+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yas | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HYDROXYNITRILE LYASE FROM HEVEA BRASILIENSIS, ROOM TEMPERATURE STRUCTURE | ||||||
![]() | PROTEIN (HYDROXYNITRILE LYASE) | ||||||
![]() | LYASE / OXYNITRILASE / CYANOGENESIS / CYANOHYDRIN FORMATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() (S)-hydroxynitrile lyase / aliphatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / aromatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process / methyl indole-3-acetate esterase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zuegg, J. / Wagner, U.G. / Gugganig, M. / Kratky, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structures of enzyme-substrate complexes of the hydroxynitrile lyase from Hevea brasiliensis. 著者: Zuegg, J. / Gruber, K. / Gugganig, M. / Wagner, U.G. / Kratky, C. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1997 タイトル: Hydroxynitrile lyase from Hevea brasiliensis: molecular characterization and mechanism of enzyme catalysis. 著者: Hasslacher, M. / Kratky, C. / Griengl, H. / Schwab, H. / Kohlwein, S.D. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of a hydroxynitrile lyase from Hevea brasiliensis. 著者: Wagner, U.G. / Schall, M. / Hasslacher, M. / Hayn, M. / Griengl, H. / Schwab, H. / Kratky, C. #3: ![]() タイトル: Mechanism of Cyanogenesis: The Crystal Structure of Hydroxynitrile Lyase from Hevea brasiliensis 著者: Wagner, U.G. / Hasslacher, M. / Griengl, H. / Schwab, H. / Kratky, C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 48.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 372.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 374.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29262.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.1 M NATRIUM HEPES BUFFER PH=7.5 2 % PEG 400, 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 20 DEGREES. | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→15 Å / Num. obs: 18312 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.31 Å / % possible obs: 88.3 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1YAS 解像度: 2.2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.197 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.2 |