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- PDB-6uki: HhaI endonuclease in Complex with DNA in space group P212121 (pH 6.0) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uki
タイトルHhaI endonuclease in Complex with DNA in space group P212121 (pH 6.0)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
  • HhaI Restriction Endonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / restriction / modification / protein-DNA complex / iodine phasing / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structure of HhaI endonuclease with cognate DNA at an atomic resolution of 1.0 angstrom.
著者: Horton, J.R. / Yang, J. / Zhang, X. / Petronzio, T. / Fomenkov, A. / Wilson, G.G. / Roberts, R.J. / Cheng, X.
履歴
登録2019年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: HhaI Restriction Endonuclease
A: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
Y: HhaI Restriction Endonuclease
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,30011
ポリマ－77,0776
非ポリマー2225
水41423
1
X: HhaI Restriction Endonuclease
A: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6816
ポリマ－38,5393
非ポリマー1423
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
2
Y: HhaI Restriction Endonuclease
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6195
ポリマ－38,5393
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area15650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.411, 94.998, 97.868
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 XY

#1: タンパク質 HhaI Restriction Endonuclease


分子量: 29977.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1050_0931 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3DBY6, 加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ADBE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4302.788 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4258.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)

-
非ポリマー , 3種, 28分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% v/v 2-propanol, 0.1 M MES/sodium hydroxide, pH 6.0, 0.2 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→33.98 Å / Num. obs: 45835 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 61.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.69→2.79 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.749 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4545 / CC1/2: 0.505 / Rpim(I) all: 0.757 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUI1.15.2_3472データ収集
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6UKE

6uke


解像度: 2.7→33.97 Å / SU ML: 0.3197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4104
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 2301 5.03 %
Rwork0.1796 --
obs0.1818 45723 97.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 76.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→33.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4089 1136 8 23 5256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00455472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68857629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463830
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004778
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.20073028
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.750.3481890.31821913X-RAY DIFFRACTION68.82
2.75-2.820.38091430.29112764X-RAY DIFFRACTION98.61
2.82-2.890.31221430.27192805X-RAY DIFFRACTION99.49
2.89-2.970.26591360.26162819X-RAY DIFFRACTION99.56
2.97-3.050.32711500.25932707X-RAY DIFFRACTION99.62
3.05-3.150.29841420.22562800X-RAY DIFFRACTION99.32
3.15-3.260.26411500.19252763X-RAY DIFFRACTION99.69
3.26-3.40.22261510.17392777X-RAY DIFFRACTION99.15
3.4-3.550.24041350.17682732X-RAY DIFFRACTION99.14
3.55-3.740.22471480.17722768X-RAY DIFFRACTION99.69
3.74-3.970.21831510.16462773X-RAY DIFFRACTION99.39
3.97-4.280.16421560.14962781X-RAY DIFFRACTION99.9
4.28-4.710.16811580.1372766X-RAY DIFFRACTION99.69
4.71-5.380.21991600.14682757X-RAY DIFFRACTION99.69
5.38-6.780.23631470.17342782X-RAY DIFFRACTION99.59
6.78-33.970.21420.17812715X-RAY DIFFRACTION97.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.09814844071-0.558333376645-1.038979918035.12599485716-1.498350654326.62525839980.353347510628-0.4433661900360.6277971060830.229356020480.0106289986564-0.195487965805-0.3992504807090.248000190566-0.5773219113390.337212458075-0.0369353078867-0.0001809069483440.288201919383-0.02359506411850.44001217343312.1358076774-3.723655153-34.2855581768
22.336910815640.317385310244-1.380009083513.53112336539-2.120579583267.4146525358-0.319390555844-0.385245946374-0.409864222071-0.20743894892-0.243612984588-0.174654390041.230693731890.4281479098250.44728648770.3832331308570.07964176564640.1162326496140.3312438402320.05952029305790.48352107826312.4552761055-24.1401822179-27.7175701488
33.77473431702-0.871612882707-2.812953315.479060137861.753107837587.48311714499-0.0148602137988-0.5278233104890.4220232530021.19057124865-0.2742281167260.07616362711190.04869217224760.05927595876080.2218970392950.265036948027-0.0790356659177-0.05249406822780.6091394176680.01481715457670.4114089617158.31973088368-9.90431539779-9.84459412633
45.72854302252-2.83562641988-1.782056107524.996517540916.530084823889.556294825670.132088735591-0.7021202861390.969264994640.2108255647110.00928446536937-0.104910315001-1.231321968660.453653772529-0.1656545815730.641192625967-0.04804272592070.03956345339560.711294104232-0.09889175500730.587911366997.64340360020.326602991696-4.83501604284
57.22807487318-1.75163662978-2.642125308164.34844296751-1.198744421617.45547816930.03377301676150.6699513786150.0212199180041-1.09328332048-0.701205022206-0.890161127750.5202251135421.077242884150.5765846766040.5093644850430.04219457667070.1807004469240.3464445908530.0234028144970.52401167779820.3616126155-16.2683527723-40.4255891449
63.62533347251-0.2102206236752.212128218795.69892700691-0.7504942060282.95749397262-0.556915784808-1.984959454470.2539345623760.5279214162550.0251121364956-0.0430864261982-0.3003328384570.6867588665890.3162365308610.335265808935-0.0205491309272-0.08421713100040.992288770165-0.07097681338770.5294754357869.77762208387-12.3232522417-15.3294869942
73.164674947310.439677047904-1.696110157336.844558280791.037040806565.40127241216-0.7814117303650.00105748852833-0.6669122436360.2881148639030.136279780161-0.100543113959-0.1058215668710.5010414260930.3187028130510.297716821205-0.0614665878190.04267345922950.812976750310.02680012725290.62202700119.56682392396-13.7611139478-16.0460823889
84.27661397278-2.292219613373.505518603484.82070945071-4.752632399818.78647612104-0.0613139705499-0.5406815654940.1714526710540.5596283428530.08481746666030.100769279761-0.675186456911-0.485155178224-0.03757039132980.3137301889890.0277427738367-0.01679224243210.567292938826-0.1139741549680.440219758946-11.2132263736-4.34089690074-43.8334900141
92.706305897710.1962435529541.540656958043.23159893081-1.096094388255.8155884982-0.08805219837770.3460247245070.202483510869-0.5640568624770.363819749241-0.2955765098840.3983157050180.2070888978-0.3385315734190.308501490973-0.09396699407580.01125580355050.434679068537-0.09596869903880.47302683515-10.5622064372-6.02839641993-64.3963377185
108.959474904141.22431528248-0.898121558783.255863498154.186914089477.3610170747-0.1013872379990.04795757325751.91555770501-0.9124961044950.306368527554-0.388469896654-1.66310667655-0.289471793281-0.2684266230730.911599754685-0.0438291608253-0.0963169036160.5639215403930.1020639305231.04757464733-10.410980633122.6814550375-59.1183418693
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'X' and (resid 1 through 34 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'X' and (resid 35 through 146 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'X' and (resid 147 through 179 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'X' and (resid 180 through 227 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'X' and (resid 228 through 258 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1 through 14 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 14 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'Y' and (resid 1 through 55 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'Y' and (resid 56 through 179 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'Y' and (resid 180 through 227 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'Y' and (resid 228 through 258 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 14 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 1 through 14 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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