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- PDB-6y1r: Nb22-LBT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1r
タイトルNb22-LBT
要素Nb22-LBT
キーワードIMMUNE SYSTEM / Nanobody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / TERBIUM(III) ION
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineered nanobodies with a lanthanide binding motif for crystallographic phasing
著者: Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T.
履歴
登録2020年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nb22-LBT
B: Nb22-LBT
C: Nb22-LBT
D: Nb22-LBT
E: Nb22-LBT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,40020
ポリマ-80,3935
非ポリマー2,00715
5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area32420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.469, 49.425, 81.349
Angle α, β, γ (deg.)91.710, 99.180, 102.610
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Nb22-LBT


分子量: 16078.619 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : Tb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% PEG5000MME 0.1 M MES pH 6.5 0.2 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.6494 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6494 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→80.13 Å / Num. obs: 63824 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.248 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 433861
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.73-1.765.52.6581023918570.1681.1832.9240.847.2
8.99-80.137.60.17738095020.9860.0680.1892399.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→80.127 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 2731 5.04 %
Rwork0.2042 51436 -
obs0.2057 54167 93.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.98 Å2 / Biso mean: 40.9121 Å2 / Biso min: 11.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→80.127 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5187 0 39 316 5542
Biso mean--42.45 40.11 -
残基数----685
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.88190.31181290.2771246189
1.8819-1.91610.25571280.2637251391
1.9161-1.9530.29251310.2436244189
1.953-1.99290.29051220.2411253691
1.9929-2.03620.26871460.2324252592
2.0362-2.08360.25161310.2263250491
2.0836-2.13570.27611440.229256493
2.1357-2.19340.25721090.2187251090
2.1934-2.2580.25661100.2067259693
2.258-2.33090.2461680.2117254194
2.3309-2.41420.21381320.2107256193
2.4142-2.51080.24671570.2117257894
2.5108-2.62510.24921440.2129260494
2.6251-2.76350.2481530.2146254593
2.7635-2.93670.25081510.2143265396
2.9367-3.16340.29411340.2106263596
3.1634-3.48180.23421400.1988266695
3.4818-3.98560.22071140.1843262895
3.9856-5.02130.161520.1652270798
5.0213-80.1270.23271360.2053266897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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