PDB-6y88: IGPS (Indole-3-glycerol phosphate synthase) from Pseudomonas aeru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y88

タイトル

IGPS (Indole-3-glycerol phosphate synthase) from Pseudomonas aeruginosa in complex with substrate inhibitor rCdRP

要素

(Indole-3-glycerol phosphate ...) x 2

キーワード

LYASE / Tryptophan biosynthesis / carboxylyase / ba8-barrel / indole synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09983451737 Å

データ登録者

Soderholm, A. / Selmer, M.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure and kinetics of indole-3-glycerol phosphate synthase from Pseudomonas aeruginosa : Decarboxylation is not essential for indole formation.
著者: Soderholm, A. / Newton, M.S. / Patrick, W.M. / Selmer, M.

履歴

登録	2020年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb6y88.ent.gz	661.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6y88_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y88_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	6y88_validation.xml.gz	84.8 KB	表示
CIF形式データ	6y88_validation.cif.gz	120.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/6y88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/6y88	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tsmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ts5-d 4fb7-d 2a7q-d 4os6-d 4crd-d 2pbl-2 4fub-d 2viq-d 7jmb-1 4fva-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Indole-3-glycerol phosphate synthase

B: Indole-3-glycerol phosphate synthase

C: Indole-3-glycerol phosphate synthase

D: Indole-3-glycerol phosphate synthase

E: Indole-3-glycerol phosphate synthase

F: Indole-3-glycerol phosphate synthase

G: Indole-3-glycerol phosphate synthase,Indole-3-glycerol phosphate synthase

H: Indole-3-glycerol phosphate synthase

ヘテロ分子

254 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Indole-3-glycerol phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Confirmed by SAXS
31.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Indole-3-glycerol phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Indole-3-glycerol phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Indole-3-glycerol phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Indole-3-glycerol phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Indole-3-glycerol phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.8 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Indole-3-glycerol phosphate synthase,Indole-3-glycerol phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Indole-3-glycerol phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	164.705, 150.683, 114.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

-
Indole-3-glycerol phosphate ... , 2種, 8分子 ABCDEFHG

#1: タンパク質	Indole-3-glycerol phosphate synthase / IGPS 分子量: 31458.074 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: trpC, DT376_13060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A367MAM9, UniProt: P20577*PLUS, indole-3-glycerol-phosphate synthase
#2: タンパク質	Indole-3-glycerol phosphate synthase,Indole-3-glycerol phosphate synthase / IGPS / IGPS 分子量: 29909.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: trpC, DT376_13060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A367MAM9, UniProt: P20577*PLUS, indole-3-glycerol-phosphate synthase

#1: タンパク質

Indole-3-glycerol phosphate synthase / IGPS

分子量: 31458.074 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: trpC, DT376_13060 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A367MAM9, UniProt: P20577*PLUS, indole-3-glycerol-phosphate synthase

#2: タンパク質

Indole-3-glycerol phosphate synthase,Indole-3-glycerol phosphate synthase / IGPS / IGPS

分子量: 29909.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: trpC, DT376_13060 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A367MAM9, UniProt: P20577*PLUS, indole-3-glycerol-phosphate synthase

-
非ポリマー , 5種, 1145分子

#3: 化合物	ChemComp-137 / 1-(O-CARBOXY-PHENYLAMINO)-1-DEOXY-D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE 分子量: 351.246 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₈NO₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.38 %
結晶化	温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.4 詳細: 0.07 M Citric acid, 0.03 M Bis-Tris propane pH 3.4 (Condition G12 from PEG/Ion screen from Hampton Research)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.099→50 Å / Num. obs: 321139 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.03 % / B_iso Wilson estimate: 30.2458918458 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.61
反射シェル	解像度: 2.099→2.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 51980 / CC_1/2: 0.73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TSM

3tsm

解像度: 2.09983451737→48.0433596166 Å / SU ML: 0.23247016633 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1861589204 / 位相誤差: 21.7744224305
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218055634217	16096	5.01281544206 %
R_work	0.172852520379	305001	-
obs	0.175092930297	321097	99.985676163 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.8851359205 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09983451737→48.0433596166 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16162	0	221	1129	17512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0117879442779	16651
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09989380788	22571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.114074349118	2702
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00701109261646	2994
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.3033444784	6334

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0999-2.1237	0.300182742756	538	0.257724169329	10287	X-RAY DIFFRACTION	99.9630621479
2.1237-2.1487	0.297025848822	541	0.248999723298	10139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1487-2.1749	0.281972609794	531	0.240328374421	10152	X-RAY DIFFRACTION	99.9812821713
2.1749-2.2024	0.283768899578	533	0.234276836322	10173	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2024-2.2314	0.252143787183	536	0.222135675526	10143	X-RAY DIFFRACTION	99.9719153717
2.2314-2.262	0.286088279979	536	0.232607900359	10168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.262-2.2943	0.27518781615	529	0.229558326925	10107	X-RAY DIFFRACTION	99.9811994736
2.2943-2.3285	0.247627358467	537	0.217857413141	10207	X-RAY DIFFRACTION	99.9906933457
2.3285-2.3649	0.255921294816	541	0.21498150809	10208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3649-2.4037	0.256413670141	540	0.206393845081	10120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4037-2.4451	0.238953406163	544	0.196637238269	10161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4451-2.4896	0.268010967586	535	0.197493882559	10164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4896-2.5375	0.255780079643	546	0.201944938614	10230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5375-2.5893	0.256054909565	532	0.19644078773	10105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5893-2.6456	0.202359019737	535	0.171292037611	10175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6456-2.7071	0.220259577503	543	0.173193707282	10172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7071-2.7748	0.243744317587	537	0.176067088645	10126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7748-2.8498	0.2125004123	538	0.172966924003	10181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8498-2.9336	0.236409591559	543	0.178950576519	10192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9336-3.0283	0.240626270803	530	0.176367450243	10092	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0283-3.1365	0.237167484497	535	0.170677781004	10218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1365-3.2621	0.230444608717	538	0.174904148334	10199	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2621-3.4105	0.207030103505	533	0.162377905513	10109	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4105-3.5903	0.194491444353	536	0.151045161097	10222	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5903-3.8151	0.209562916515	529	0.147370723527	10141	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8151-4.1095	0.188999902887	539	0.139730631331	10162	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1095-4.5228	0.173098411982	534	0.133258815449	10153	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5228-5.1766	0.148209545566	542	0.13040387863	10184	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1766-6.5194	0.209219180904	537	0.171605478867	10148	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5194-48.0433	0.20168372062	528	0.180003062121	10163	X-RAY DIFFRACTION	99.682983683

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