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- PDB-6yei: Arabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yei
タイトルArabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in complex with NAD
要素Glutamate dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / glutamate dehydrogenase / 2-oxoglutarate / NAD / amino acid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


response to absence of light / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / plastid / cobalt ion binding / copper ion binding ...response to absence of light / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / plastid / cobalt ion binding / copper ion binding / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal ...Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glutamate dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Grzechowiak, M. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreSONATA 2018/31/D/NZ1/03630 ポーランド
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2020
タイトル: Structural Studies of Glutamate Dehydrogenase (Isoform 1) FromArabidopsis thaliana, an Important Enzyme at the Branch-Point Between Carbon and Nitrogen Metabolism.
著者: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate dehydrogenase 1
B: Glutamate dehydrogenase 1
C: Glutamate dehydrogenase 1
D: Glutamate dehydrogenase 1
E: Glutamate dehydrogenase 1
F: Glutamate dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,97441
ポリマ－269,1256
非ポリマー6,84935
水13,637757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32810 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area84490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.843, 99.811, 317.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAPHEPHE(chain 'A' and (resid 6 through 32 or resid 34...AA6 - 329 - 35
12GLUGLUTHRTHR(chain 'A' and (resid 6 through 32 or resid 34...AA34 - 12537 - 128
13LYSLYSLEULEU(chain 'A' and (resid 6 through 32 or resid 34...AA127 - 179130 - 182
14ASPASPASNASN(chain 'A' and (resid 6 through 32 or resid 34...AA182 - 312185 - 315
15PROPROTRPTRP(chain 'A' and (resid 6 through 32 or resid 34...AA314 - 409317 - 412
26ALAALAPHEPHE(chain 'B' and (resid 6 through 32 or resid 34...BB6 - 329 - 35
27GLUGLUTHRTHR(chain 'B' and (resid 6 through 32 or resid 34...BB34 - 12537 - 128
28LYSLYSLEULEU(chain 'B' and (resid 6 through 32 or resid 34...BB127 - 179130 - 182
29ASPASPASNASN(chain 'B' and (resid 6 through 32 or resid 34...BB182 - 312185 - 315
210PROPROTRPTRP(chain 'B' and (resid 6 through 32 or resid 34...BB314 - 409317 - 412
311ALAALAPHEPHE(chain 'C' and (resid 6 through 32 or resid 34...CC6 - 329 - 35
312GLUGLUTHRTHR(chain 'C' and (resid 6 through 32 or resid 34...CC34 - 12537 - 128
313LYSLYSLEULEU(chain 'C' and (resid 6 through 32 or resid 34...CC127 - 179130 - 182
314ASPASPASNASN(chain 'C' and (resid 6 through 32 or resid 34...CC182 - 312185 - 315
315PROPROTRPTRP(chain 'C' and (resid 6 through 32 or resid 34...CC314 - 409317 - 412
416ALAALAPHEPHE(chain 'D' and (resid 6 through 32 or resid 34...DD6 - 329 - 35
417GLUGLUTHRTHR(chain 'D' and (resid 6 through 32 or resid 34...DD34 - 12537 - 128
418LYSLYSLEULEU(chain 'D' and (resid 6 through 32 or resid 34...DD127 - 179130 - 182
419ASPASPASNASN(chain 'D' and (resid 6 through 32 or resid 34...DD182 - 312185 - 315
420PROPROTRPTRP(chain 'D' and (resid 6 through 32 or resid 34...DD314 - 409317 - 412
521ALAALAPHEPHE(chain 'E' and (resid 6 through 32 or resid 34...EE6 - 329 - 35
522GLUGLUTHRTHR(chain 'E' and (resid 6 through 32 or resid 34...EE34 - 12537 - 128
523LYSLYSLEULEU(chain 'E' and (resid 6 through 32 or resid 34...EE127 - 179130 - 182
524ASPASPASNASN(chain 'E' and (resid 6 through 32 or resid 34...EE182 - 312185 - 315
525PROPROTRPTRP(chain 'E' and (resid 6 through 32 or resid 34...EE314 - 409317 - 412
626ALAALAPHEPHE(chain 'F' and (resid 6 through 32 or resid 34...FF6 - 329 - 35
627GLUGLUTHRTHR(chain 'F' and (resid 6 through 32 or resid 34...FF34 - 12537 - 128
628LYSLYSLEULEU(chain 'F' and (resid 6 through 32 or resid 34...FF127 - 179130 - 182
629ASPASPASNASN(chain 'F' and (resid 6 through 32 or resid 34...FF182 - 312185 - 315
630PROPROTRPTRP(chain 'F' and (resid 6 through 32 or resid 34...FF314 - 409317 - 412

