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- PDB-6yfp: Virus-like particle of bacteriophage GQ-112 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yfp
タイトルVirus-like particle of bacteriophage GQ-112
要素coat protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / virus / virus-like particle / structural protein
生物種Leviviridae sp. (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Rumnieks, J. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Lieknina, I. / Tars, K.
資金援助 Latvia, 1件
組織認可番号国
European Regional Development Fund1.1.1.1/16/A/104 Latvia
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Three-dimensional structure of 22 uncultured ssRNA bacteriophages: Flexibility of the coat protein fold and variations in particle shapes.
著者: Rumnieks, J. / Lieknina, I. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Akopjana, I. / Bogans, J. / Tars, K.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: coat protein
AB: coat protein
AC: coat protein
AD: coat protein
AE: coat protein
AF: coat protein
AG: coat protein
AH: coat protein
AI: coat protein
AJ: coat protein
AK: coat protein
AL: coat protein
AM: coat protein
AN: coat protein
AO: coat protein
AP: coat protein
AQ: coat protein
AR: coat protein
AS: coat protein
AT: coat protein
AU: coat protein
AV: coat protein
AW: coat protein
AX: coat protein
AY: coat protein
AZ: coat protein
BA: coat protein
BB: coat protein
BC: coat protein
BD: coat protein
BE: coat protein
BF: coat protein
BG: coat protein
BH: coat protein
BI: coat protein
BJ: coat protein
BK: coat protein
BL: coat protein
BM: coat protein
BN: coat protein
BO: coat protein
BP: coat protein
BQ: coat protein
BR: coat protein
BS: coat protein
BT: coat protein
BU: coat protein
BV: coat protein
BW: coat protein
BX: coat protein
BY: coat protein
BZ: coat protein
CA: coat protein
CB: coat protein
CC: coat protein
CD: coat protein
CE: coat protein
CF: coat protein
CG: coat protein
CH: coat protein
CI: coat protein
CJ: coat protein
CK: coat protein
CL: coat protein
CM: coat protein
CN: coat protein
CO: coat protein
CP: coat protein
CQ: coat protein
CR: coat protein
CS: coat protein
CT: coat protein
CU: coat protein
CV: coat protein
CW: coat protein
CX: coat protein
CY: coat protein
CZ: coat protein
DA: coat protein
DB: coat protein
DC: coat protein
DD: coat protein
DE: coat protein
DF: coat protein
DG: coat protein
DH: coat protein
DI: coat protein
DJ: coat protein
DK: coat protein
DL: coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,651,90290
ポリマ－1,651,90290
非ポリマー00
水00
1
AA: coat protein
AB: coat protein
AC: coat protein
AD: coat protein
AE: coat protein
AF: coat protein
AG: coat protein
AH: coat protein
AI: coat protein
AJ: coat protein
AK: coat protein
AL: coat protein
AM: coat protein
AN: coat protein
AO: coat protein
AP: coat protein
AQ: coat protein
AR: coat protein
AS: coat protein
AT: coat protein
AU: coat protein
AV: coat protein
AW: coat protein
AX: coat protein
AY: coat protein
AZ: coat protein
BA: coat protein
BB: coat protein
BC: coat protein
BD: coat protein
BE: coat protein
BF: coat protein
BG: coat protein
BH: coat protein
BI: coat protein
BJ: coat protein
BK: coat protein
BL: coat protein
BM: coat protein
BN: coat protein
BO: coat protein
BP: coat protein
BQ: coat protein
BR: coat protein
BS: coat protein
BT: coat protein
BU: coat protein
BV: coat protein
BW: coat protein
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DC: coat protein
DD: coat protein
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DG: coat protein
DH: coat protein
DI: coat protein
DJ: coat protein
DK: coat protein
DL: coat protein

