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- PDB-6y32: Structure of the GTPase heterodimer of human SRP54 and SRalpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y32
タイトルStructure of the GTPase heterodimer of human SRP54 and SRalpha
要素(Signal recognition particle ...) x 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / SRP54 NG domain / SR alpha NG domain / Targeting complex Protein translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / granulocyte differentiation / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to ER / signal-recognition-particle GTPase / XBP1(S) activates chaperone genes ...signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / granulocyte differentiation / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to ER / signal-recognition-particle GTPase / XBP1(S) activates chaperone genes / exocrine pancreas development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / ribonucleoprotein complex binding / neutrophil chemotaxis / intracellular protein transport / GDP binding / nuclear speck / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle receptor, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit, eukaryotic / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle ...Signal recognition particle receptor, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit, eukaryotic / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Longin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Signal recognition particle receptor subunit alpha / Signal recognition particle subunit SRP54
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Juaire, K.D. / Becker, M.M.M. / Wild, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SI 586/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Impact of SRP54 Mutations Causing Severe Congenital Neutropenia.
著者: Juaire, K.D. / Lapouge, K. / Becker, M.M.M. / Kotova, I. / Michelhans, M. / Carapito, R. / Wild, K. / Bahram, S. / Sinning, I.
履歴
登録2020年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle 54 kDa protein
B: Signal recognition particle receptor subunit alpha
C: Signal recognition particle 54 kDa protein
D: Signal recognition particle receptor subunit alpha
E: Signal recognition particle 54 kDa protein
F: Signal recognition particle receptor subunit alpha
G: Signal recognition particle 54 kDa protein
H: Signal recognition particle receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,70338
ポリマ－271,9868
非ポリマー5,71730
水8,395466
1
A: Signal recognition particle 54 kDa protein
B: Signal recognition particle receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3789
ポリマ－67,9972
非ポリマー1,3817
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area24320 Å2
手法PISA
2
C: Signal recognition particle 54 kDa protein
D: Signal recognition particle receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2828
ポリマ－67,9972
非ポリマー1,2856
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
3
E: Signal recognition particle 54 kDa protein
F: Signal recognition particle receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3789
ポリマ－67,9972
非ポリマー1,3817
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
4
G: Signal recognition particle 54 kDa protein
H: Signal recognition particle receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,66612
ポリマ－67,9972
非ポリマー1,66910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area24040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.825, 70.634, 172.573
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.810, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

-
Signal recognition particle ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Signal recognition particle 54 kDa protein / SRP54


分子量: 33511.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRP54 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61011
#2: タンパク質
Signal recognition particle receptor subunit alpha / SR-alpha / Docking protein alpha / DP-alpha


分子量: 34484.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRPRA, SRPR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08240

-
非ポリマー , 4種, 496分子

#3: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.4 M lithium sulfate, 13% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris (pH 8.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.26
反射解像度: 2.4→49.553 Å / Num. obs: 130686 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.06233 / Net I/σ(I): 11.34
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 12547 / Rpim(I) all: 0.6239

