[日本語] English
万見
- PDB-6yeh: Arabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in apo form -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yeh
タイトルArabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in apo form
要素Glutamate dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / glutamate dehydrogenase / 2-oxoglutarate / NAD / amino acid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


response to absence of light / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / amino acid metabolic process / cobalt ion binding / plastid / copper ion binding / mitochondrion ...response to absence of light / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / amino acid metabolic process / cobalt ion binding / plastid / copper ion binding / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal ...Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glutamate dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Grzechowiak, M. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreSONATA 2018/31/D/NZ1/03630 ポーランド
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2020
タイトル: Structural Studies of Glutamate Dehydrogenase (Isoform 1) FromArabidopsis thaliana, an Important Enzyme at the Branch-Point Between Carbon and Nitrogen Metabolism.
著者: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutamate dehydrogenase 1
B: Glutamate dehydrogenase 1
C: Glutamate dehydrogenase 1
D: Glutamate dehydrogenase 1
E: Glutamate dehydrogenase 1
F: Glutamate dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,66023
ポリマ－269,1256
非ポリマー1,53517
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23270 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area87770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.570, 99.169, 318.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 4 - 411 / Label seq-ID: 7 - 414

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 4 through 411)AA
22(chain 'B' and resid 4 through 411)BB
33(chain 'C' and resid 4 through 411)CC
44(chain 'D' and resid 4 through 411)DD
55(chain 'E' and resid 4 through 411)EE
66(chain 'F' and resid 4 through 411)FF

-
要素

#1: タンパク質
Glutamate dehydrogenase 1 / GDH 1


分子量: 44854.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GDH1, At5g18170, MRG7.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q43314, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% w/v PEG 4000, 100 mM Tris-HCl pH 7.5, 33% (v/v) MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→90 Å / Num. obs: 69315 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 44.03 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.59-2.768.51.072.334050.5810.3942.2
7.95-88.96.30.04326.434670.9980.02599.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AtGDH1-NAD

