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万見
- PDB-1fiw: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BETA-ACROSIN FROM RAM SPERMATOZOA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fiw
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BETA-ACROSIN FROM RAM SPERMATOZOA
要素
  • BETA-ACROSIN HEAVY CHAIN
  • BETA-ACROSIN LIGHT CHAIN
キーワードHYDROLASE / anti-parallel beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


acrosin / acrosome reaction / fucose binding / amidase activity / D-mannose binding / single fertilization / activation of adenylate cyclase activity / serine-type peptidase activity / acrosomal vesicle / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, acrosin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...Peptidase S1A, acrosin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
P-AMINO BENZAMIDINE / Acrosin
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tranter, R. / Read, J.A. / Jones, R. / Brady, R.L.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Effector sites in the three-dimensional structure of mammalian sperm beta-acrosin.
著者: Tranter, R. / Read, J.A. / Jones, R. / Brady, R.L.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Three Dimensional Structure of Acrosin from Ram and Boar Spermatozoa
著者: Tranter, R.
履歴
登録2000年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-ACROSIN HEAVY CHAIN
L: BETA-ACROSIN LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6105
ポリマ－34,4432
非ポリマー1,1673
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.288, 105.288, 120.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細Heterodimer of chain A and L linked together by two disulphide bonds

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要素

#1: タンパク質 BETA-ACROSIN HEAVY CHAIN


分子量: 32002.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / Cell: SPERMATOZOA / 器官: TESTIS / 参照: UniProt: Q9GL10
#2: タンパク質・ペプチド BETA-ACROSIN LIGHT CHAIN


分子量: 2440.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / Cell: SPERMATOZOA / 器官: TESTIS / 参照: UniProt: Q9GL10*PLUS
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-L-Gulp]{}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-PBZ / P-AMINO BENZAMIDINE / α,α,4-トリアミノベンゼンメチリウム


分子量: 136.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10N3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: sodium acetate, sodium formate, p-aminobenzamidine, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.375 mML-BAPNA1drop
20.1 MTris-HCl1drop
350 mM1dropCaCl2
50.1 Msodium acetate1reservoir
62 Msodium formate1reservoir
4protein1drop12mg

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 23810 / Num. obs: 20601 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Num. unique all: 2710 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化解像度: 2.1→30 Å / SU B: 5.61319 / SU ML: 0.14893 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.20194 / ESU R Free: 0.18313 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber / 詳細: Maximum likelihood refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1120 5.2 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs0.1996 20601 91.7 %-
all-23810 --
原子変位パラメータBiso mean: 37.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2 Å2-1 Å20 Å2
2---2 Å20 Å2
3---3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 80 191 2409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.2421.968
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1540.2
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.2761.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.4243
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.3884.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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