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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y54 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Neisseria meningitidis serogroup A capsular oligosaccharide bound to a functional Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / antigen-antibody complex / epitope mapping / carbohydrate / glycan | ||||||
機能・相同性 | IODIDE ION / Chem-OA8 / Chem-OAB / Chem-OOW 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å | ||||||
データ登録者 | Dello Iacono, L. / Henriques, P. / Adamo, R. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Structure of a protective epitope reveals the importance of acetylation of Neisseria meningitidis serogroup A capsular polysaccharide. 著者: Henriques, P. / Dello Iacono, L. / Gimeno, A. / Biolchi, A. / Romano, M.R. / Arda, A. / Bernardes, G.J.L. / Jimenez-Barbero, J. / Berti, F. / Rappuoli, R. / Adamo, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y54.cif.gz | 230.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6y54.ent.gz | 180 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6y54_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6y54_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6y54_validation.xml.gz | 43.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6y54_validation.cif.gz | 57 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y54 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 6分子 HMOLNP
#1: 抗体 | 分子量: 24520.445 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 24225.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 6種, 47分子
#3: 化合物 | ChemComp-IOD / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES pH 5.4, 255 mM KI 25% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.67→49.74 Å / Num. obs: 44254 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 44.08 Å2 / CC1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.67→2.76 Å / Num. unique obs: 4231 / CC1/2: 0.598 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5KVF, 3FO9 解像度: 2.67→49.74 Å / SU ML: 0.4614 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.4224
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.67→49.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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