PDB-6ygt: Crystal structure of variant T52P of the intracellular chorismate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ygt

タイトル

Crystal structure of variant T52P of the intracellular chorismate mutase from Mycobacterium tuberculosis

要素

Intracellular chorismate mutase

キーワード

ISOMERASE / functional variant / biosynthetic enzyme / chorismate mutase / Mycobacterium tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

aromatic amino acid family biosynthetic process, prephenate pathway / salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / amino acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.635 Å

データ登録者

Khatanbaatar, T. / Thorbjornsrud, H.V. / Cordara, G. / Krengel, U.

資金援助

ノルウェー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of variant T52P of the intracellular chorismate mutase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Khatanbaatar, T. / Thorbjornsrud, H.V. / Cordara, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2020年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ygt.cif.gz	31.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ygt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ygt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ygt_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ygt_full_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示
XML形式データ	6ygt_validation.xml.gz	5.5 KB	表示
CIF形式データ	6ygt_validation.cif.gz	6.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6ygt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6ygt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mpvS 2vkl S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3myi-d 5mpv-1 6n63-d 6min-d 3qrl-d 361d-d 6l5z-d 1yvi-1 3m0n-d 6zpr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Intracellular chorismate mutase

10.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Intracellular chorismate mutase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
20.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.590, 59.590, 46.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Intracellular chorismate mutase / CM 分子量: 10103.823 Da / 分子数: 1 / 変異: T52P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 細胞株: pinnipedii / 遺伝子: Rv0948c, MTCY10D7.26 / 器官: 25618 / Variant: ATCC 25618 / H37Rv / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIC1, chorismate mutase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Intracellular chorismate mutase / CM

分子量: 10103.823 Da / 分子数: 1 / 変異: T52P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 細胞株: pinnipedii / 遺伝子: Rv0948c, MTCY10D7.26 / 器官: 25618 / Variant: ATCC 25618 / H37Rv / 発現宿主:

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIC1, chorismate mutase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Sodium malonate, 0.1 M Bis Tris propane pH=8.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.635→36.698 Å / Num. obs: 9569 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.635→1.716 Å / 冗長度: 9.8 % / Num. unique obs: 478 / CC_1/2: 0.445 / % possible all: 33.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	Mar 15, 2019 BUILT=20191211	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	Phaser-2.8.3 (svn 8432)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MPV

5mpv

解像度: 1.635→36.698 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 2.32 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2645	445	4.7 %
R_work	0.2402	9124	-
all	0.241	-	-
obs	-	9124	88.11 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.922 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.207 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.207 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.415 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.635→36.698 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	596	0	0	18	614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	686
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.711	1.65	924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.401	1.598	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.556	5	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.895	16.818	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.68	15	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.242	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.241	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.594	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.451	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.114	3.157	345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.074	3.151	344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.274	4.723	438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.27	4.728	439
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.478	3.662	341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.472	3.663	342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.175	5.252	481
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.168	5.253	482
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.543	36.522	771
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.537	36.545	772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.635-1.716	0.404	7	0.537	148	X-RAY DIFFRACTION	19.6701
1.677-1.723	0.438	23	0.429	381	X-RAY DIFFRACTION	52.6042
1.723-1.773	0.427	30	0.39	562	X-RAY DIFFRACTION	80.9849
1.773-1.827	0.396	26	0.319	644	X-RAY DIFFRACTION	92.7978
1.827-1.887	0.25	36	0.246	636	X-RAY DIFFRACTION	96.83
1.887-1.953	0.324	36	0.236	646	X-RAY DIFFRACTION	99.4169
1.953-2.027	0.324	28	0.234	631	X-RAY DIFFRACTION	99.6974
2.027-2.109	0.219	24	0.228	613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.109-2.203	0.176	27	0.203	576	X-RAY DIFFRACTION	99.8344
2.203-2.31	0.184	21	0.204	565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.435	0.272	27	0.214	501	X-RAY DIFFRACTION	94.2857
2.435-2.582	0.266	29	0.212	473	X-RAY DIFFRACTION	94.1839
2.582-2.759	0.268	19	0.208	483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.759-2.979	0.257	17	0.201	455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.979-3.262	0.25	26	0.228	408	X-RAY DIFFRACTION	100
3.262-3.644	0.237	14	0.208	383	X-RAY DIFFRACTION	100
3.644-4.203	0.181	16	0.207	350	X-RAY DIFFRACTION	100
4.203-5.135	0.224	18	0.214	287	X-RAY DIFFRACTION	99.6732
4.841-36.698	0.359	11	0.374	145	X-RAY DIFFRACTION	94.5455
5.135-7.209	0.346	10	0.36	237	X-RAY DIFFRACTION	99.5968

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関連情報:EMDBヘッダ

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