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Glutamate dehydrogenase 1 / GDH 1


分子量: 44854.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GDH1, At5g18170, MRG7.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q43314, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]

-
非ポリマー , 7種, 792分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 15% w/v PEG 6000, 100 mM MES pH 6.5, 10% (v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→70.3 Å / Num. obs: 164077 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 35.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.02-2.147.30.8042.581940.7810.44964.8
5.94-70.36.90.02748.882040.9990.01599.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1b26

1b26


解像度: 2.02→70.26 Å / SU ML: 0.1996 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.4684
詳細: Hydrogen atoms at riding positions were added during refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1646 1 %random
Rwork0.1604 ---
obs0.1607 164061 83.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→70.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18639 0 448 757 19844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007919509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.952726442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05842953
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00673390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.219411691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46394366292-0.2459794094120.7306174803870.761182149536-0.4073450892572.54760786573-0.0214605204829-0.04672959186250.2514135868950.0986582947659-0.03096770076550.0791926676828-0.256635579003-0.162209375810.08387032949020.2054602624070.031993711994-0.0009256201946180.212740312382-0.07845476725650.28022417867613.887365071316.9433237204135.565780885
21.89410477502-0.873120400845-1.087397736241.493715496620.915699836361.46069168482-0.0475425353982-0.2305476212980.007582369994620.272127276372-0.05189085582210.1559897557440.0505937315851-0.1003769521790.1087274702240.281537843053-0.03119852368310.02674659769690.242311996897-0.05453734886140.2205055252263.3347779058811.2655541568155.296617936
32.884755842340.0768924943572-1.157488522516.42261911079-3.17803959084.551206686340.1031776309330.1124680162070.8204868080580.3689730415340.2129756235710.247197978619-1.06935494546-0.448962906772-0.272377947980.4791071726750.1340555137930.02792814349830.2837687499780.008205780917990.45425284152216.962523077837.3300372795115.297567585
42.57144404247-0.4260775846161.516818225471.67314360826-0.7983801667734.59778250849-0.081119116673-0.2375807540280.1981543770070.123450926830.0751500429501-0.0581402581752-0.4662659327560.164260565410.04252008598070.2252965850690.01649108369850.01047798512140.240975086691-0.08838536933040.28301559640132.494208088721.817484745128.272300526
52.47413483023-1.024049076130.8285207193571.73440197717-0.7208267127612.97804005486-0.0131121257962-0.1071222584590.2124695914330.04408593302940.0397557524947-0.158975689876-0.139568661160.144193946981-0.02093090196760.172908066588-0.009202576180020.01243191735090.172386550069-0.06956775626430.25647560402235.581671314820.024635749122.314782807
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 162 through 410 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 6 through 32 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 33 through 76 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 77 through 161 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 162 through 200 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 201 through 249 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 250 through 287 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 288 through 308 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 309 through 358 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 359 through 384 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 385 through 411 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 4 through 161 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 162 through 410 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 5 through 32 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 33 through 200 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 201 through 338 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 339 through 411 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 5 through 161 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 162 through 410 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1 through 183 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 184 through 249 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 250 through 287 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 288 through 410 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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