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L3Q

5l3q


解像度: 2.6→49.553 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 97.23 / 位相誤差: 28.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1844 5184 5.02 %
Rwork0.149 --
obs0.1543 103314 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 178.99 Å2 / Biso mean: 59.3332 Å2 / Biso min: 13.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17559 0 334 466 18359
Biso mean--52.81 47.48 -
残基数----2288
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.64480.2672520.24184849510195
2.6448-2.69290.27062820.23634872515494
2.6929-2.74470.28542580.23194877513595
2.7447-2.80070.27812530.21414862511595
2.8007-2.86160.25492650.21574865513094
2.8616-2.92820.2682610.21014913517495
2.9282-3.00140.24232560.20124857511395
3.0014-3.08250.23852220.19374900512295
3.0825-3.17320.23432680.1924870513894
3.1732-3.27560.22932600.18314864512495
3.2756-3.39260.22172660.17324930519695
3.3926-3.52840.19342420.15854911515395
3.5284-3.68890.17922650.15274869513494
3.6889-3.88330.17812590.13974902516195
3.8833-4.12640.1662460.12534921516794
4.1264-4.44470.14792560.11714905516194
4.4447-4.89150.12672640.11114943520795
4.8915-5.59820.14962490.12194955520495
5.5982-7.04860.17832700.14094973524394
7.0486-44.49780.1462670.12115112537994
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58360.50440.51560.51570.68071.1539-0.08840.18390.0029-0.18340.01070.2122-0.0318-0.13060.04791.0417-0.0762-0.11320.26870.0450.3855130.338113.296441.3066
20.64760.0779-0.06081.2430.00060.5981-0.0070.03660.2404-0.17490.03330.4494-0.1126-0.2035-0.01991.1190.0508-0.04460.00250.00940.4445130.644740.926653.1762
30.5853-0.58040.18254.0754-0.75850.1528-0.076-0.1463-0.31080.35140.0606-0.44160.18520.10420.04851.01730.0297-0.05460.09970.02970.4648152.0615.05658.4299
41.14120.35080.46190.57670.10640.8393-0.0442-0.0748-0.04980.07360.0476-0.0484-0.10190.1009-0.04681.01240.00760.0804-0.0284-0.07290.2169159.125645.581762.4525
50.25840.2362-0.11510.9251-0.00610.71640.04120.0603-0.0509-0.0129-0.0081-0.08160.06070.0606-0.01271.04510.01540.0764-0.1276-0.05760.1773156.68534.041255.6306
60.1139-0.6370.61693.5762-3.44133.3276-0.0706-0.4432-0.5538-0.126-0.1203-0.15020.23730.23020.17691.04880.05890.05620.69630.18650.9323170.26355.0717106.1115
72.05940.24650.71610.99160.40851.9111-0.077-0.0958-0.46150.19830.0764-0.38430.31080.3425-0.02580.84910.0738-0.02940.4320.06670.4696181.227417.9395101.7337
80.7103-0.18680.03671.348-0.27480.7359-0.02490.02330.2660.117-0.0504-0.2824-0.17160.2390.04991.0448-0.099-0.0220.12770.04230.3801176.629244.499389.1005
91.4069-0.91280.11252.4829-0.46880.3598-0.0665-0.1825-0.09820.3007-0.023-0.127-0.03720.11930.08760.8903-0.0478-0.08470.15220.06360.2338176.227931.27101.368
101.94940.4282-0.64230.1536-0.05430.3339-0.30920.1782-0.5452-0.45320.2053-0.6160.3067-0.11980.11520.9701-0.024-0.01790.1669-0.03850.663159.03683.796793.6152
111.3457-1.2503-1.54551.16181.43561.77520.08220.0968-0.13140.7556-0.24581.12380.6562-0.57150.15760.9529-0.1266-0.01530.29720.11880.8328151.9316.047996.5163
122.7064-2.63841.7222.5722-1.67941.09640.2820.3229-0.5716-0.7176-0.2641.07810.2478-0.2868-0.00511.0846-0.1702-0.01290.5125-0.08710.9784150.64386.482286.6813
130.629-1.10310.35183.8171-0.41051.0632-0.0198-0.0497-0.77630.11770.12110.80730.4332-0.4425-0.09470.8045-0.04850.02230.80270.04850.8428135.412933.913288.7957
140.28580.0474-0.00820.908-0.15220.47480.0438-0.02720.07920.11060.0440.117-0.0859-0.1446-0.07491.10920.0010.1592-0.10040.12160.2151149.215544.473994.812
151.2196-0.21790.00312.4648-0.70641.61940.0151-0.0373-0.20490.05610.01170.21750.2892-0.1014-0.02250.8873-0.04830.05610.0552-0.02550.1394151.818327.62390.0091
161.2414-0.8198-0.45977.22222.6731.9431-0.0985-0.34880.70030.576-0.1623-0.0837-0.9573-0.0890.26571.0376-0.0145-0.02630.3886-0.1210.6703179.686151.071933.9543
171.77270.37560.15552.0741-0.35281.6241-0.331-0.10040.1970.18810.17530.4172-0.2843-0.37070.12270.80930.12740.12620.49530.0490.2992168.535438.989429.3547
181.37660.4978-0.10411.4814-0.21870.42020.02380.0063-0.38350.299-0.05970.13770.2017-0.18270.0740.8606-0.11610.15640.0971-0.05850.2811175.41737.871620.7089
193.14670.3779-2.1551.9724-1.77844.6538-0.08180.4876-0.44770.10160.06150.79870.7254-0.84740.02780.6904-0.16250.08380.557-0.1930.5966168.1573.143310.8425
201.114-0.5206-0.35910.5990.24381.4738-0.07820.2538-0.1139-0.0652-0.02380.2430.2268-0.32430.05240.786-0.04660.10610.20920.01270.1535173.541719.735913.1359
211.283-0.7492-0.49082.8706-0.37160.4464-0.0285-0.0690.00860.3750.12410.2291-0.1353-0.1037-0.05950.8761-0.0090.17780.16730.00490.2312174.273525.539328.9318
222.97162.23522.04471.89841.65161.4679-0.3278-0.06710.5903-0.03620.1090.2494-0.2906-0.07250.20011.17380.00190.06890.23740.02880.6779191.64155.457321.6625
232.95612.5422-0.45894.45470.13930.19610.04770.28790.6055-0.40650.106-0.5289-0.59080.161-0.18291.0694-0.08410.16680.22130.00990.6159198.511749.321119.0419
241.35-0.9135-0.04191.10950.7941.9046-0.0743-0.01320.2929-0.08760.2702-0.4326-0.12030.4177-0.22790.8225-0.02690.09520.0452-0.08460.2541206.173716.00717.9559
