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- PDB-6y5y: Structure of New Jersey Polyomavirus VP1 in complex with 3'-Sialy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y5y
タイトルStructure of New Jersey Polyomavirus VP1 in complex with 3'-Sialyllactose
要素VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / Major Capsid Protein / Polyomavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-alpha-lactose / VP1
類似検索 - 構成要素
生物種New Jersey polyomavirus-2013 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR2327 ドイツ
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structural Basis and Evolution of Glycan Receptor Specificities within the Polyomavirus Family.
著者: Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Blaum, B.S. / Botsch, J. / Rossler, P. / Wedekink, F. / Lipkin, W.I. / Mishra, N. / Stehle, T.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,13669
ポリマ－340,96610
非ポリマー10,17059
水50,0282777
1
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,70636
ポリマ－170,4835
非ポリマー5,22331
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32900 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area50220 Å2
手法PISA
2
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,43033
ポリマ－170,4835
非ポリマー4,94728
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31270 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area49450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.381, 151.082, 130.617
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.561, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
VP1


分子量: 34096.566 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) New Jersey polyomavirus-2013 (ウイルス)
遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: A0A024B5J2

-
糖 , 2種, 10分子

#2: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / 3'-sialyl-alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-alpha-lactose
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 2826分子

#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Succinic acid, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月19日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.2 Å / Num. obs: 295112 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 19.03 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.1556 / Net I/σ(I): 9.79
反射 シェル解像度: 1.801→1.865 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 29218 / CC1/2: 0.603 / Rrim(I) all: 1.176

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FMG

4fmg


解像度: 1.8→48.2 Å / SU ML: 0.2213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.455
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 5902 2 %
Rwork0.166 --
obs0.1668 295026 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21240 0 674 2777 24691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006422744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.851630961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05583465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00554020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.835819015
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.341910.31369320X-RAY DIFFRACTION96.78
1.82-1.840.35681970.29129663X-RAY DIFFRACTION99.98
1.84-1.870.31241960.27389583X-RAY DIFFRACTION99.91
1.87-1.890.2971960.25819642X-RAY DIFFRACTION99.92
1.89-1.910.26881970.2429649X-RAY DIFFRACTION99.95
1.91-1.940.25671960.22689560X-RAY DIFFRACTION99.87
1.94-1.970.25841960.21349617X-RAY DIFFRACTION99.95
1.97-20.22911960.20229623X-RAY DIFFRACTION99.92
2-2.030.22231970.19719636X-RAY DIFFRACTION99.94
2.03-2.060.23021970.1989617X-RAY DIFFRACTION99.94
2.06-2.10.24511970.1939679X-RAY DIFFRACTION99.92
2.1-2.140.24621960.1889591X-RAY DIFFRACTION99.93
2.14-2.180.21781970.17699656X-RAY DIFFRACTION99.94
2.18-2.220.23071970.17779664X-RAY DIFFRACTION99.89
2.22-2.270.23761970.17499619X-RAY DIFFRACTION99.88
2.27-2.320.22991960.17389643X-RAY DIFFRACTION99.82
2.32-2.380.22471960.17149603X-RAY DIFFRACTION99.95
2.38-2.440.22821970.16979618X-RAY DIFFRACTION99.95
2.44-2.520.21881970.16439678X-RAY DIFFRACTION99.99
2.52-2.60.19261970.16569644X-RAY DIFFRACTION99.95
2.6-2.690.23661970.16199636X-RAY DIFFRACTION99.93
2.69-2.80.1981970.15999685X-RAY DIFFRACTION99.94
2.8-2.920.19331970.15669633X-RAY DIFFRACTION99.97
2.92-3.080.21431970.16039638X-RAY DIFFRACTION99.82
3.08-3.270.20821970.15229673X-RAY DIFFRACTION99.86
3.27-3.520.17561970.14419646X-RAY DIFFRACTION99.93
3.52-3.880.17641980.13639696X-RAY DIFFRACTION99.95
3.88-4.440.14151980.11679681X-RAY DIFFRACTION99.98
4.44-5.590.14811980.12549736X-RAY DIFFRACTION99.95
5.59-48.20.18582000.15919795X-RAY DIFFRACTION99.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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