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- PDB-6l5z: Crystal strucutre of AF9 YEATS domain in complex with a cyclopept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l5z
タイトルCrystal strucutre of AF9 YEATS domain in complex with a cyclopeptide inhibitor
要素
  • Protein AF-9
  • SC0-ALO-ALA-SC3-SC4-NH2
キーワードTRANSCRIPTION / YEATS domain / Complex / Cyclopeptide inhibitor /
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / histone H3K9ac reader activity / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation ...modification-dependent protein binding / histone H3K9ac reader activity / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromosome / histone binding / gene expression / molecular adaptor activity / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Li, Y. / Chen, G. / Li, H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753203 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31922016 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31871283 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Selective Targeting of AF9 YEATS Domain by Cyclopeptide Inhibitors with Preorganized Conformation.
著者: Jiang, Y. / Chen, G. / Li, X.M. / Liu, S. / Tian, G. / Li, Y. / Li, X. / Li, H. / Li, X.D.
履歴
登録2019年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9
C: SC0-ALO-ALA-SC3-SC4-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4262
ポリマ－17,4262
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.240, 106.240, 45.492
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 16611.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42568
#2: タンパク質・ペプチド SC0-ALO-ALA-SC3-SC4-NH2 / Cyclopeptide inhibitor


分子量: 814.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v)PEG 3350,0.2M Ammonium Nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 5816 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.628 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 56564
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.05-3.19.60.82770.8990.2690.8440.425100
3.1-3.169.40.662800.9220.2240.6970.421100
3.16-3.2290.5872970.9340.2090.6240.45100
3.22-3.298.70.442880.9560.1590.4690.46199.7
3.29-3.3610.10.3612730.9730.1180.380.433100
3.36-3.4310.40.2762900.9840.0890.290.462100
3.43-3.5210.30.2092910.9880.0670.220.515100
3.52-3.6210.60.182790.990.0580.190.581100
3.62-3.7210.30.1442880.9950.0470.1510.582100
3.72-3.8410.20.142990.9950.0460.1470.624100
3.84-3.9810.20.1212780.9950.0390.1270.667100
3.98-4.149.90.1012990.9950.0330.1060.714100
4.14-4.339.70.0842870.9970.0280.0890.861100
4.33-4.569.40.0782930.9960.0270.0830.69699.3
4.56-4.848.20.0672860.9970.0250.0720.74199.3
4.84-5.21100.0682910.9980.0220.0720.807100
5.21-5.7410.20.073060.9970.0230.0740.681100
5.74-6.5710.10.0662900.9980.0220.0690.755100
6.57-8.279.60.0593040.9980.020.0630.811100
8.27-508.70.0493200.9970.0180.0520.84198.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMP

4tmp


解像度: 3.05→40.78 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 620 10.68 %
Rwork0.1904 5183 -
obs0.1937 5803 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.79 Å2 / Biso mean: 77.0601 Å2 / Biso min: 39.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→40.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1145 0 58 4 1207
Biso mean--70.52 66.05 -
残基数----137
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.05-3.360.33221350.26412801415
3.36-3.840.28251410.222113031444
3.84-4.840.21151660.171512741440
4.84-40.780.18451780.171613261504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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