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万見
- PDB-6zhj: 3D electron diffraction structure of thermolysin from Bacillus th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zhj
タイトル3D electron diffraction structure of thermolysin from Bacillus thermoproteolyticus
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE / metalloproteinase
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Blum, T. / Housset, D. / Clabbers, M.T.B. / van Genderen, E. / Schoehn, G. / Ling, W.L. / Abrahams, J.P.
資金援助 フランス, スイス, 4件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-02 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-49-01 フランス
Swiss National Science Foundation31003A_17002 スイス
Swiss National Science Foundation200021_165669 スイス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Statistically correcting dynamical electron scattering improves the refinement of protein nanocrystals, including charge refinement of coordinated metals.
著者: Thorsten B Blum / Dominique Housset / Max T B Clabbers / Eric van Genderen / Maria Bacia-Verloop / Ulrich Zander / Andrew A McCarthy / Guy Schoehn / Wai Li Ling / Jan Pieter Abrahams /
要旨: Electron diffraction allows protein structure determination when only nanosized crystals are available. Nevertheless, multiple elastic (or dynamical) scattering, which is prominent in electron ...Electron diffraction allows protein structure determination when only nanosized crystals are available. Nevertheless, multiple elastic (or dynamical) scattering, which is prominent in electron diffraction, is a concern. Current methods for modeling dynamical scattering by multi-slice or Bloch wave approaches are not suitable for protein crystals because they are not designed to cope with large molecules. Here, dynamical scattering of nanocrystals of insulin, thermolysin and thaumatin was limited by collecting data from thin crystals. To accurately measure the weak diffraction signal from the few unit cells in the thin crystals, a low-noise hybrid pixel Timepix electron-counting detector was used. The remaining dynamical component was further reduced in refinement using a likelihood-based correction, which was introduced previously for analyzing electron diffraction data of small-molecule nanocrystals and was adapted here for protein crystals. The procedure is shown to notably improve the structural refinement, in one case allowing the location of solvent molecules. It also allowed refinement of the charge states of bound metal atoms, an important element in protein function, through B-factor analysis of the metal atoms and their ligands. These results clearly increase the value of macromolecular electron crystallography as a complementary structural biology technique.
履歴
登録2020年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5866
ポリマ－34,3601
非ポリマー2265
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area390 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.000, 92.000, 127.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Thermolysin / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: purchased from Hampton Research
由来: (合成) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Thermolysin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.0346 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: MES 100 mM ph 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
140 %PEG 2000PEG1
25 mMCalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 3D nano-sized crystals
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 50 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company /
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
EM imaging
ID加速電圧 (kV)電子線源照射モードモデルモードSpecimen-ID
1200FIELD EMISSION GUNFLOOD BEAMFEI POLARA 300DIFFRACTION1
2200FIELD EMISSION GUNFLOOD BEAMFEI TALOS ARCTICADIFFRACTION1
撮影電子線照射量: 5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 詳細: Timepix detector used
EM回折カメラ長: 1300 mm
EM回折 シェル解像度: 3.26→37.52 Å / フーリエ空間範囲: 84.17 % / 多重度: 4.2 / 構造因子数: 4530 / 位相残差: 0.001 °
EM回折 統計詳細: Diffraction data / フーリエ空間範囲: 84.17 % / 再高解像度: 3.26 Å / 測定した強度の数: 4536 / 構造因子数: 4530 / 位相誤差: 0.001 ° / 位相残差: 0.001 ° / 位相誤差の除外基準: 0.001 / Rmerge: 0.548 / Rsym: 0.548

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
EMソフトウェア名称: CCP4 package / カテゴリ: 分子置換
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 120 ° / A: 92 Å / B: 92 Å / C: 127.48 Å / 空間群名: P6122 / 空間群番号: 178
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 詳細: No reconstruction: diffraction data / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築詳細: Refinement performed with Refmac
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FJ3

1fj3


解像度: 3.26→37.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.841 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.773 / SU B: 52.026 / SU ML: 0.825 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.774 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2923 237 5.2 %RANDOM
Rwork0.2101 ---
obs0.2142 4293 84.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.97 Å2 / Biso mean: 29.4 Å2 / Biso min: 9.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å2-0 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.26→37.52 Å
リガンド溶媒全体
原子数5 0 2438
Biso mean23.61 --
残基数--316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0070.0142492
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d0.0020.0172077
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.1541.6523393
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg0.8341.6484850
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg8.4265315
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg32.95723.358134
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg18.07215357
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg15.9681510
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0550.2323
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0050.022915
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0020.02513
LS精密化 シェル解像度: 3.26→3.344 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.541 12 -
Rwork0.347 262 -
all-274 -
obs--70.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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