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- PDB-6y4b: Structure of cyclodipeptide synthase from Candidatus Glomeribacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y4b
タイトルStructure of cyclodipeptide synthase from Candidatus Glomeribacter gigasporarum bound to Phe-tRNAPhe
要素
  • Cyclodipeptide synthase
  • RNA (77-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / cyclodipeptide synthase / tRNA / Complex
機能・相同性Cyclodipeptide synthase superfamily / aminoacyltransferase activity / PHENYLALANINE / RNA / RNA (> 10) / Cyclodipeptide synthase
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Candidatus Glomeribacter gigasporarum BEG34 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5 Å
データ登録者Bourgeois, G. / Mechulam, Y. / Schmitt, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency14CE090021 フランス
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Structural basis of the interaction between cyclodipeptide synthases and aminoacylated tRNA substrates.
著者: Bourgeois, G. / Seguin, J. / Babin, M. / Gondry, M. / Mechulam, Y. / Schmitt, E.
履歴
登録2020年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: RNA (77-MER)
A: Cyclodipeptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8043
ポリマ－58,6392
非ポリマー1651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)254.834, 254.834, 69.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: RNA鎖 RNA (77-MER)


分子量: 24519.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: tRNA is aminoacylated, adenosine 76 is bounded to phenylalanine
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Cyclodipeptide synthase


分子量: 34119.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Glomeribacter gigasporarum BEG34 (バクテリア)
遺伝子: CAGGBEG34_30028 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2JBB2
#3: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.84 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% PEG8000, 0.17 M AcCa, 0.17 M Guanidinium hydrochloride, 0.1 M Hepes pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5→50 Å / Num. obs: 6120 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 33.2 % / Biso Wilson estimate: 214.56 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 5→5.3 Å / 冗長度: 32 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 867 / CC1/2: 0.58 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDS1.17.1_3660データ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MLP

5mlp


解像度: 5→48.16 Å / SU ML: 1.0625 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.2752
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3158 215 4.98 %
Rwork0.304 4100 -
obs0.3047 4315 70.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 139.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1334 1634 0 0 2968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223164
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64594700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0318619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.25971241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5-6.30.5531710.45921162X-RAY DIFFRACTION41.49
6.3-48.160.28051440.28262938X-RAY DIFFRACTION98.34
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -80.2336000483 Å / Origin y: 69.1408391067 Å / Origin z: 3.14746588878 Å
111213212223313233
T0.239901044783 Å2-0.541033478684 Å20.0675871126923 Å2-1.30573308465 Å2-0.750519766849 Å2--0.984832427339 Å2
L5.41545539992 °20.68715505611 °20.129769128946 °2-2.15138614768 °2-0.269086836002 °2--1.24257125473 °2
S0.0865425523863 Å °-1.70979102773 Å °-0.0666863934079 Å °0.450778012993 Å °-0.0259031522297 Å °0.663453660244 Å °-0.327969720799 Å °-0.968640668265 Å °-0.0109763117182 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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