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260.32960.10680.04561.03840.47390.9684-0.0214-0.05640.010.14960.0868-0.18390.00460.1155-0.1091.09260.01090.0513-0.0368-0.0980.2128199.83321.933923.6783
271.76062.17391.5842.98422.7053.2998-0.2907-0.54010.83150.5221-0.3552-0.0062-1.0367-0.32370.63070.96980.0332-0.03660.5251-0.12420.6165100.347151.198231.725
284.2066-0.9633-1.04534.78921.10144.974-0.0449-0.15150.4654-0.04080.05020.2124-0.6019-0.30370.02760.74030.03360.07850.36650.00340.420793.558545.967724.2578
291.89180.60120.32874.31321.29841.8526-0.1021-0.36470.12340.0803-0.07580.4662-0.1915-0.4470.14460.84960.07920.23270.64490.07320.366486.042534.914331.9383
301.26680.07880.19011.5501-0.47540.18450.0278-0.1731-0.44940.3244-0.01330.40560.1454-0.1666-0.03960.8947-0.1420.11840.08270.01480.324493.26137.779519.7391
313.3545-0.0456-1.18672.373-0.90763.62920.04460.1576-0.69530.1420.05690.84280.4295-0.8772-0.10260.7147-0.1943-0.03810.7197-0.07350.934183.83473.148611.6531
321.7021-0.4573-0.05391.9486-0.14291.67960.03190.0255-0.2387-0.03870.0130.44360.1535-0.4429-0.03420.8002-0.05430.0980.18110.04260.23889.702919.680512.7596
331.7402-0.9539-1.73816.3656-0.63344.50430.0103-0.48830.16980.1398-0.10080.11040.2296-0.27130.07780.56840.02040.20670.2093-0.0080.313995.226924.506124.7485
341.3889-0.6144-0.30513.03290.36520.6187-0.0029-0.22010.02140.6501-0.06280.3124-0.0493-0.19010.03071.0304-0.01510.18690.30030.01210.305893.429925.750629.264
351.00931.81550.12914.9530.29420.0195-0.11980.17320.1065-0.48390.1254-0.4181-0.27650.1256-0.00541.0212-0.0610.11780.10530.01850.4395112.8751.804914.1403
361.134-0.3638-0.37970.63860.02390.8769-0.03380.05010.04050.0485-0.0083-0.08490.07610.0833-0.04191.0516-0.00240.0455-0.0042-0.02270.2062120.175611.5110.2218
370.3189-0.17970.13410.8327-0.05220.80640.0487-0.06040.06990.1505-0.01-0.0678-0.04720.0703-0.00391.122-0.01840.0346-0.09330.04130.2188117.740222.853816.8829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 101 )A22 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 102 through 296 )A102 - 296
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 330 through 397 )B330 - 397
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 398 through 497 )B398 - 497
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 498 through 638 )B498 - 638
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 22 through 41 )C22 - 41
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 42 through 101 )C42 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 102 through 239 )C102 - 239
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 240 through 296 )C240 - 296
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 330 through 355 )D330 - 355
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 356 through 377 )D356 - 377
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 378 through 397 )D378 - 397
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 398 through 414 )D398 - 414
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 415 through 572 )D415 - 572
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 573 through 638 )D573 - 638
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 22 through 42 )E22 - 42
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 43 through 101 )E43 - 101
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 102 through 167 )E102 - 167
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 168 through 181 )E168 - 181
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 182 through 239 )E182 - 239
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 240 through 296 )E240 - 296
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 330 through 351 )F330 - 351
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 352 through 397 )F352 - 397
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 398 through 460 )F398 - 460
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 461 through 490 )F461 - 490
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 491 through 638 )F491 - 638
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 22 through 42 )G22 - 42
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 43 through 59 )G43 - 59
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 60 through 101 )G60 - 101
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 102 through 167 )G102 - 167
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 168 through 181 )G168 - 181
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 182 through 239 )G182 - 239
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 240 through 256 )G240 - 256
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 257 through 296 )G257 - 296
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 330 through 397 )H330 - 397
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 398 through 497 )H398 - 497
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 498 through 638 )H498 - 638

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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