+ Open data
Open data
- Basic information
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6y32 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the GTPase heterodimer of human SRP54 and SRalpha | ||||||
|  Components | (Signal recognition particle ...) x 2 | ||||||
|  Keywords | RNA BINDING PROTEIN / SRP54 NG domain / SR alpha NG domain / Targeting complex Protein translocation | ||||||
| Function / homology |  Function and homology information signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to ER / granulocyte differentiation / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation ...signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to ER / granulocyte differentiation / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / XBP1(S) activates chaperone genes / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / exocrine pancreas development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / ribonucleoprotein complex binding / neutrophil chemotaxis / intracellular protein transport / GDP binding / nuclear speck / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species |  Homo sapiens (human) | ||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  SYNCHROTRON /  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
|  Authors | Juaire, K.D. / Becker, M.M.M. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
| Funding support |  Germany, 1items 
 | ||||||
|  Citation |  Journal: Structure / Year: 2021 Title: Structural and Functional Impact of SRP54 Mutations Causing Severe Congenital Neutropenia. Authors: Juaire, K.D. / Lapouge, K. / Becker, M.M.M. / Kotova, I. / Michelhans, M. / Carapito, R. / Wild, K. / Bahram, S. / Sinning, I. | ||||||
| History | 
 | 
- Structure visualization
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil  Jmol/JSmol | 
|---|
- Downloads & links
Downloads & links
- Download
Download
| PDBx/mmCIF format |  6y32.cif.gz | 892.6 KB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb6y32.ent.gz | 746.7 KB | Display |  PDB format | 
| PDBx/mmJSON format |  6y32.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  6y32_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  6y32_full_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | |
| Data in XML |  6y32_validation.xml.gz | 89.9 KB | Display | |
| Data in CIF |  6y32_validation.cif.gz | 120.6 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y32  ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y32 | HTTPS FTP | 
-Related structure data
| Related structure data |  6y2zC  6y30C  6y31C  5l3qS S: Starting model for refinement C: citing same article ( | 
|---|---|
| Similar structure data | 
- Links
Links
- Assembly
Assembly
| Deposited unit |  
 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  
 | ||||||||
| 2 |  
 | ||||||||
| 3 |  
 | ||||||||
| 4 |  
 | ||||||||
| Unit cell | 
 | 
- Components
Components
-Signal recognition particle  ... , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH       
| #1: Protein | Mass: 33511.711 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Gene: SRP54 / Production host:   Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P61011 #2: Protein | Mass: 34484.855 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Gene: SRPRA, SRPR / Production host:   Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P08240 | 
|---|
-Non-polymers , 4 types, 496 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-GNP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / |  | 
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y | 
|---|---|
| Has protein modification | Y | 
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 | 
|---|
- Sample preparation
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.53 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.4 M lithium sulfate, 13% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris (pH 8.0) | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | 
|---|---|
| Diffraction source | Source:  SYNCHROTRON / Site:  ESRF  / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.072 Å | 
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 9, 2013 | 
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | 
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.072 Å / Relative weight: 1 | 
| Reflection twin | Operator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.26 | 
| Reflection | Resolution: 2.4→49.553 Å / Num. obs: 130686 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.06233 / Net I/σ(I): 11.34 | 
| Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 12547 / Rpim(I) all: 0.6239 | 
- Processing
Processing
| Software | 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Refinement | Method to determine structure:  MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5L3Q Resolution: 2.6→49.553 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 97.23 / Phase error: 28.98 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 178.99 Å2 / Biso mean: 59.3332 Å2 / Biso min: 13.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→49.553 Å 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement TLS group | 
 | 
 Movie
Movie Controller
Controller













 PDBj
PDBj





