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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y1r | ||||||
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タイトル | Nb22-LBT | ||||||
![]() | Nb22-LBT | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Nanobody | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / TERBIUM(III) ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Engineered nanobodies with a lanthanide binding motif for crystallographic phasing 著者: Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 262.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 213.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 6.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 6.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16078.619 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TB / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 22% PEG5000MME 0.1 M MES pH 6.5 0.2 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.6494 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.73→80.13 Å / Num. obs: 63824 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.248 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 433861 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.98 Å2 / Biso mean: 40.9121 Å2 / Biso min: 11.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→80.127 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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