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- PDB-3gj9: crystal structure of TIP-1 in complex with c-terminal of Kir2.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gj9
タイトルcrystal structure of TIP-1 in complex with c-terminal of Kir2.3
要素
  • C-terminal peptide from Inward rectifier potassium channel 4
  • Tax1-binding protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / TIP-1 / Kir2.3 / PDZ domain / Cytoplasm / Nucleus / Phosphoprotein / Wnt signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / negative regulation of protein localization to cell surface / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / regulation of Cdc42 protein signal transduction / potassium ion import across plasma membrane / negative regulation of Wnt signaling pathway / Rho protein signal transduction ...Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / negative regulation of protein localization to cell surface / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / regulation of Cdc42 protein signal transduction / potassium ion import across plasma membrane / negative regulation of Wnt signaling pathway / Rho protein signal transduction / voltage-gated potassium channel complex / cytoplasmic vesicle membrane / PDZ domain binding / beta-catenin binding / potassium ion transport / Wnt signaling pathway / fibrillar center / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / actin cytoskeleton / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.3 / Tax1-binding protein 3 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : / PDZ domain ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.3 / Tax1-binding protein 3 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Immunoglobulin E-set / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tax1-binding protein 3 / Inward rectifier potassium channel 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shen, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Molecular mechanism of inward rectifier potassium channel 2.3 regulation by tax-interacting protein-1
著者: Yan, X. / Zhou, H. / Zhang, J. / Shi, C. / Xie, X. / Wu, Y. / Tian, C. / Shen, Y. / Long, J.
履歴
登録2009年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tax1-binding protein 3
B: Tax1-binding protein 3
C: C-terminal peptide from Inward rectifier potassium channel 4
D: C-terminal peptide from Inward rectifier potassium channel 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,32812
ポリマ－29,9244
非ポリマー4038
水1,910106
1
A: Tax1-binding protein 3
C: C-terminal peptide from Inward rectifier potassium channel 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0985
ポリマ－14,9622
非ポリマー1363
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area6530 Å2
手法PISA
2
B: Tax1-binding protein 3
D: C-terminal peptide from Inward rectifier potassium channel 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2297
ポリマ－14,9622
非ポリマー2675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.457, 86.457, 101.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Tax1-binding protein 3 / Tax interaction protein 1 / TIP-1 / Glutaminase-interacting protein 3


分子量: 13751.685 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14907
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal peptide from Inward rectifier potassium channel 4 / C-terminal peptide of Inward rectifier K(+) channel Kir2.3


分子量: 1210.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: this sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: P48050
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, cacodylate buffer, zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 10830 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 57.4 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 873 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 81.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DIW

3diw


解像度: 2.8→29.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 83181.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 515 5.3 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.247 9632 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.7946 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.48 Å20 Å20 Å2
2--6.48 Å20 Å2
3----12.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1749 0 8 106 1863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.382.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 73 5.1 %
Rwork0.339 1347 -
obs--88 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3so4.paramso4.top
X-RAY DIFFRACTION4gol.paramgol.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.paramwater_rep.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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