AA: coat protein
AB: coat protein
AC: coat protein
AD: coat protein
AE: coat protein
AF: coat protein
AG: coat protein
AH: coat protein
AI: coat protein
AJ: coat protein
AK: coat protein
AL: coat protein
AM: coat protein
AN: coat protein
AO: coat protein
AP: coat protein
AQ: coat protein
AR: coat protein
AS: coat protein
AT: coat protein
AU: coat protein
AV: coat protein
AW: coat protein
AX: coat protein
AY: coat protein
AZ: coat protein
BA: coat protein
BB: coat protein
BC: coat protein
BD: coat protein
BE: coat protein
BF: coat protein
BG: coat protein
BH: coat protein
BI: coat protein
BJ: coat protein
BK: coat protein
BL: coat protein
BM: coat protein
BN: coat protein
BO: coat protein
BP: coat protein
BQ: coat protein
BR: coat protein
BS: coat protein
BT: coat protein
BU: coat protein
BV: coat protein
BW: coat protein
BX: coat protein
BY: coat protein
BZ: coat protein
CA: coat protein
CB: coat protein
CC: coat protein
CD: coat protein
CE: coat protein
CF: coat protein
CG: coat protein
CH: coat protein
CI: coat protein
CJ: coat protein
CK: coat protein
CL: coat protein
CM: coat protein
CN: coat protein
CO: coat protein
CP: coat protein
CQ: coat protein
CR: coat protein
CS: coat protein
CT: coat protein
CU: coat protein
CV: coat protein
CW: coat protein
CX: coat protein
CY: coat protein
CZ: coat protein
DA: coat protein
DB: coat protein
DC: coat protein
DD: coat protein
DE: coat protein
DF: coat protein
DG: coat protein
DH: coat protein
DI: coat protein
DJ: coat protein
DK: coat protein
DL: coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,303,803180
ポリマ－3,303,803180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
手法Complete virus-like particle
単位格子
Length a, b, c (Å)469.425, 332.407, 293.528
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.870, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ...
coat protein


分子量: 18354.463 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leviviridae sp. (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.615 M sodium succinate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→57.2 Å / Num. all: 508294 / Num. obs: 508294 / % possible obs: 79.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.193 / Rrim(I) all: 0.368 / Rsym value: 0.31 / Net I/av σ(I): 0.9 / Net I/σ(I): 3.4 / Num. measured all: 1699944
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.1-3.2721.1390.665046332700.9011.4621.1390.735.7
3.27-3.471.80.8540.482779449240.6871.1040.854151
3.47-3.712.50.8810.4162585662410.6041.0790.8811.280
3.71-43.10.6950.4226269724820.4410.8310.6951.893.8
4-4.383.70.3032.5253541686860.170.3490.3033.196.6
4.38-4.94.10.1983.7264005637480.1050.2260.1984.499.2
4.9-5.6640.1794.2217238549570.0980.2050.1794.896.8
5.66-6.934.30.1844203967477060.0960.2090.1845.399.4
6.93-9.83.90.0927.7143265363010.050.1050.092797.7
9.8-57.24.10.0618.481249199790.0330.070.0619.397.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ms2

2ms2


解像度: 3.1→57.2 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 9844 1.96 %
Rwork0.25 --
obs0.2501 502524 78.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 139.51 Å2 / Biso mean: 43.4094 Å2 / Biso min: 17.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→57.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数116370 0 0 0 116370
残基数----14760
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.140.3891370.37457045718234
3.14-3.170.37841420.37137233737535
3.17-3.210.38131310.36617298742935
3.21-3.250.37491620.36717601776336
3.25-3.290.37991480.38767576772436
3.29-3.340.31761510.36798623877441
3.34-3.390.33582280.3737110701129853
3.39-3.440.50072350.4896118601209557
3.44-3.490.48112630.5171134031366664
3.49-3.550.34413100.3275155791588974
3.55-3.610.31573470.317169871733482
3.61-3.680.50173370.5408165631690079
3.68-3.750.40823640.3921182161858087
3.75-3.820.29463950.2754195491994493
3.82-3.910.54993730.5224186361900989
3.91-40.39833730.3839187661913990
4-4.10.23873740.2127192901966492
4.1-4.210.21264120.2061203242073697
4.21-4.330.20454170.1832206682108599
4.33-4.470.18514240.1667207422116699
4.47-4.630.16084160.151207322114899
4.63-4.820.13774190.1434206912111099
4.82-5.030.14914140.1447205682098298
5.03-5.30.15714010.1537202002060196
5.3-5.630.1593930.1506201142050796
5.63-6.070.15894170.16042087421291100
6.07-6.680.1674230.1681207992122299
6.68-7.640.15924130.164206492106298
7.64-9.620.14734050.1372204052081097
9.62-57.20.17164200.184206192103997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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