PDB-6y4i: Structural and Kinetic Evaluation of Phosphoramidate Inhibitors o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y4i

タイトル

Structural and Kinetic Evaluation of Phosphoramidate Inhibitors on Thermolysin

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / Phosphoramidate Inhibitor / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Kljajic, M. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Kinetic Evaluation of Phosphoramidate Inhibitors on Thermolysin
著者: Kljajic, M. / Gerber, H.-D. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2020年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y4i.cif.gz	247.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y4i.ent.gz	166.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yi6C 6ymrC 6ymsC 5lvdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qar-d 3p7p-d 1pe5-d 6sc0-d 4tmn-d 5n2z-d 2whz-d 6zhj-d 1qf0-d 1kkk-d 5n2x-d 4h57-d 1thl-d 3t8h-d 1fjt-d 5dpe-d 4ow3-d 8tln-d 1y3g-d 5m69-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.612, 92.612, 129.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-768- HOH
2	1	E-798- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Neutral protease 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: nprS, nprM 発現宿主: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 参照: UniProt: P43133, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 373分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-0PK / N-[(S)-[(1R)-1-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}-2-phenylethyl](hydroxy)phosphoryl]-L-leucyl-L-alanine / ZFPLA / N-[[(R)-α-(ベンジルオキシカルボニルアミノ)フェネチル]ホスホニル]-L-Leu-L-Ala-OH タイプ: peptide-like / 分子量: 519.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₄N₃O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン分子量: 132.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M CsCl, 50 mM Tris(hydroxymethyl)aminomethan, 50% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→46.31 Å / Num. obs: 113185 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.42 % / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.099 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 10.36
反射シェル	解像度: 1.16→1.23 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 17875 / CC_1/2: 0.879 / R_rim(I) all: 0.525 / R_sym value: 0.482 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LVD

5lvd

解像度: 1.16→46.31 Å / SU ML: 0.0798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.4409

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1396	5660	5 %
R_work	0.1263	-	-
obs	0.127	113182	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→46.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2416	0	58	362	2836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	2611
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9325	3569
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0793	380
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	483
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4694	916

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.16-1.17	0.2324	180	0.1925	3422	X-RAY DIFFRACTION	96.98
1.17-1.19	0.184	184	0.1727	3483	X-RAY DIFFRACTION	98.97
1.19-1.2	0.1743	187	0.1582	3549	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.2-1.22	0.1691	185	0.1576	3519	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.22-1.23	0.1554	185	0.1521	3517	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.23-1.25	0.1831	186	0.1445	3535	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.25-1.27	0.1743	186	0.1402	3542	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.27-1.29	0.1618	187	0.1419	3552	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.29-1.31	0.153	186	0.1357	3518	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.31-1.33	0.1549	187	0.129	3559	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.33-1.35	0.1492	185	0.122	3524	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.35-1.38	0.1529	188	0.1153	3571	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.38-1.4	0.1441	188	0.1197	3568	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.4-1.43	0.1518	187	0.1159	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.46	0.1217	188	0.1147	3557	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.46-1.5	0.1282	188	0.1081	3572	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.5-1.53	0.1222	187	0.1072	3557	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.53-1.57	0.126	188	0.1011	3578	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.57-1.62	0.1211	188	0.1038	3579	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.62-1.67	0.1077	189	0.1046	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.73	0.1281	189	0.1066	3593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.8	0.1211	189	0.106	3599	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.8-1.88	0.1283	191	0.1086	3618	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.88-1.98	0.1248	189	0.1114	3606	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.98-2.11	0.1191	191	0.1078	3620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.27	0.1286	192	0.1088	3640	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.27-2.5	0.1168	192	0.113	3659	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.5-2.86	0.1418	194	0.12	3673	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.86-3.6	0.1375	196	0.134	3729	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.6-46.31	0.1655	208	0.1638	3948	X-RAY DIFFRACTION	99.71

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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