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- PDB-3hcu: Crystal structure of TRAF6 in complex with Ubc13 in the C2 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hcu
タイトルCrystal structure of TRAF6 in complex with Ubc13 in the C2 space group
要素
  • TNF receptor-associated factor 6
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
キーワードSIGNALING PROTEIN/LIGASE / cross-brace / beta-beta-alpha / Coiled coil / Cytoplasm / Metal-binding / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger / ATP-binding / DNA damage / DNA repair / Isopeptide bond / Ligase / Nucleotide-binding / SIGNALING PROTEIN-LIGASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


UBC13-MMS2 complex / protein kinase B binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / ubiquitin conjugating enzyme complex / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / ubiquitin-protein transferase activator activity / CD40 signaling pathway / interleukin-17-mediated signaling pathway / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation ...UBC13-MMS2 complex / protein kinase B binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / ubiquitin conjugating enzyme complex / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / ubiquitin-protein transferase activator activity / CD40 signaling pathway / interleukin-17-mediated signaling pathway / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / protein branched polyubiquitination / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / CD40 receptor complex / activation of protein kinase activity / myeloid dendritic cell differentiation / regulation protein catabolic process at postsynapse / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / DNA double-strand break processing / Regulated proteolysis of p75NTR / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / ubiquitin conjugating enzyme binding / postreplication repair / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / T-helper 1 type immune response / toll-like receptor 4 signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of double-strand break repair / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to cytokine stimulus / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / odontogenesis of dentin-containing tooth / ubiquitin conjugating enzyme activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of JUN kinase activity / autophagosome assembly / protein K63-linked ubiquitination / canonical NF-kappaB signal transduction / protein monoubiquitination / positive regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex / bone resorption / regulation of DNA repair / positive regulation of T cell proliferation / protein autoubiquitination / negative regulation of TORC1 signaling / signaling adaptor activity / lipid droplet / antiviral innate immune response / positive regulation of interleukin-12 production / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of interleukin-2 production / response to interleukin-1 / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / osteoclast differentiation / NF-kB is activated and signals survival / ossification / NRIF signals cell death from the nucleus / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / ubiquitin binding / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Regulation of NF-kappa B signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / neural tube closure / double-strand break repair via homologous recombination / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / G2/M DNA damage checkpoint / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of T cell cytokine production
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 6, zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. ...TNF receptor-associated factor 6, zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Herpes Virus-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / TNF receptor-associated factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yin, Q. / Lin, S.-C. / Lamothe, B. / Lu, M. / Lo, Y.-C. / Hura, G. / Zheng, L. / Rich, R.L. / Campos, A.D. / Myszka, D.G. ...Yin, Q. / Lin, S.-C. / Lamothe, B. / Lu, M. / Lo, Y.-C. / Hura, G. / Zheng, L. / Rich, R.L. / Campos, A.D. / Myszka, D.G. / Lenardo, M.J. / Darnay, B.G. / Wu, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: E2 interaction and dimerization in the crystal structure of TRAF6.
著者: Yin, Q. / Lin, S.C. / Lamothe, B. / Lu, M. / Lo, Y.C. / Hura, G. / Zheng, L. / Rich, R.L. / Campos, A.D. / Myszka, D.G. / Lenardo, M.J. / Darnay, B.G. / Wu, H.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 6
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
C: TNF receptor-associated factor 6
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,82410
ポリマ－62,4324
非ポリマー3926
水59433
1
A: TNF receptor-associated factor 6
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4125
ポリマ－31,2162
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: TNF receptor-associated factor 6
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4125
ポリマ－31,2162
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.493, 41.387, 123.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 6 / Interleukin-1 signal transducer / RING finger protein 85


分子量: 13775.906 Da / 分子数: 2 / 断片: RING and Zinc Finger 1: UNP residues 50-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF85, TRAF6 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon-Plus RIPL / 参照: UniProt: Q9Y4K3
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / Ubiquitin-protein ligase N / Ubiquitin carrier protein N / Ubc13 / Bendless-like ubiquitin-conjugating enzyme


分子量: 17440.049 Da / 分子数: 2 / 断片: Ubc13 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BLU, UBE2N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon-Plus RIPL / 参照: UniProt: P61088, ubiquitin-protein ligase
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16-20% PEG 4000, 0.2M Magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月15日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 18484 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 2.09 / Net I/σ(I): 55.287
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.695.90.39417191.77294.1
2.69-2.86.20.30517751.77995.9
2.8-2.936.40.2118341.82999.2
2.93-3.086.60.15118441.91199.9
3.08-3.286.80.118742.036100
3.28-3.537.10.07118552.182100
3.53-3.887.30.0518612.241100
3.88-4.457.30.03918752.179100
4.45-5.67.30.03519042.25599.9
5.6-506.80.03219432.50898.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HCT

3hct


解像度: 2.6→50 Å / Occupancy max: 1.17 / Occupancy min: 0.93 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3329 1733 9.3 %
Rwork0.2556 --
obs0.2556 17678 94.5 %
溶媒の処理Bsol: 63.0394 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 137.1 Å2 / Biso mean: 79.076 Å2 / Biso min: 37.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.955 Å20 Å2-3.439 Å2
2--31.955 Å20 Å2
3----12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4059 0 6 33 4098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8442
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8592.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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