+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1nov | |||||||||
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Title | NODAMURA VIRUS | |||||||||
Components | (NODAMURA VIRUS COAT PROTEINS) x 2 | |||||||||
Keywords | VIRUS / INSECT VIRUS / NODAMURA VIRUS / COAT PROTEIN / Icosahedral virus | |||||||||
Function / homology | Function and homology information nodavirus endopeptidase / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=3 icosahedral viral capsid / aspartic-type endopeptidase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Nodamura virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | |||||||||
Authors | Natarajan, P. / Johnson, J.E. | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 1997 Title: Resolution of space-group ambiguity and structure determination of nodamura virus to 3.3 A resolution from pseudo-R32 (monoclinic) crystals. Authors: Zlotnick, A. / Natarajan, P. / Munshi, S. / Johnson, J.E. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 1994 Title: The Refined Three-Dimensional Structure of an Insect Virus at 2.8 A Resolution Authors: Wery, J.P. / Reddy, V.S. / Hosur, M.V. / Johnson, J.E. #2: Journal: Nature / Year: 1993 Title: Ordered Duplex RNA Controls Capsid Architecture in an Icosahedral Animal Virus Authors: Fisher, A.J. / Johnson, J.E. #3: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 1993 Title: A Monoclinic Crystal with R32 Pseudo-Symmetry: A Preliminary Report of Nodamura Virus Structure Determination Authors: Zlotnick, A. / Mckinney, B.R. / Munshi, S. / Bibler, J. / Rossmann, M.G. / Johnson, J.E. #4: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 1990 Title: Structural Homology Among Four Nodaviruses as Deduced by Sequencing and X-Ray Crystallography Authors: Kaesberg, P. / Dasgupta, R. / Sgro, J.Y. / Wery, J.P. / Selling, B.H. / Hosur, M.V. / Johnson, J.E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1nov.cif.gz | 183.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1nov.ent.gz | 145.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1nov.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1nov_validation.pdf.gz | 456.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1nov_full_validation.pdf.gz | 485.4 KB | Display | |
Data in XML | 1nov_validation.xml.gz | 33.6 KB | Display | |
Data in CIF | 1nov_validation.cif.gz | 46.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1nov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1nov | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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3 |
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
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5 |
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6 |
| x 120|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
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Symmetry | Point symmetry: (Hermann–Mauguin notation: 532 / Schoenflies symbol: I (icosahedral)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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