解像度: 2.59→89.77 Å / SU ML: 0.3092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.0225
詳細: Hydrogen atoms at riding positions were added during refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2346 1044 1.51 %random
Rwork0.1827 ---
obs0.1835 69315 74.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→89.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18704 0 94 139 18937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006419153
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.849125911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05212892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00553358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.26177067
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.283608105430.284011141392-0.2873409761810.544541199281-0.2661423153181.639827907340.02895667073180.09167369415890.2163861923180.08558867618240.02292790608180.130876989724-0.17535977628-0.0408394323589-0.02991164047590.2240423584150.0319751347320.02779126294530.183593161284-0.01961260555560.39618751824812.044746996614.171683858138.115770267
25.00923339347-1.43225903278-0.3204276132464.781992501681.629999808413.473257394450.0276852448785-0.2631621143580.152010711979-0.024211000713-0.1937859000090.178304332787-0.197961297179-0.1758088210890.145896381190.312389809513-0.02482611144220.08561037344030.240789240192-0.04276846691810.236777087388-2.8898635596317.8551429863160.291857319
33.012045154251.14616263247-0.1539666808891.996940947661.108707600393.543922589480.156625733623-0.300064761137-0.2278618481760.211050665051-0.0832805069009-0.1697614483560.104589468491-0.072141958789-0.08627381331190.2181726646950.02247620840710.004779749452980.1042063334730.01614448995180.26192221805115.39328701652.53165525218151.045506116
41.232274910120.05982320003890.1097874255433.89576393656-1.636344374555.13407401167-0.100298088041-0.321534450571.068349608340.07603103158650.0368171495514-0.119237991754-1.13933346388-0.555084818710.01128018853990.5239573719590.09625971279160.04929627118810.3368542675520.004200209305990.86650874028418.050137251937.0031366031116.096991306
51.45856054384-1.056544215711.78021215552.08542998822-2.060214462615.06557886421-0.100758720697-0.04427518467230.4071574970820.19136796039-0.0153569681798-0.0759622862359-0.4817492895770.2496789634910.1275944494750.217792035544-0.01157512050310.04110265265040.203133983634-0.05806568999340.4114227705731.554014429424.2677023891125.538797552
62.73410929624-1.253879028711.449223922872.16914002539-1.278467022065.160415810850.101273690988-0.2095615605370.2377558350320.0658592073727-0.08670937575070.04561271015830.01381336980170.2947988596370.008144570170850.165668538022-0.004896422267260.02793335511910.146324410488-0.03873937627470.35020674974937.701716161418.0631533739126.738903005
73.73527684992-0.3479807919621.116001959033.66691133071-0.8032315966285.025066157470.00321840915391-0.134428694570.383407598826-0.02354258792360.114238361610.363319749960.332105085580.311446593728-0.1146263393680.2110303666110.009540905670410.04670789890290.15154765505-0.06616115216180.27820370149537.689296546514.3637130053120.462285223
82.39875024081.11147995923-1.168227495848.07371903375-1.962063858882.158722220750.0956153768290.133408759120.0652588308715-0.2893885488120.0746811604443-0.505223994194-0.1555770132830.160785845729-0.08588707981960.283028228252-0.04504381081690.07492032895280.346617758475-0.0775117239340.29315677681242.483263483125.741157597106.12281796
94.145015597221.239806121470.7651250452234.31707799422-0.3073752316552.774637628980.222075014408-0.01509740655140.734931334769-0.1537449492020.0685519692966-0.673702757421-0.7023096952420.877164801038-0.2499231047570.527645240386-0.1340080310620.2240828002010.530719171633-0.15660963770.87678460853752.956495390942.3682104468105.532630917
103.337014186880.635694337231-0.737098500183.426236516931.384484134663.093504293910.403951620117-0.7560238252820.629587906590.6170246654080.251726100509-0.639556932154-0.607741532891.61504929084-0.5584801023610.67153801002-0.2762986749930.09096157516970.756217270291-0.3592511993161.1274307526657.357598135244.062590144112.226077508
111.53535624769-0.809579129090.4069712035593.028239102352.112696748592.248512215780.242020333563-0.2203627659450.766821730240.61737235343-0.000335554736163-0.555685693001-0.6885016652480.356404986017-0.3078278777240.855579667117-0.1673971915760.2209918940290.41697350371-0.1586891695970.91648921959441.034538087351.0957483877113.129815629
122.413361449040.7593647605740.337217723216.979723634160.2527433684131.62513930377-0.044950128383-0.1820329109370.6644037421950.05137673134870.3728937161390.126138099588-0.5104182425730.0365961081837-0.2489426784440.3484736837630.001866598205260.09485287087420.265976899957-0.01715149818190.41863822023836.570817382533.4482473508108.096071439
137.93995911681-4.56505116382-0.2280141282223.48889949140.3182982267512.711578075810.9706653840410.7419677002760.385603800734-1.60736506775-0.2877362461160.603700926976-0.408681809189-0.341676939312-0.5409348619290.55807551750.01476176269810.0648180572560.4191901704370.1502197819150.61903512711333.503270060432.037939522597.9657964727
142.829228064320.919618674922-0.2768037442666.462694967550.9684445375743.750497246660.1149479053430.335883075131.166302427080.01170718748750.2752167800151.41643375522-0.344116906062-0.0366131684564-0.4536334757760.3482632177090.1125816174910.01347335608430.2614896670790.1038017313630.62846420291319.350755967133.0690391251107.514403916
151.832844070871.66370521694-0.2632363283262.507275652460.351992720241.79344520728-0.01460048978290.0164195346455-0.3526094498480.06472270234150.119342884843-0.323904041980.301561383140.321326644507-0.08381859568580.2819414280530.115521509044-0.09590911324550.247541604134-0.0607358893240.30854065082137.5449148917-16.1303626952132.065753902
161.37932274187-0.01851374787560.5653004262152.95755603873-0.07090873917831.684160950210.117718695622-0.261123078664-0.5200486263470.783919642306-0.0296285654029-0.4569766784740.5551300981670.325137601015-0.04904881588720.6254187587550.0888306753803-0.1251777347030.3494343342690.07349988266170.57137988687431.5757835978-28.512926513149.212846936
171.774962076070.929994099257-0.1984433634262.501767619330.09268246067711.678294929750.03331368233730.217648171693-0.317793647704-0.09377740928240.123309723319-0.3120156599120.33679635270.238970731476-0.1385572292820.2787499884510.104347129414-0.03279002919530.28379428243-0.1132882281740.31645321922143.3721722616-13.0454013676110.078078847
181.60318885448-0.561505837935-0.9667429517311.555095512720.7384940817735.571561810470.001329381579360.370066052892-0.0299239531935-0.4153929834170.177993552312-0.4479762109420.8801543750181.07051394184-0.1423152809270.628913044220.2150624681020.05343348734810.535670831106-0.1289190292580.44334912324657.236919802-5.3605352878592.7034065794
192.1066283688-0.43797061752-0.9514524813012.189038877170.7158184574321.89183101240.03068618626220.364958085115-0.128200501802-0.3448743659070.01536949131470.5002850450070.192127004185-0.344887087813-0.05000974909130.322561849059-0.0965295555456-0.1599879594070.378170878476-0.00898777704410.4610853863912.18630436732-14.379567602112.569303258
201.82838823959-1.053752161210.5110697851583.06557141355-1.778639032072.81797674970.274364926555-0.224473875464-0.954968737888-0.4908796363950.6251705785071.650706907741.01020383599-0.927355530196-0.2521381146260.571584584133-0.391253518574-0.3914855056830.5328451037230.21946887051.30038281966-11.9022555579-24.7525907336128.366341019
211.82855045825-0.673660184993-0.8548003367572.265636549580.5173799949622.327974211510.1020446278790.521420134124-0.0439750755875-0.387443228978-0.05646581681110.5031909391270.0699926111041-0.454358494506-0.005671795767670.308759605179-0.0181264945669-0.1676195885820.4847505498910.0746742318830.4156461942037.902603388072.2632526680798.060407934
221.86285737290.5338530219040.6260566189133.114204171180.0371699494482.97714049638-0.2684021544090.926023551530.445474189873-1.273772087880.3109797475920.848631766611-0.305417900682-0.287084623566-0.01357035831110.767367067396-0.134690816095-0.2889028992910.84360798750.2376796168940.62610869082914.636942540410.287680235877.7445623154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 200 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 201 through 338 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 339 through 411 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 32 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 94 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 95 through 131 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 132 through 161 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 162 through 200 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 201 through 249 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 250 through 287 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 288 through 308 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 309 through 358 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 359 through 384 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 385 through 411 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 4 through 161 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 162 through 411 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 161 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 162 through 411 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 2 through 161 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 162 through 411 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 4 through 161 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 162 through 411 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る