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万見
- PDB-6y9p: Crystal structure of Whirlin PDZ3_C-ter in complex with Harmonin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y9p
タイトルCrystal structure of Whirlin PDZ3_C-ter in complex with Harmonin a1 C-terminal PDZ binding motif peptide
要素
  • Harmonin a1
  • Whirlin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Whirlin / PDZ / Myosin 15a / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


upper tip-link density / paranodal junction maintenance / protein localization to microvillus / periciliary membrane compartment / auditory receptor cell morphogenesis / stereocilia ankle link / USH2 complex / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / regulation of microvillus length ...upper tip-link density / paranodal junction maintenance / protein localization to microvillus / periciliary membrane compartment / auditory receptor cell morphogenesis / stereocilia ankle link / USH2 complex / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / regulation of microvillus length / brush border assembly / parallel actin filament bundle assembly / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cerebellar Purkinje cell layer formation / retinal cone cell development / photoreceptor connecting cilium / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium bundle / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / inner ear morphogenesis / spectrin binding / brush border / microvillus / neuromuscular process controlling balance / actin filament bundle assembly / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / establishment of localization in cell / actin filament / sensory perception of sound / establishment of protein localization / G2/M transition of mitotic cell cycle / apical part of cell / growth cone / protein-containing complex assembly / neuron projection / ciliary basal body / cilium / synapse / positive regulation of gene expression / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Whirlin / : / Harmonin / Harmonin, N-terminal domain / : / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Harmonin a1 / Whirlin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.169 Å
データ登録者Zhu, Y. / Delhommel, F. / Haouz, A. / Caillet-Saguy, C. / Vaney, M. / Mechaly, A.E. / Wolff, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN675341 フランス
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Deciphering the Unexpected Binding Capacity of the Third PDZ Domain of Whirlin to Various Cochlear Hair Cell Partners.
著者: Zhu, Y. / Delhommel, F. / Cordier, F. / Luchow, S. / Mechaly, A. / Colcombet-Cazenave, B. / Girault, V. / Pepermans, E. / Bahloul, A. / Gautier, C. / Brule, S. / Raynal, B. / Hoos, S. / ...著者: Zhu, Y. / Delhommel, F. / Cordier, F. / Luchow, S. / Mechaly, A. / Colcombet-Cazenave, B. / Girault, V. / Pepermans, E. / Bahloul, A. / Gautier, C. / Brule, S. / Raynal, B. / Hoos, S. / Haouz, A. / Caillet-Saguy, C. / Ivarsson, Y. / Wolff, N.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Whirlin
B: Whirlin
C: Harmonin a1
D: Harmonin a1
E: Whirlin
F: Harmonin a1
G: Whirlin
H: Harmonin a1
I: Whirlin
J: Harmonin a1
K: Whirlin
L: Harmonin a1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,58112
ポリマ－76,58112
非ポリマー00
水21612
1
A: Whirlin
C: Harmonin a1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7642
ポリマ－12,7642
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6440 Å2
手法PISA
2
B: Whirlin
D: Harmonin a1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7642
ポリマ－12,7642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5930 Å2
手法PISA
3
E: Whirlin
F: Harmonin a1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7642
ポリマ－12,7642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
4
G: Whirlin
H: Harmonin a1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7642
ポリマ－12,7642
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
5
I: Whirlin
J: Harmonin a1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7642
ポリマ－12,7642
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5840 Å2
手法PISA
6
K: Whirlin
L: Harmonin a1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7642
ポリマ－12,7642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.880, 81.030, 111.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Whirlin


分子量: 11359.070 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Whrn, Dfnb31, Kiaa1526
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q80VW5
#2: タンパク質・ペプチド
Harmonin a1


分子量: 1404.496 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6PPF3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2M CaCl, 25% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.169→45.82 Å / Num. obs: 10622 / % possible obs: 86.25 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.169→3.282 Å / Num. unique obs: 1085 / CC1/2: 0.373 / CC star: 0.737

-
解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UFX

1ufx


解像度: 3.169→45.82 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 --
Rwork0.2456 --
obs-10622 86.25 %
原子変位パラメータBiso mean: 103.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.169→45.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4533 0 0 12 4545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01074586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47176164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.16671722

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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