22-2.44	0.1737	144	0.1507	2849	X-RAY DIFFRACTION	84.24
2.44-2.8	0.183	165	0.1474	3087	X-RAY DIFFRACTION	91.22
2.8-3.52	0.1763	157	0.1548	3167	X-RAY DIFFRACTION	93.71
3.52-31.97	0.1944	147	0.1732	2485	X-RAY DIFFRACTION	72.03

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.70370541238	-0.0737236150769	0.451853078345	2.23364719085	0.866982930574	2.42960076957	-0.0626857952248	0.109698068285	0.00787896331337	-0.184239421921	-0.0404860536314	0.263257266983	0.0195150717384	-0.193569648683	0.0612942543608	0.0770015475953	0.00177840649236	-0.0325283481038	0.136659226425	-0.0120776515523	0.120321365548	35.674823497	4.49040349585	3.55380862951
2	0.639788031689	-0.100237400628	0.219361367385	1.53220860413	0.911379741307	2.21683988732	0.0282816038572	-0.0799448173195	-0.0768871415857	0.411343198126	0.0284627694066	0.0432616073196	0.464200523023	-0.104582578975	-0.0834584505447	0.275494153247	0.0154041369069	0.0521518745705	0.103493121506	0.0291828021774	0.150270486448	43.0353620697	-3.80887055739	27.3480394568
3	1.22882733849	-0.761854271003	0.141812544583	1.47936335862	0.362281689752	1.78056714765	-0.0566228917299	0.0786218344458	-0.0697450813607	-0.324185775327	-0.0426600625464	0.182982098108	0.304341985035	-0.338806805897	0.0604079214766	0.26905913701	-0.0455863744457	0.0655008251985	0.133844283026	0.0148676173111	0.188920090215	34.4135107503	-2.63651873953	27.7543846047
4	0.591550606187	0.123811412533	0.610614762845	0.79155737996	0.282148106599	1.90911257781	-0.00934436136405	0.0327414126737	-0.0214066616014	0.0854820546485	-0.0289993808775	0.161990168269	0.163210958624	-0.137636326218	0.042157712048	0.103722452656	-0.00685287476396	0.0204345367474	0.0990333805965	-0.00602641080201	0.119820989837	38.1001862411	1.04426562223	13.7153495587
5	1.02697691082	0.0458288904516	-0.217627641411	1.6066166328	0.303852836333	1.51225282029	-0.0466407331661	-0.105962189449	0.00538074993421	0.297428449994	0.0286698113361	-0.0458107333144	0.155713694063	0.235732754415	0.0153071321745	0.145982141019	0.0374774121962	-0.00376647658598	0.122097565707	0.000606667781356	0.0931273606217	50.8448010839	7.39279353808	26.8221234383
6	1.04407593014	-0.275228282209	-0.0679506152963	1.10899472122	0.116112608376	1.309154221	-0.0470925972181	-0.087075004046	0.0949520910035	0.117802053959	0.0835561182655	-0.162018403817	-0.0954055928838	0.335075295706	-0.0296043337686	0.112896771566	-0.000937992811136	-0.0198460084258	0.160411575465	-0.00933665630062	0.122567315659	57.1713821987	15.1936875303	22.8980429179
7	1.67675236259	0.206511732906	0.164074081147	1.61455074257	0.0621185647653	1.87158927593	-0.017874056516	0.122701338948	0.130128931567	-0.029729394347	-0.0177798220415	0.0455129849309	-0.146826916551	-0.0237505984388	0.0264351919189	0.0843009172518	0.0100062776431	-0.0110164223325	0.118838786347	0.0196610953658	0.0850703537994	45.6157552695	13.7151209268	11.2183037361

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 719 through 750 )	719 - 750	1 - 45
2	2	chain 'A' and (resid 751 through 774 )	751 - 774	48 - 72
3	3	chain 'A' and (resid 775 through 799 )	775 - 799	73 - 103
4	4	chain 'A' and (resid 800 through 859 )	800 - 859	104 - 171
5	5	chain 'A' and (resid 860 through 920 )	860 - 920	172 - 244
6	6	chain 'A' and (resid 921 through 956 )	921 - 956	245 - 289
7	7	chain 'A' and (resid 957 through 1014 )	957 - 1014	290 - 354

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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